DNA Dizileme Temelli Haplotip Analizlerinde Kullanılan Bazı Yazılımlar

Özet

Genetik kaynakların ve çeşitliliğin belirlenmesi ıslah programlarının ilk adımını teşkil eder. İstenilen özelliklerin seleksiyonuna başlamadan önce mevcut genetik potansiyelin belirlenmesini ve genotipik değerlerin tespitini sağlayan birçok moleküler yöntem kullanılmaktadır. PCR teknolojisine dayalı birçok moleküler yöntem (RAPD, RFLP, AFLP, SSR ve DNA dizi analizi vb.) kullanılarak popülasyonlarının tanımlanması, verim ve direnç ile ilgili genlerin belirlenmesi, filogenetik ilişkilerin ortaya konulması gibi konularda yoğun çalışmalar sürdürülmektedir. Buna paralel olarak moleküler yöntemlerden sağlanan veri setlerinin analizleri için birçok yazılım geliştirilmiş ve biyoinformatik bilim alanı doğmuştur. Bu çalışmada, DNA dizi analizleri sayesinde SNP’lerin (Single Nucleotide Polymorphism’s=Tek Nükleotid Polimorfizm) belirlenerek haplotip analizlerinin yapılması, popülasyonlar arası ve popülasyonlar içi genetik uzaklıkların hesaplanması ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesi için kullanılan bazı yazılımlar ve analizleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmıştır.

Abstract

Determination of genetic resources and their diversity constitutes are the initial step of the breeding programs. Before starting to the selection of the desired properties, many molecular methods are used to determine the existing genetic potential and determine the genotypic values. Many molecular methods (RAPD, RFLP, AFLP, SSR and DNA sequencing etc.) based on PCR technology are used to identify populations, identify genes related to yield and resistance, and demonstrate phylogenetic relationships. Many software’s for the analysis of molecular datasets obtained from molecular methods have been developed and the field of bioinformatics was born. In this study, after DNA sequence analysis; it is aimed to give information about haplotype analysis by determining SNPs (Single Nucleotide Polymorphism's) in individuals of populations, calculation of the genetic distance among populations and within populations, and software and analysis used for phylogenetic tree drawing.