Türkiye'de İnsanlardan İzole Edilen Salmonella enterica serovar Typhimurium Suşlarının Moleküler Özellikleri

Molecular Characterization of Salmonella enterica Serovar Typhimurium Strains Isolated from Humans in Turkey

Özet

Çoklu ilaç direnci (ÇİD) olan suşlarla gelişen Salmonella enfeksiyonları, özellikle de Salmonella Typhimurium DT104 faj tipi suşlarının neden olduğu enfeksiyonlar, dünyanın pek çok bölgesinde yayılım gösteren ve ciddi halk sağlığı sorunu oluşturan enfeksiyonlardır. S.Typhimurium, Türkiye'de salmonellozlu olgulardan en sık izole edilen serotiplerdendir, ancak bu suşların faj tipleri hakkında yeterli bilgimiz yoktur. Bu çalışma, Türkiye'de insanlardan izole edilen ÇİD olan S.Typhimurium suşlarının DT104 (defi nitive faj tipi 104) suşları olup olmadığını; sınıf 1 integron taşıyıp taşımadıklarını; bu özelliklerin plazmid profi lleri ve değişken alanlı (pulsed-fi eld) jel elektroforezi (PFGE) profi lleri ile ilişkisini araştırmak için planlanmıştır. Çalışmada, Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Enterobakteri Laboratuvarının kültür koleksiyonlarından seçilen 66 S.Typhimurium suşu, plazmid profi l analizi (PPA); XbaI ve SpeI enzimleri kullanılarak PFGE; DT 104 faj tipi ve sınıf 1 integron varlığı için standart polimeraz zincir reaksiyonu ile incelenmiştir. Çalışmaya alınan izolatlar, 2000 yılından sonra, yedi ilde, sporadik olguların çeşitli klinik örneklerinden izole edilmiş olan ACSSuT (n: 63), ACGSSuTT/S (n: 1), ACSSuTT/S (n: 1) ve ASSuTT/S (n: 1) direnç tipine sahip suşlardır [ampisilin (A), kloramfenikol (C), gentamisin (G), streptomisin (S), sülfonamid (Su), tetrasiklin (T), trimetoprim/sülfametoksazol (T/S)]. Suşların 65'inin (%98.5) DT104 faj tipinde olduğu bulunmuştur. S.Typhimurium DT104 suşlarının 43'ünün (%66.2), büyüklükleri 350-1600 baz çifti (bç) arasında değişen beş farklı bant olmak üzere, sınıf 1 integron taşıdıkları; tüm suşların 1.0-180 kbç arasında değişen büyüklüklerde 1-4 plazmid taşıdıkları; ayrıca serotipe özgü ve virülansla ilişkili olan 90 kbç büyüklüğündeki plazmidin 62 izolatta (%95.3) bulunduğu belirlenmiştir. S.Typhimurium DT104 suşları, XbaI enzimi ile beş (X1-X5) ve SpeI ile de yedi (S1-S7) profi le ayrılmaktadır. Her iki enzim profi lleri birlikte değerlendirildiğinde, 65 izolatın 58'inin (%89.2) benzer PGFE profi li (X1.S1) gösterdiği belirlenmiştir. Sınıf 1 integron, plazmid ve PFGE profi lleri birlikte değerlendirildiğinde, çalışmada incelenen S.Typhimurium suşlarının büyük çoğunluğunun benzer moleküler profi llerde toplandığı görülmektedir. Bu çalışma ile Türkiye'de izole edilen ve beş antimikrobiyal ilaca (ACSSuT) dirençli S.Typhimurium suşlarının neredeyse tümünün DT104 suşları olduğu gösterilmiştir. Sporadik olgulardan elde edilen bu izolatların PFGE profi lleri, epidemiyolojik olarak birbiriyle ilişkili suşlar olduğunu düşündürmektedir

Abstract

Multidrug resistant (MDR) Salmonella infections, especially infections due to Salmonella Typhimurium DT104 phage type strains are an important public health issue in many parts of the world. S.Typhimurium is the most common serotype isolated from clinical samples in Turkey but we have limited data about the phage types of these isolates. The aims of this study were to fi nd out whether these MDR S.Typhimurium isolates are DT104 phage type isolates and have class 1 integrons and to investigate the relationships of these characteristics between plasmid and pulsed fi eld gel electrophoresis (PFGE) profi les. A total of 66 S.Typhimurium stock strains selected from Enterobacteria Laboratory culture collections of Ankara University School of Medicine, Department of Medical Microbiology were investigated by plasmid profi le analysis (PPA) and PFGE with the use of XbaI and SpeI enzymes. The presence of class 1 integrons and the phage type 104 were investigated by polymerase chain reaction (PCR). The strains used in the study were sporadically isolated cases from seven provinces after year 2000 with ACSSuT (63), ACGSSuTT/S (1), ACSSuTT/S (1) and ASSuTT/S (1) resistance types [ampicillin (A), chloramphenicol (C), gentamicin (G), streptomycin (S), sulphonamide (Su), tetracycline (T), trimethoprim/sulfamethoxazole (T/S)]. Of the isolates 65 were found as DT104 phage type. Forty-three S.Typhimurium DT104 isolates that carry class 1 integrons had fi ve different bands between 350-1600 base pairs (bp); all of the isolates harbored 1-4 plasmids with sizes ranging from 1.0-180 kbp and 62 isolates had 90 kbp plasmid which was serotype specifi c and virulence related. S.Typhimurium DT104 isolates were grouped into fi ve (X1-X5) and seven (S1-S7) profi les with XbaI and SpeI enzymes, respectively. When the profi les of the two enzymes were evaluated, 58 of the 65 (89.2%) isolates showed similar (X1.S1) profi le. The molecular characteristics of the most S.Typhimurium isolates were clustered in similar groups when class 1 integron, plasmid and PFGE types were analyzed together. In this study we showed that nearly all S.Typhimurium isolates with fi ve drug resistance pattern (ACSSuT) were DT104 isolates. PFGE profi les of these sporadic isolates suggested that they were epidemiologically related