Yaprak ya da Gövde DNA’sı: Dianthus L. DNA Barkod Analizi için Dört Ticari Ekstraksiyon Kitinin Karşılaştırması

DNA from Leaf or Stem: A Comparative Work on Dianthus L. for DNA Barcoding Analysis with Four Commercial Extraction Kits

Özet

GeneAll GenExTM Plant kiti, GeneMATRIX Plant & Fungi DNA Purification kiti, DNeasy Plant kiti ve E.Z.N.A. Plant DNA kiti yaprak ve gövde dokusu DNA barkodlama çalışmaları için kaliteli ve yüksek genomik DNA elde etmek amacıyla test edilmiştir. Geleneksel olarak yaprak dokusu genomik DNA kaynağı olarak kullanılmaktadır fakat Dianthus taksonları yaprak sklerankima dokusu nedeniyle bu bakımdan sorunludur. Genomik DNA, üretici firmaların sağladığı protokole göre elde edilmiştir ve yedi barkod bölgesi PCR yöntemiyle çoğaltılmıştır. İzole edilen DNA konsantrasyonu florometrik yöntemle ölçülmüş, PCR ürünleri agaroz jelde görüntülenmiştir. Sonuçlar, DNA barkodlama çalışmalarında kullanılabilecek PCR başarısı bakımından değerlendirilmiştir. Ayrıca, kullanılan ekstraksiyon kitleri iş gücü, fiyat ve zaman bakımından değerlendirilmiştir. Sonuçlarımıza göre, yaprak ve gövde dokusundan genomik DNA ekstraksiyonu başarıyla gerçekleştirilmiştir. Tüm ekstraksiyon kitleri PCR amplifikasyonu bakımından başarılı olmasına rağmen en yüksek verim GeneMATRIX kiti kullanılarak elde edilmiştir.

Abstract

Four widely used DNA extraction kits, GeneAll GenExTM Plant kit, GeneMATRIX Plant & Fungi DNA Purification kit, DNeasyPlant kit and E.Z.N.A. Plant DNA kit, were compared using leaf and stem tissues of Dianthus specimens to isolate highyield and quality genomic DNA for DNA barcoding. Traditionally, leaves are used as a main source of genomic DNA but extractingDNA from Dianthus leaves might be more difficult because of sclerenchymatic tissues. Genomic DNA was extractedbased on manufacturers’ protocols and amplified for seven barcode regions by PCR. DNA concentrations were measuredusing fluorometer and the quality of DNA and PCR products were showed on agarose gel. Amplification results were evaluatedin terms of Polymerase Chain Reaction (PCR) success for DNA barcoding research. Additionally, comparisons betweenthe efficiency of commercial kits were discussed in terms of cost, labor and time-consuming. Results presented here, DNAextraction carried out from both stem and leaves of Dianthus specimens successfully. Although, all kits performed well forPCR amplification, GeneMATRIX was found the best efficient kit for isolating high quality DNA of Dianthus specimens usedin the study for leaf and stem tissues.