Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2016 / Cilt: 50 - Sayı: 1
Aydın'da İnsanlardan İzole Edilen Giardia intestinalis Suşlarının Genotiplendirilmesi
- Sayfa
- 152–158
- DOI
- —
Özet
Tüm dünyada yaygın olarak bulunan Giardia intestinalis, insan ve diğer memelileri enfekte eden ince bağırsak yerleşimli kamçılı bir protozoon parazittir. Parazitin günümüze kadar sekiz farklı genotipi tanımlanmış olup, bunlardan insanlarda enfeksiyon oluşturan zoonotik karakterli genotip A ve B'nin, düşük konak özgüllüğüne sahip olduğu bildirilmektedir. Yapılan çalışmalarda farklı genotipe sahip izolatların farklı patojenik ve klinik özelliklere sahip oldukları ifade edilmektedir. Bu çalışmada Aydın'da saptanan G. intestinalis izolatlarının genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında, Ocak 2011 ve Aralık 2014 tarihleri arasında Adnan Menderes Üniversitesi, Parazitoloji Laboratuvarına değişik polikliniklerden rutin parazitolojik inceleme için gönderilen ve direkt mikroskobik inceleme sonucu G. intestinalis saptanan toplam 40 dışkı örneği değerlendirilmiştir. Pozitif örneklerden DNA izolasyonu ticari bir kit (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Qiagen, Almanya) ile yapılmış, G. intestinalis'in 16S rRNA ve beta-giardin gen bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile çoğaltılmış ve elde edilen amplikonlar dizilenmiştir. 16S rRNA gen bölgesine yönelik PCR ile 40 izolatın 11'inde (%27.5) ve beta-giardin gen bölgesine yönelik PCR ile 10'unda (%25) olmak üzere toplam 21 örnekte beklenen boyutta bantlar görülmüştür. Dizilenen 21 amplikonun 10'u (%47.6) referans diziler ile %98-100 benzerlik göstermiş ve genotipleri belirlenebilmiştir. Genotiplerin dağılımı; A1 (n: 3), A2 (n: 3), A3 (n: 2) ve B (n: 2) şeklinde bulunmuştur. Elde edilen veriler ışığında insanlarda saptanan türlerin zoonotik olabileceği öngörülmektedir. Ülkemizde yapılan diğer çalışmalarda olduğu gibi, bölgemizde de genotip A'ya (8/10) genotip B'den (2/10) daha fazla rastlanmıştır. Toplamda 40 izolattan 10'unun (%25) genotipi belirlenebilmiş; G.intestinalis genotiplerinin belirlenmesinde beta-giardin genine yönelik dizi analizinin, 16S rRNA için olana göre daha iyi sonuçlar verdiği gözlenmiştir. Bu nedenle, iki gen bölgesinin karşılaştırılmasına olanak sağlayan, örnek sayısının fazla olduğu çalışmaların gerekli olduğu düşünülmektedir
Abstract
Giardia intestinalis which is a fl agellate, intestinal protozoon of humans and a variety of mammalian species, shows worldwide distribution. To date, eight genotypes of the parasite have been identifi ed. Among these genotypes, assemblage A and B have zoonotic characteristics with low host specifi city, thus they are responsible for the human infections. The aim of this study was to identify G.intestinalis genotypes in Aydin, located in Aegean region of Turkey. A total of 40 stool samples that were found positive for G.intestinalis by direct microscopic examination, from Adnan Menderes University, Research and Training Hospital, Parasitology Laboratory from January 2011 to December 2014 were included in the study. DNA isolation from stool samples performed with commercial kit (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Qiagen, Germany) followed by polymerase chain reaction (PCR) for G.intestinalis 16S rRNA and beta-giardin genes and then the amplicons were sequenced. Out of 40 isolates 11 (27.5%) were positive with 16S rRNA PCR and 10 (25%) were positive with beta-giardin PCR. Of 21 sequenced amplicons, 10 (47.6%) of them showed 98%-100% similarity with reference sequences and their genotypes could be identifi ed. The distribution of genotypes were as follows: cluster A1 (n: 3), cluster A2 (n: 3), cluster A3 (n: 2) and assemblage B (n: 2). In the light of our results the isolates detected in humans might be zoonotic origin. In accordance with the previous reports in Turkey, assemblage A (8/10) was more common than assemblage B (2/10). In the present study, 10 (25%) out of 40 isolates could be genotyped and sequencing of beta-giardin gene yielded more effective results than sequencing of 16S rRNA for the determination of assemblages. The present study indicated that, there is a need for prospective studies with extended number of cases allowing the comparison of the two genes used for G.intestinalis genotyping