Segmental duplication-quantitative fluorescent-polymerase chain reaction: An approach for the diagnosis of Down syndrome in India

Segmental duplikasyon-kantitatif floresan polimeraz zincir reaksiyonu: Hindistan’da Down sendromu tanısına yönelik bir yaklaşım

Özet

Objective: Early detection of high-risk pregnancies for Down syndrome (DS) is the main target of offering prenatal diagnosis. Segmental duplicationquantitativefluorescent-polymerase chain reaction (SD-QF-PCR) can be used as an alternative method for prenatal diagnosis of DS. SD-QF-PCR involvesSD sequences between the test and control chromosomes to detect aneuploidies. SD are two similar sequences with different fragment lengths, located ontwo different chromosomes. When these SD regions are amplified, the peak ratio between the two different chromosomes remains as 0.9 to 1.1 and thetrisomy 21 results in the ratio of 1.4 to 1.6.Materials and Methods: In this study, we applied SD-QF-PCR to detect the presence of trisomy 21 in 60 age-matched controls and 60 DS samples. ThePCR amplification of SD regions is performed using a single pair of fluorescent-labelled primers, the peak ratio between the two different chromosomeregions are evaluated.Results: All sixty control samples showed the peaks to range from 0.9 to 1.1, which was suggestive of normal samples, and peaks of 65 DS samples rangedfrom 1.4 to 1.6, which suggested the presence of trisomy 21.Conclusion: Segmental duplication quantitative fluorescent PCR is a sensitive and rapid aneuploidy detection technique and hence can be used as astandalone test to detect trisomy 21 as well as other aneuploidies.

Abstract

Amaç: Yüksek riskli hamileliklerde Down sendromunun (DS) erken teşhisi doğum öncesi tanı koymada ana hedeftir. Segmental duplikasyon-kantitatif floresan-polimeraz zincir reaksiyonu (SD-KF-PCR), DS’nin doğum öncesi tanısında alternatif bir yöntem olarak kullanılabilir. SD-KF-PCR, anöploidiyi saptamak için test ve kontrol kromozomları arasındaki SD dizilerini içerir. SD, iki farklı kromozom üzerinde yer alan farklı fragment uzunluğuna sahip iki benzer dizidir. Bu SD bölgeleri amplifiye edildiğinde, iki farklı kromozom arasındaki pik oranı 0,9 ile 1,1 arasında kalır ve trisomi 21; 1,1 ile 1,6 arasında bir oranda sonuç verir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmada, trisomi 21’in varlığını belirlemek için 60 kişiden oluşan yaş uyumlu kontrol grubuna ve 60 DS numunesine SD-KFPCR yöntemi uygulanmıştır. SD bölgelerinin PCR amplifikasyonu, tek bir floresanla işaretli primer çifti kullanılarak yapılır, iki farklı kromozom bölgesi arasındaki pik oranı değerlendirilir. Bulgular: Altmış kontrol örneğinin tümü, kontrol örnekleri için normal aralık olarak kabul edilen pik oranının 0,9 ile 1,1 olduğunu gösterirken; 65 DS örneğinin pik oranının 1,4 ile 1,6 arasında değişiyor olması trisomi 21’in varlığına işaret eder. Sonuç: SD-KF-PCR hassas ve hızlı anöploidi belirleme tekniğidir, dolayısıyla diğer anöploidilerin yanı sıra trisomi 21’in ortaya çıkarılmasında bağımsız bir test olarak kullanılabilir.