Tek hücre jel elektroforezi yöntemi için alternatif güvenli boyalar

Özet

Amaç. Tek hücre jel elektroforezi veya yaygın olarak kullanılan diğer adı ile Comet Assay tekniğiDNA hasarını belirlemek için kullanılan hassas, hızlı ve ucuz bir sitogenetik yöntemdir. Temelolarak bu metod hücrelerin mikroskop lamı üzerinde agaroz içine gömülüp, lizizi sonrasıelektroforeze tabi tutularak floresan boyalar ile boyanması ardından DNAdaki hasarıngörüntülenmesine dayanmaktadır. Görüntüleme aşamasında interkalatör boyalar olan etidyumbromür ve propidyum iyodit yaygın olarak kullanılmaktadır. Ancak bu boyalar mutajenik ve olasıkarsinojenik özelliklerinden dolayı kullanım aşamasında oldukça dikkat gerektirmektedir. Buçalışmada DNAnın tek hücre jel elektroforezinde görüntülenebilmesi için alternatif olabilecek ikikarsinojenik olmayan güvenli boyanın kullanılabilirliği araştırılmıştır. Sağlıklı ve gönüllü birbireyden alınan periferal kan örneğinden ayrıştırılan lenfositler hücre kültüründe çoğaltılmış,kültür örneği ikiye ayrılarak biri kontrol olarak kullanılmış, diğeri 0,527 kGy/h doz hızlı 137Cskaynağında 2 Gy ışınlanmıştır. Kontrol ve ışınlanmış örneklere alkalin comet assay yöntemiuygulandıktan sonra lamlar hem etidyum bromür ve propidyum iyodit ile hem de alternatif olarakSafeView ve GelStar boyaları ile boyanmıştır. Bulgular. Elde edilen veriler, klasik boyalarlakarşılaştırıldığında bu iki alternatif boyanın son derece etkin çalıştığını göstermiştir. Sonuç. Buçalışma sonucunda klasik agaroz jel elektroforezi yönteminde DNA ve RNAyı görüntülemekamaçlı kullanılan SafeView ve GelStar boyalarının, literatürde ilk kez tek hücre jel elektroforeziyönteminde DNAyı görüntülemek için hassas ve etkin şekilde kullanılabildiği gösterilmiştir.

Abstract

Aim. Single cell gel electrophoresis or the other common name Comet assay technique is asensitive, fast and cheap cytogenetic method for DNA damage assessment. Method consists ofembedding cells to the agarose on microscope slides, electrophoresis following lysis and stainingwith fluorescent dyes for DNA damage visualization basically. At the staining stage intercalatordyes ethidium bromide and propidium iodide are used widely. However because of the mutagenicand possible carcinogenic properties of these dyes, they must be used very carefully. Method. Inthis study applicability of two safe non-carcinogenic dyes for DNA visualization in single cell gelelectrophoresis is investigated. Lymphocytes from blood sample of a healthy volunteer donor wereseparated and propagated in cell culture, divided into two, one of them used as control and theother is irradiated 2Gy at a 0,527 kGy/h dose rated 137Cs source. Alkaline comet assay was appliedand slides were stained with ethidium bromide and propidium iodide also with alternativeSafeView and GelStar dyes. Results. Optained data shows that, when compared with theconventional ones these two alternative dyes worked efficiently. Conclusion. Results of this studyshowed that SafeView and GelStar dyes which are used in classical agarose gel electrophoresismethod for DNA and RNA staining, can also be used efficiently in single cell gel electrophoresisfor the first time in literature.