Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2004 / Cilt: 38 - Sayı: 1
HIV enfeksiyonunun moleküler tanısında manuel ve otomatize (MagNa Pure) nükleik asit izolasyon yöntemlerinin karşılaştırılması
- Sayfa
- 77–83
- DOI
- —
Özet
İnsan immünyetmezlik virus (HIV) enfeksiyonlarının tanısında, prognozun tayininde ve tedavi etkinliğinin takibinde kantitatif sonuç veren hızlı moleküler yöntemler büyük öneme sahiptir. Bu çalışma, HİV enfeksiyonunun moleküler tanısında ilk basamak olan nükleik asit izolasyonunda, MagNa Pure nükleik asit izolasyon sistemi ile manuel ekstraksiyon kitinin performanslarını karşılaştırmak amacıyla yapılmıştır. Çalışmaya, mikropartikül enzim immün yöntemi ile anti-HIV pozitif bulunan ve immünoblot yöntemiyle HİV antikor pozitifliği doğrulanan toplam 35 hastanın plazma örnekleri alınmıştır. Örneklerden eş zamanlı olarak manuel izolasyon kiti (Cobas Amplicor, HIV-1 Monitor Test, version 1.5, Roche Diagnostics) ve otomatize sistem (MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit, Roche Diagnostics) ile izole edilen nükleik asitler, Cobas Amplicor (Roche Diagnostics) sistemi kullanılarak çoğaltılmıştır. Sonuç olarak, 23 örnek (%65.7) her iki yöntemle de pozitif, 9 (%25.7) örnek her iki yöntemle de negatif bulunmuştur. Kalitatif sonuçlar dikkate alındığında, yöntemler arasındaki uyum %91.4 olarak hesaplanmıştır. Manuel ve otomatize sistemle izolasyon sonunda elde edilen viral RNA kopya sayıları sırasıyla; 76.0-7.590.000 (ortalama: 487.143) ve 113.0-20.300.0000 (ortalama: 2.174.097) kopya/ml'dir. MagNA Pure izolasyon sistemi ile elde edilen nükleik asit sayılarının, gerek toplamda gerekse her örnek için ayrı ayrı ele alındığında manuel ekstraksiyon kitine oranla çok daha yüksek olduğu görülmüştür (p<0.05). Otomatize sistemle izolasyon sonunda düşük kopya sayısı elde edilen 3 örneğin (sırasıyla, 113, 773, 857 kopya/ml), manuel izolasyonda negatif sonuç verdiği belirlenmiştir. Dolayısıyla, MagNA Pure izolasyon sisteminin HİV enfeksiyonlarının moleküler tanısında, nükleik asit izolasyonu aşamasında güvenilir, hızlı ve pratik bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır.
Abstract
Rapid quantitative molecular methods are very important for the diagnosis of human immunodeficiency virus (HIV) infections, assessment of prognosis and follow up. The purpose of this study was to compare and evaluate the performances of conventional manual extraction method and automated MagNA Pure system, for the nucleic acid isolation step which is the first and most important step in molecular diagnosis of HIV infections. Plasma samples of 35 patients in which anti-HIV antibodies were found as positive by microparticule enzyme immunoassay and confirmed by immunoblotting method, were included in the study. The nucleic acids obtained simultaneously by manual isolation kit (Cobas Amplicor, HIV-1 Monitor Test, version 1.5, Roche Diagnostics) and automated system (MagNA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit, Roche Diagnostics), were amplified and detected in Cobas Amplicor (Roche Diagnostics) instrument. Twenty three of 35 samples (65.7%) were found to be positive, and 9 (25.7%) were negative by both of the methods. The agreement between the methods were detected as 91.4%, for qualitative results. Viral RNA copies detected by manual and MagNA Pure isolation methods were found between 76.0-7.590.000 (mean: 487.143) and 113.0-20.300.0000 (mean: 2.174.097) copies/ml, respectively. When both of the overall and individual results were evaluated, the number of RNA copies obtained with automatized system, were found higher than the manual method (p<0.05). Three samples which had low numbers of nucleic acids (113, 773, 857, respectively) with MagNA Pure, yielded negative results with manual method. In conclusion, the automatized MagNA Pure system was found to be a reliable, rapid and practical method for the isolation of HIV-RNA.