Dergiler / EurAsian Journal of BioSciences (elektronik) / 2011 / Sayı: 5
RAPD-based assessment of genetic diversity among annual caraway (Carum carvi) populations
- Sayı
- 2011 · Sayı: 5
- Sayfa
- 37–47
- DOI
- —
Özet
Tunus, Almanya ve Misir kaynakli yillik Frenk kimyonuna (Carum carvi) ait bes popülasyon arasindaki genetik çesitlilik ve farklilasma, ilk kez incelendi. Genetik çesitlilik, popülasyon yapisi ve gen akisi ile alakali Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markör verileri elde edildi ve incelendi. Analiz edilen popülasyonlarda; 14 primer, toplam 136 ayird edilebilir ve tekrarlanabilir bant üretti. Bunlardan 56 tanesi polimorfik idi. UPGMA yigin analizi bütün genotipin ayirt edilmesini ve 3 ana grupta toplanmasini sagladi. Tunus kimyon popülasyonlari, anlamli ölçüde Alman ve Misir popülasyonlarindan ayrildi. Popülasyon gruplanmasi, cografik kaynaktan bagimsiz olarak yapildi. Çalisilan popülasyonlara özel RAPD izleri seçebildigimiz için, DNA seviyesinde de bu durumu göstermis olduk. Ek olarak, RAPD frekans verilerinin analizinden elde edilen boyutsal grafik; genotipleri, her biri popülasyonu temsil eden bes alt dal halinde gruplandirmamizi sagladi. Shannon indeks degerleri; farkliligin popülasyonlarin kendi içinde degil, popülasyonlar arasinda gerçeklestigini gösterdi. Bu sonuçlar, C. carvi populasyonlari arasinda önemli genetik farkliliklar oldugunu göstermistir.
Abstract
For the first time, genetic variability and differentiation among five annual caraway (Carum carvi) populations originating from Tunisia, Germany and Egypt were examined. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) marker data were obtained and analysed with respect to genetic diversity, population structure and gene flow. Fourteen primers generated a total of 136 discernible and reproducible bands across the analyzed populations, out of which 56 were polymorphic. The UPGMA cluster analysis permitted the discrimination of all the genotypes and their sorting into 3 main groups. Tunisian caraway populations diverged significantly from German and Egyptian ones. Population clustering was made dependently from geographic origin. This has been further explained at the DNA level as we were able to select a set of RAPD fingerprints unique to each of the studied populations. Furthermore, dimensional graph derived from factorial analysis of RAPD frequency data, allowed significant grouping of the genotypes into five sub-plots, representing each one population. Shannon's index values showed that variation ranks between rather than within populations. These results indicated that considerable genetic differences among C. carvi populations were registered. Keywords: Carum carvi, differentiation, diversity, population.