Türkiye'nin Akdeniz Kıyılarından Anisakis typica'nın (Nematoda: Anisakidae) Moleküler Karakterizasyonu: İlk Mitokondriyal rrnS Dizi Verileri

Molecular Characterization of Anisakis typica (Nematoda: Anisakidae) from the Mediterranean Sea Coasts of Turkey: First Mitochondrial rrnS Sequence Data

Özet

Türkiye Akdeniz kıyılarındaki Anisakis typica'nın mitokondriyal rrnS geninin moleküler karakterizasyonu hakkında bir çalışma bulunmamaktadır. Bu nedenle mevcut araştırmada Türk sularından izole edilen A. typica'nın rrnS geninin moleküler karakterizasyonu amaçlanmıştır. Ascaridoid deniz nematodları toplandı ve morfolojik olarak ışık mikroskobu ile teşhis edildi. Tanımlanan Anisakis tip I larvaları rastgele seçildi ve Sınırlayıcı Enzim Parça Uzunluk Çeşitliliği (RFLP) yöntemi ile internal transcribed spacer (ITS) bölgesi yönünden moleküler olarak analiz edildi. RFLP analizleri ile Anisakis typica olarak teşhis edilen larvaların rrnS geni çoğaltıldı ve iki yönlü DNA dizi analizleri yapıldı. Türkiye’nin Akdeniz kıyılarından elde edilen A. typica’nın rrnS geni (MT395672) Atlantik Okyanusu Karayip Denizinden elde edilen A. typica’nın rrnS geni (JX500052) ile %99,80 oranında (%100 sorgu kapsamı) benzerlik gösterdi. Akdeniz'den A. typica (MT395672) izolatı ile Karayip Denizi izolatı arasında sadece bir nükleotit (C ‒ T, hizalama pozisyonu 437) farklıydı. Buradaki A. typica'nın rrnS dizisi ile Karayip Denizi'nden diğer A. typica arasındaki ikili genetik mesafe 0.002'dir. Sonuç olarak bu çalışmada ilk kez Akdeniz'den A. typica'nın mitokondriyal rrnS verilerini belirledik. Burada bildirilen geçerli genetik veri (MT395672), Anisakis türlerinin Akdeniz'den ve dünyadan moleküler tanımlanması için kullanılabilir.

Abstract

There is no study about the molecular characterization of the mitochondrial rrnS geneof Anisakis typica from the Turkish Mediterranean coasts. Thus, molecular characterization ofthe rrnS gene of A. typica from Turkish waters is aimed for the first time in the present study.Ascaridoid marine nematodes were collected and morphologically identified by light microscope.Identified Anisakis type I larvae were randomly selected and molecularly analysed by RestrictionFragment Length Polymorphism (RFLP) for the internal transcribed spacer (ITS) region. Anisakistypica larvae identified by PCR-RFLP analyses were amplified and sequenced with bothdirections for the rrnS gene. The rrnS sequence of A. typica from the Mediterranean coasts ofTurkey (MT395672) showed 99.80% identity (100% query coverage) with rrnS gene of A. typica(JX500052) from the Caribbean Sea, Atlantic Ocean. Between A. typica from the MediterraneanSea (MT395672) isolate and the Caribbean Sea isolate differed by only one nucleotide (C‒T, atalignment position 437). Pairwise genetic distance between the rrnS sequence of A. typica hereinand other A. typica from the Caribbean Sea was 0.002. Consequently, we determined themitochondrial rrnS data of A. typica from the Mediterranean Sea in the present study for the firsttime. The valid genetic data (MT395672) reported here can be used to molecular identification ofAnisakis species from the Mediterranean Sea and worldwide.