BİYOLOJİK AĞLARDA AĞ MOTİFLERİ VE İNDEKSLEME TEKNİKLERİ

Özet

Karmaşık ağlarda rastgele oluşturulmuş ağlara oranda önemli derece daha fazla sıklıkta bulunan alt ağlar ağ motifleri olarak adlandırılır. Söz konusu alt ağlar ilgili karmaşık ağın temel yapı taşlarıdır. Bunlar genellikle ait oldukları karmaşık ağlarda önemli roller oynarlar. Ağ motiflerinin bilgisayar vasıtasıyla tespit edilmesi zor bir problemdir. Ağ motiflerinin tespiti genellikle NP-complete zorluk derecesine sahip alt ağ izomorfizm probleminin çözümünü gerektirir. Bunun yerine, çeşitli yöntemler, biyolojik ağlarda tanımlı oranlardan daha fazla sıklıkta bulunan benzer yapıları tespit etmek için benzerlik sorguları uygularlar. Bu ağlar veritabanlarında saklanıldığından, bu veritabanlarına hızlıca erişebilecek ve veritabanını sorgulayabilecek etkili yöntemlere ihtiyaç duymaktayız. Söz konusu ağlar teorik olarak genelde çizge yapısında tanımlandığı için bu sorguları cevaplamaya yardımcı olacak çeşitli çizge indeksleme teknikleri geliştirilmiştir. Bu çalışmada, biyolojik ağlardaki ağ motifleri ve indeksleme teknikleri hakkında özet bilgi sunulmuştur.