Asma virüslerinin tanılanmasında DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemlerinin duyarlılıklarının karşılaştırılması

Comparison of DAS-ELISA and RT-PCR methods for the diagnosis of grapevine viruses

Özet

Bu çalışmada asma virüslerinin tanılanmasında kullanılan farklı yöntemlerin (DAS-ELISA and RT-PCR) duyarlılık durumlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Manisa ve İzmir illerinde bağ alanlarında güdümlü örnekleme yapılmış ve virüs belirtisi gösteren asma bitkilerinden toplam 50 örnek alınmıştır. Bu örneklerdeki viral etmenlerin tanılanmasında DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleri kullanılmıştır. Total RNA ekstraksiyonu silica temelli metoda göre sürgünlerin yaprak/ floem dokusundan gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılan RNA revers transkripsiyonda cDNA sentezi için kalıp olarak kullanılmıştır. Çoğaltılan PCR ürünleri agaroz jel’de yürütülmüş ve ethidium bromide ile boyanarak gözlemlenmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR testleri sonucu asma bitkilerinde GFLV, GFkV, ArMV, GLRaV 1,2,3 ve 4-9 etmenleri saptanmıştır. PCR analiz sonuçları, DAS-ELISA sonuçları ile paralel olmuş ve birbirini doğrulamıştır.

Abstract

The present study was conducted to compare the sensibility of different methods (DAS-ELISA and RT-PCR) which are used to detect the agents of viral diseases in grapevine. Purposive sampling was done in vineyards in Manisa and İzmir provinces and a total of 50 samples were taken from grapevines showing virus symptoms. DAS-ELISA and RT-PCR methods were used for identification of viral agents in these samples. Total RNA extractions were made from serially diluted fresh leaf tissue, root, bark and one year old green bark tissue using silica-based method. Purified total RNA extracts were used as template for cDNA synthesis by reverse transcription. PCR products were analysed by gel electrophoresis and visualized by ethidium bromide staining. DAS-ELISA test results showed that the plants were infected with GFkV, ArMV, GLRV 1, 2, 3 and 4-9 viruses. PCR analysis confirmed DAS-ELISA results.