Ülkemiz Lettuce Mosaic Virus İzolatının Tüm Genom Analizi

Özet

Marul ülkemizde birçok bölgede üretimi yapılan önemli bir sebze türüdür. Marul üretiminde sorun oluşturan çok sayıda patojen bulunmakta olup bunlardan biri de Marul mozaik virüsü (Lettuce mosaic virus, LMV)’dür. Bu virüsün ülkemizde ki varlığı farklı bölge ve illerden bildirilmiştir. Hasta- lığın tanısı ve teşhisine yönelik birçok çalış-ma yapılmış olmasına rağmen ülkemiz LMV izolatlarının tüm genom dizilimlerinin belirlenmesine yönelik bir çalışma yoktur. Bu nedenle bu çalışma kapsa- mında ülkemiz orijinli bir LMV izolatının (LMV-CNK) tüm genom diziliminim ortaya çıkarılması he- deflenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda tüm genom dizilimi ortaya çıkarılan izolatın, diğer ülkelerdeki LMV izolatları ile nükleotit seviyesinde, aminoasit seviyesinde sırasıyla %82-98 ve %92- 99 oranında benzerlikler gösterdiği saptanmıştır. Yapılan filogenetik analizler sonucunda ise LMV- CNK izolatının genel olarak Fransız ve Asya orijinli izolatlar ile yakın ilişkili olduğu görülmüştür. Bildiğimiz kadarıyla çalışma kapsamında ülkemizde ilk kez bir LMV izolatının tüm genom dizilimi belirlenmiş ve biyoinformatik ana-lizleri yürütülmüştür. Bundan sonra yapılacak çalışmalarda ülke- mizde daha fazla sayıda ve farklı LMV izolatları-nın tüm genom düzeyinde dizilenmesi ve analizinin yapılması düşünülmektedir. Ayrıca elde edilen izolatların popülasyon düzeyinde genetik çeşitliliğinin belirlenmesi de izolatlar arasındaki farklılıkların ortaya çıkarılması açısından önem taşımaktadır.

Abstract

Lettuce is an important vegetable produced in many regions of Turkey. There are many pathogen causing problems in lettuce one of which is lettuce mosaic virus (LMV). This virus has been reported in several regions and provinces around the country. Although many studies have focused on the detection and diagnosis of LMV, none have established its entire genome sequence of Turkish LMV isolates. Therefore, we aimed to determine the entire ge-nome sequence of LMV (LMV-CNK) an isolate originated from Turkey. Analyses of whole genome sequence Turkish LMV isolates with world isolates showed 82% to 98% and 92% to 99% similarities at the nucleotide and amino acid lev- els, respectively. As results of phylogenetic analysis Turkish LMV isolate was closely related to LMV isolates with French and Asian origins. To the best of our knowledge, this is the first bioinformatics analysis of the complete genome sequence of an LMV isolate from Turkey. Whole genome sequences of greater numbers of LMV isolates from different hosts are being considered in the further studies. It is also important to determine the genetic diversity of isolates at the population level to elucidate differences between these isolates.