Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2001 / Cilt: 35 - Sayı: 4
Türkiye'de izole edilen tip-1 poliovirusların, sabin aşı suşu veya vahşi tip olarak ayırımında PCR-RFLP ve nötralizasyon yöntemlerinin karşılaştırılması
- Sayfa
- 589–597
- DOI
- —
Özet
1989 yılından beri ülkemizin dahil olduğu Poliomyelit Eradikasyon Programı kapsamında, laboratuvarımızda değişik yıllarda ve çeşitli illerdeki poliomiyelitli olgulardan toplanan gaita örneklerinden, hücre kültürü ve mikronötralizasyon yöntemleriyle poliovirus izolasyonu ve tanımlanması yapılmaktadır. Sunulan çalışmada, ülkemizdeki akut flask paralizli olgulardan 1994-1999 yılları arasında izole edilen 36 poliovirus suşunun tiplendirilmesinde, immünolojik bir yöntem olan nötralizasyon ile moleküler bir yöntem olan PCR-RFLP'in (polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon fragman uzunluk polimorfizm analizi) karşılaştırılması amaçlanmıştır. Dört farklı özgüllükte monoklonal antikor (mAbs S1-36, B82, B18, M18) kullanılarak hücre kültüründe nötralizasyon (mAb-Nt) testi ve iki primer çifti (UG1-UC1, UG7-UC12) kullanılarak elde edilen PCR ürünlerinin Ddel, Hae III ve Hint/enzimleriyle yapılan RFLP analizi sonunda ayırımı yapılan izolatların, aşı suşu (Sabin like; SL) veya vahşi (non Sabin-like; NSL) poliovirus olup olmadıklarını değerlendirilmiştir. Tüm çalışmalarda, referans standart sus olarak Sabin aşı susu tip 1 ve Mahoney (prototip vahşi poliovirus tip 1) suşları kullanılmıştır. Çalışmamızda, mAb-Nt yöntemiyle 36 izolatın 6'sı (%16.7) SL, 30'u (%83.3) NSL, PCR-RFLP yöntemine alınabilen 30 izolatın ise 7'si (%23.3) SL, 23'ü (%76.7) NSL olarak belirlenmiştir. Nt ile NSL olarak tanımlanan bir suş (%3.2) ise RFLP ile SL paterni göstermiştir. Nt yönteminde 3 (%8.3) suş, çalışılan hiçbir mAb ile nötralize olmadığından ve RFLP analizinde 7 (%22.6) suş farklı kesim paterni verdiğinden "farklı özellikte NSL polioviruslar" olarak değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, her iki yöntemle de test edilen 30 izolatın 29'u aynı şekilde ayırd edilmiş ve yöntemler arasındaki uyum %96.7 olarak belirlenmiştir.
Abstract
Turkey has been included in the European Region within the framework of Polio Eradication Programme since 1989. As a National Reference Laboratory, poliovirus isolation and identification from stool samples of poliomyelitis cases collected in different provinces and periods, has been provided by cell culture and microneutralization methods in our laboratory. In the present study, as an immunological method the neutralization (Nt) test and as a molecular method PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) analysis, have been compared for intratyping differentiation of 36 poliovirus type 1 strains isolated from acute flask paralysis cases between 1994-1999, in our country. For this purpose, all the strains were characterized with Nt method by using four types of specific monoclonal antibodies (mAbs S1-36, B82, B18, M18), and the reverse-transcribed genomic fragments of .30 strains, amplified with PCR by using two different primer pairs (UG1-UC1 and UC7-UC12), were analysed with RFLP by using Ddel, Hae III and Hint I restriction enzymes, in order to search whether they were Sabin-like (SL) or non Sabin-like (NSL). The standard reference strains, Sabin vaccine strain type 1 and Mahoney (prototype wild type 1) polioviruses were included into all studies. By Nt test, 30 (83.3%) of 36 isolates . were identified as NSL, and 6 (16.7%) as SL, whereas by PCR-RFLP, 23 (76.7%) were detected as NSL and 7 (23.3%) as SL. One (3.2%) strain which was identified as NSL by mAb-Nt test, showed SL pattern in PCR-RFLP. As 3 (8.3%) isolates haven't been neutralized by any of the studied mAbs and 7 (22.6%) isolates showed different RFLP patterns, they were evaluated as "NSL polioviruses with different properties". As a result, 29 of 30 isolates were differentiated similar by both of the methods, and the concordance of the methods were found 96.7%.