Dergiler / Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2021 / Cilt: 68 - Sayı: 1
SARS-CoV-2’nin beş primer seti kullanılarak belirlenmesi
- Sayfa
- 69–75
- DOI
- —
Özet
Pnömoni ile ilişkili solunum bozukluğundan (COVID-19) sorumlu yeni bir koronavirüs (SARS-CoV-2) salgını Aralık 2019'un başında Çin'in Wuhan şehrinde başladı ve hızla dünyaya yayıldı. Hızlı ve doğru teşhis testleri COVID-19 salgını ile mücadelede çok önemli bir rol oynar. Bu çalışmada SARS-CoV-2’nin saptanması için farklı bölgelerinin amplifiye edilmesi amacıyla tasarlanmış 5 primer setin karşılaştırılması ve sekans analizinin yapılması amaçlanmıştır. Konvansiyonel RT-PCR, COVID-19 tanısı için ORF1ab, Zarf (E), RNA-bağlı RNA polimeraz (RdRp), Spike (S) ve Nükleokapsid (N) genleri içeren virüs genomunun farklı bölgelerini hedefleyen primerler kullanıldı ve ORF1ab geninin DNA dizisi, GenBank SARS-CoV-2 DNA dizisi verileriile karşılaştırılarak, ORF1ab filogenetik ağacı oluşturuldu. ORF1ab, S, E, N ve RdRp genlerinin amplikon boyutları, sırasıyla 588bp, 440 bp, 145 bp, 323 bp ve 196 bp idi. Toplam örneklerin %74’ünde RdRp geni, %87’sinde N geni, %74’ünde S geni, %61’inde Egeni ve %82’sinde ORF1ab geni tespit edildi. 82 hastadan SARS-CoV-2'nin ORF1ab dizileri, Wuhan izolat dizisi ve kendi aralarında %100 özdeşliğe sahipti. Filogenetik analiz, tüm izolatların bir küme oluşturduğunu ortaya çıkarmıştır. Bu çalışmanın sonuçları, N bölgesinin SARS-CoV-2 tespiti için en iyisi olduğunu göstermektedir.
Abstract
A novel coronavirus (SARS-CoV-2) outbreak, responsible for a pneumonia-associated respiratory disorder (COVID-19), has started in early December 2019 in Wuhan, China, and has rapidly spread around the world. Rapid and accurate diagnostic testing plays a crucial role in tackling the COVID-19 pandemic. In this study, it was aimed to compare 5 primer sets designed to amplify different regions for the detection of SARS-CoV-2 and to perform sequence analysis. Conventional RT-PCR was carried out using primers targeting different regions of the virus genome including ORF1ab, Envelope (E), RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), Spike (S) and Nucleocapsid (N) genes for the diagnosis of COVID-19. DNA sequence of ORF1ab gene from each sample were compared with the DNA sequence data of SARS-CoV-2 stored in the GenBank and ORF1ab phylogenetic tree was constructed. The amplicon sizes of ORF1ab, S, E, N and RdRp genes were 588 bp, 440 bp, 145 bp, 323 bp and 196 bp, respectively. The SARS-CoV-2RNA was detectedfrom 74% of total samples from RdRp gene, 87% for N gene, 74% for S gene, 61% for E gene and 82% for ORF1ab region. The ORF1ab sequences of SARS-CoV-2 from 82 patients were had 100% identity to the sequence of Wuhan isolate and among themselves. The phylogenetic analysis revealed that all isolates formed a cluster. The results of this study suggest that the N region is the best for SARS-CoV-2 identification.