Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2018 / Cilt: 52 - Sayı: 2
Adana İlinde Akut Gastroenteritli Çocuklarda Rotavirüs Prevalansı ve Genotip Dağılımı
- Sayfa
- 156–165
- DOI
- —
Özet
Rotavirüs beş yaş altı çocuklarda görülen gastroenteritlerin en sık ve gelişmekte olan ülkelerde mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenidir. Bu çalışmada rotavirüs aşısının ulusal aşılama programına dahil edilmesinden önce, Adana ilinde beş yaş altı, akut gastroenteritli çocuklardan elde edilen rotavirüs izolatlarının genotip dağılımının incelenmesi amaçlanmıştır. Aralık 2012-Kasım 2016 tarihleri arasında çalışmaya dahil edilen çocuklardan alınan dışkı örneklerinde immünokromatografik hızlı test ile rotavirüs antijeni araştırılmıştır. Antijen pozitif örneklerde rotavirüs G ve P genotip analizi için hemi-nested tip spesifik multipleks reverse transkriptaz-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) uygulanmıştır. Rotavirüs antijeni pozitif olan 107(%53.3)’si erkek, 94(%46.8)’ü kız 201 hastanın dışkı örnekleri çalışmaya dahil edilmiştir. Bu çalışmada rotavirüs gastroenteriti en sık 12-23 ay arasındaki hastalarda saptanmıştır. Rotavirüs gastroenteritlerin %45’i iki yaş altı çocuklarda görülmüştür. Rotavirüs gastroenteriti eylül-nisan ayları arasında daha sık görülmekle birlikte en sık görülme oranı ocak ayında tespit edilmiştir. Rotavirüs antijen testi pozitif 201 dışkı örneğinden 167’sinde PCR sonucu pozitif olarak bulunmuştur. Rotavirüsün en sık görülen beş G genotipi (G1, G2, G3, G4 ve G9) ve iki P genotipi (P4 ve P8) sırasıyla izolatların %91.6’sında ve %96.4’ünde saptanmıştır. G1P8 en yüksek saptanan G-P kombinasyonu olup, izolatların %29.9’unu oluşturmuş ve bunu %21 oranı ile G9P8 izolatları izlemiştir. Çalışmamızda en sık saptadığımız beş G-P kombinasyonu (G1P8, G9P8, G3P8, G2P4ve G2P8) tüm izolatların %78’ini oluşturmuştur. Çalışma sürecinde, rotavirüs genotiplerinin prevalansında belirgin değişim olduğu görülmüştür. G9P8 prevalansının %40’tan %8.1’e düştüğü ve G1P8 prevalansının %21.3’ten %48.6’ya yükseldiği saptanmıştır. İlk iki yılda görülmeyen G3P8 izolatları 2015 ve 2016 yıllarında sırasıyla %18.7 ve %13.5 oranlarında saptanmıştır. Rotavirüs genotipi ile hastalığın görülme yaşı, cinsiyet ve dehidratasyon gelişme riski arasında ilişki saptanmamıştır. Bu çalışma ile G1P8 ve G9P8 genotiplerinin klinik örneklerden elde edilen yaygın genotipler olduğu ortaya konulmuştur. Yıllara göre en sık görülen rotavirüs izolatlarının prevalansında önemli değişiklikler gözlenmiştir. Rotavirüs sürveyansı, dolaşımdaki rotavirüs suşlarının belirlenmesi, rotavirüs aşı etkinliğinin değerlendirilmesi ve dolaşıma girebilecek potansiyel yeni genotiplerin saptanması açısından önemlidir.
Abstract
Rotavirus is the most common agent of acute gastroenteritis in children under five years of age and still a major cause of mortality and morbidity mainly in devoloping countries. The aim of this study was to determine the circulating rotavirus genotypes in children less than five years of age with acute gastroenteritis in Adana province, before the introduction of the rotavirus vaccine into the national immunization programme. Fecal specimens were collected from children enrolled between December 2012 and November 2016 and rotavirus antigen was searched by a rapid immunochromatographic test method. The antigen positive samples were G and Pgenotyped by hemi-nested type-specific multiplex reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Rotavirus antigen positive fecal specimens from 201 patients of 107 (53.3%) boys and 94 (46.8%) girls were included in this study. Rotavirus infection was most frequently detected in patients with gastroenteritis between the ages of 12 and 23 months. It has been determined that 45% of rotavirus gastroenteritis was determined in children under two years of age. Rotavirus gastroenteritis was more frequent between September and April, but the highest incidence was detected in January. Of 201 rotavirus antigen-positive stool specimens, 167 were PCR positive. Five common G (G1, G2, G3, G4 and G9) and two common P genotypes (P[8] and P[4]) were determined as 91.6% and 96.4% of the isolates, respectively. The most prevalent G and P genotype combination was G1P8 with a frequency of 29.9%, followed by 21% G9P8 About 78% of rotavirus isolates were classified into five common G-P combination genotypes, including G1P8, G9P8 G3P8, G2P4, and G2P8. During the study period, there were significant changes in the distribution of rotavirus genotype. The prevalence of G9P8 genotype sharply decreased from 40% to 8.1% and the prevalence of G1P8 genotype increased from 21.3% to 48.6%. Although no G3P8 isolates were detected in the first two years of the study, this genotype was detected in 18.5% and 13.5% of the samples in 2015 and 2016, respectively. There were no relationship between the age onset of the disease, sex, dehydration development risk and rotavirus genotype. The results from this study indicated that the predominant circulating strains of rotavirus determined in clinical specimens were G1P8 and G9P8. Significant changes were observed in the prevalence of the most common rotavirus isolates over the years. Rotavirus surveillance is important to determine the circulating strains of rotavirus to assess vaccine effectiveness, to monitor vaccine failures, and to detect potential emerging strains.