PTEN and AKT1 Variations in Childhood T-Cell Acute Lymphoblastic Leukemia

Çocukluk Çağı T-hücreli Akut Lenfoblastik Lösemi Hastalarında PTEN ve AKT1 Varyasyonlar

Fulya KÜÇÜKCANKURT,YÜCEL ERBİLGİN,SİNEM FIRTINA,Özden HATIRNAZ NG,Zeynep KARAKAŞ,Tiraje CELKAN,Ayşegül ÜNÜVAR,Uğur ÖZBEK,MÜGE SAYİTOĞLU

Özet

Objective: PTEN/AKT pathway deregulations have been reported tobe associated with treatment response in acute leukemia. This studyexamined pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL)samples for PTEN and AKT1 gene variations and evaluated the clinicalfindings.Materials and Methods: Fifty diagnostic bone marrow samples ofchildhood T-ALL cases were investigated for the hotspot regions ofthe PTEN and AKT1 genes by targeted next-generation sequencing.Results: A total of five PTEN variations were found in three of the 50T-ALL cases (6%). Three of the PTEN variations were first reported inthis study. Furthermore, one patient clearly had two different mutantclones for PTEN. Two intronic single-nucleotide variations were foundin AKT1 and none of the patients carried pathogenic AKT1 variations.Conclusion: Targeted deep sequencing allowed us to detect both lowlevel variations and clonal diversity. Low-level PTEN/AKT1 variationfrequency makes it harder to investigate the clinical associationsof the variants. On the other hand, characterization of the PTEN/AKT signaling members is important for improving case-specifictherapeutic strategies.

Abstract

Amaç: PTEN/AKT yolak düzensizliklerinin akut lösemide tedavi yanıtı ile ilişkili olduğu bildirilmiştir. Çalışmanın kapsamı, pediatrik T-ALL hastalarının PTEN ve AKT1 genlerinin sıcak bölge varyasyonları için incelenmesi ve klinik bulgularla değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntemler: Elli pediatrik T-ALL olgusunun tanı zamanı kemik iliği örnekleri, PTEN ve AKT1 genlerinin sıcak bölgeleri için hedefe yönelik yeni nesil dizileme ile dizilenmiştir. Bulgular: Elli T-ALL olgusunun %6’sında PTEN varyasyonu saptanmıştır. Tespit edilen varyasyonlardan üçü ilk defa bu çalışmada gösterilmiştir. Ayrıca bir hastanın PTEN açısından iki farklı mutant klon taşıdığı belirlenmiştir. AKT1 geninde iki intronik tek nükleotid polimorfizmi tespit edilirken hiçbir olguda patojenik AKT1 varyasyonu saptanmamıştır. Sonuç: Derin dizileme, hem düşük düzeydeki varyasyonların hem de klonal çeşitliliğin belirlenmesine olanak sağlamıştır. T-ALL hastalarındaki düşük düzey PTEN/AKT1 varyasyon sıklığı, varyantların klinikle ilişkisinin ortaya çıkarılmasını zorlaştırmaktadır. Diğer yandan, PTEN/AKT sinyal yolağının karakterizasyonu hasta spesifik terapötik stratejilerin uygulanabilirliği için önemlidir.