Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2021 / Cilt: 55 - Sayı: 1
Türkiye’de 2019 Yılı İçinde İzole Edilen Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae İzolatlarında Karbapenemaz Epidemiyolojisi
- Sayfa
- 1–16
- DOI
- —
Özet
Antibiyotiklere direnç dünyanın en önemli halk sağlığı sorunlarından biri olup, direncin önlenmesindekikritik basamaklardan biri direncin izlenmesidir. İzlemin yerel, bölgesel ve küresel olması yayılımındaha net anlaşılmasına olanak sağlamaktadır. Bu çalışmada Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae izolatlarındamoleküler tabanlı pilot karbapenem direnci sürveyans sisteminden elde edilen verilere göre ülkegenelinde karbapenemaz epidemiyolojisinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Türkiye’nin 26 istatistiki düzey-IIbölgesinden 28 hastane çalışmaya dahil edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen hastaneler 1 Mart-31 Ağustos2019 ya da 1 Nisan-30 Eylül 2019 tarihleri arasında altı aylık dönemde klinik örneklerden izole edilen 10adet karbapenem duyarlı, 10 adet karbapenem dirençli E.coli ve K.pneumoniae izolatını laboratuvarımızagöndermiştir. Çalışmaya katılan 28 hastanenin 26 tanesinden toplam 509 izolat gönderilmiştir. İzolatlarmatriks aracılı lazer desorpsiyon iyonizasyon uçuş süresi kütle spektrometrisi [“matrix assisted laser desorptionization-time of flight mass spectrophotometry” (MALDI-TOF MS)] (Bruker Daltonics, Almanya)yöntemi ile tanımlanmış ve imipenem, meropenem ve kolistin duyarlılıkları sıvı mikrodilüsyon ile amikasin,amoksisilin klavulonik asit, ampisilin, aztreonam, sefepim, sefotaksim, seftazidim, siprofloksasin,ertapenem, gentamisin, piperasilin-tazobaktam, tobramisin ve trimetoprim sülfametoksazol duyarlılıkları disk difüzyon ile çalışılmıştır. Karbapenem ve/veya kolistine fenotipik olarak dirençli bulunan izolatlardakarbapenemaz direnç genleri in house polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile ve mcr 1-8 dirençgenleri kolistin direnci gerçek zamanlı PCR kiti (Bio-Speedy, Türkiye) ile araştırılmıştır. Hastanelerden toplanan509 izolatın 493’ü tür düzeyinde E.coli (%25.7, n= 127) ve K.pneumoniae (%74.3, n= 366) olaraktanımlanmış ve çalışmaya dahil edilmiştir. Değerlendirilen izolatların %31’inin toplum kökenli enfeksiyonetkeni, %69’unun ise sağlık hizmetleri ile ilişkili enfeksiyon etkeni ya da kolonize olan bakteri olduğu tespitedilmiştir. İzolatların 248 (%50.3)’i karbapenemlere duyarlı, 245 (%49.7)’i karbapenemlere dirençliolarak belirlenmiştir. Karbapenemlerden en az birine dirençli olan izolatlarda tespit edilen karbapenemaztürleri OXA-48 (%52.2), KPC (%16.1), NDM-1 (%15), OXA-48 + NDM-1 (%12.6), KPC + NDM-1 (%2.8)ve birer izolatta VIM (%0.5) ve OXA-48 + VIM (0.5) belirlenmiştir. İzolatların %23.3’ünde kolistin direncitespit edilmiş olup mcr 1-8 genleri tespit edilememiştir. Kolistine dirençli izolatların tümünün en az birkarbapeneme dirençli olduğu görülmüştür. Ülkemizde moleküler tabanlı antibiyotik direnç sürveyans sistemininönemi bu pilot çalışma ile ortaya konmuştur. Bu epidemiyolojik özelliklerin sürekli takip edilmesininkarbapenemaz direncinin yönetimine katkı sağlayacağı düşünülmüştür.
Abstract
Antibiotic resistance is one of the most important public health problem and one of the most critical steps in preventing resistance is the monitorization of the resistance. Local, regional and global monitoring enables the spread of antibiotic resistance to be understood more clearly. In this study, it was aimed to evaluate the results of the pilot study for the establishment of molecular-based carbapenem surveillance system in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates and to investigate the carbapenemase epidemiology in Turkey. Hospitals (n= 28) from 26 different statistical level II regions from Turkey were included in the study. The hospitals participated in the study submitted ten carbapenem susceptible and ten carbapenem resistant E.coli and K.pneumoniae isolates to our laboratory that were isolated in two different periiods of six-month either between 1 March-31 August or 1 April-30 September 2019. A total of 509 isolates were collected from 26 of the 28 participating hospitals in the study. Isolates were identified by matrix assisted laser desorptionization-time of flight mass spectrophotometry (MALDI TOF MS) (Bruker Daltonics, Germany) method and antibiotic susceptibility tests for imipenem, meropenem and colistin were studied by broth microdilution. Moreover, susceptibilities to amikacin, amoxicillin-clavulanic acid, ampicillin, aztreonam, cefepime, cefotaxime, ceftazidime, ciprofloxacin, ertapenem, gentamicin, piperacillin-tazobactam, tobramycin and trimethoprim-sulfamethoxazole were determined by disc diffusion method. The resistance genes were investigated in isolates which were found to be phenotypically resistant to carbapenem and colistin, in house method was used to investigate carbapenemase genes and a commercial colistin resistant real-time PCR kit (Biospeedy, Turkey) was used for colistin resistance genes. In total, 493 of the 509 isolates collected from hospitals were identified as E.coli (25.7%, n= 127) and K.pneumoniae (74.3%, n= 366) and included in the study. It was determined that 31% of the isolates evaluated were from community-acquired infections and 69% were either from healthcare-associated infections or from colonization sites. Among the tested isolates, 248 (50.3%) were susceptible to carbapenems and 245 (49.7%) were resistant. The types of carbapenemases in carbapenemase-producing isolates were OXA-48 (52.2%), KPC (16.1%), NDM-1 (15%), OXA-48 + NDM-1 (12.6%), KPC + NDM-1 (2.8%) and VIM (0.5%) and OXA-48+VIM (0.5%). Resistance to colistin was detected in 23.3% of the isolates but mcr1-8 genes were not detected. It was found that all colistin resistant isolates are resistant to at least one of the carbapenems. The importance of a molecular-based antimicrobial resistance surveillance system in our country was demonstrated with this pilot study. It is thought that continuous monitoring of these epidemiological features will contribute to the management of infections due to carbapenemase-producing organisms.