Marmara Bölgesi’nde Bazı Sebze ve Süs Bitkilerinde Orthotospovirus’ların Biyolojik, Serolojik ve Moleküler Karakterizasyonu

Biologic, Serologic and Molecular Characterization of Orthotospovirus on Some Vegetables and Ornamental Plants in the Marmara Region

Özet

Bu çalışma, 2012-2016 yılları arasında Marmara Bölgesi’nde (Bilecik, Bursa, Çanakkale, Edirne, Kocaeli, Kırklareli, İstanbul, Sakarya, Tekirdağ, Yalova il ve ilçeleri) domates, marul, kasımpatı, gerbera ve glayöl üretim alanlarında gerçekleştirilmiştir. Çalışma, bu alanlarda zarara neden olan ve Orthotospovirus genusunda yer alan Groundnut bud necrosis virus (GBNV), Watermelon silver mottle virus (WSMoV), Groundnut ringspot virus (GRSV), Impatiens necrotic spot virus (INSV), Tomato chlorotic spot virus (TCSV), Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV) ve Tomato spotted wilt virus’un (TSWV) saptanması, toplanan örneklerde enfeksiyon oranlarının ortaya konması ve virüslerin moleküler karakterizasyonlarının yapılarak, flogenetik akrabalıklarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Toplanan 1034 adet örneğin tamamı serolojik olarak DAS-ELISA yöntemine göre testlenmiştir. Domates bitkilerine ait 562 adet örneğin %41.10’unun TSWV ile enfekteli olduğu tespit edilmiştir. Marul bitkilerine ait 332 adet, glayöl, gerbera ve kasımpatı bitkilerine ait 140 adet yaprak örneğinde araştırılan Orthotospovirus’lar açısından enfeksiyon tespit edilmemiştir. BST1 numaralı izolat otsu indikatörlerden Capsicum annuum L., Datura stramonium L., Nicotiana tabacum cv. Samsun ve N. glutinosa L., BST2 numaralı izolat Petuia hybrida L., BYA4 numaralı izolat Solanum lycopersicum L. ve Arachis hypogaea L. bitkilerinde klorotik/nekrotik leke, mozaik, deformasyon ve bodurluk gibi belirtilerin oluşmasına neden olmuştur. Yerel TSWV izolatlarına ait nükleotit ve amino asit dizilerinin benzerlik oranları NCBI gen bankasında kayıtlı referans izolatlarlarla oldukça yüksek bulunmuştur.

Abstract

This study was completed in production areas for tomato, lettuce, chrysanthemum, gerbera and gladiolus in the Marmara Region (States and counties in Bilecik, Bursa, Çanakkale, Edirne, Kocaeli, Kırklareli, İstanbul, Sakarya, Tekirdağ, and Yalova) from 2012-2016. The identification of Groundnut bud necrosis virus (GBNV), Watermelon silver mottle virus (WSMoV), Groundnut ringspot virus (GRSV), Impatiens necrotic spot virus (INSV), Tomato chlorotic spot virus (TCSV), Chrysanthemum stem necrosis virus (CSNV) and Tomato spotted wilt virus (TSWV) within the Orthotospovirus genus causing damage in this area, determination of infection rates in collected samples and molecular characterization of the viruses was performed with the aim of determining phylogenetic relationships. All of the 1034 collected samples were serologically tested with the DAS-ELISA method. Of 562 samples collected from tomato plants, 41.10% were found to be infected with TSWV. There was no infection in terms of Orthotospoviruses in 332 leaves of lettuce plants, 140 leaf samples belonging to gladiolus, gerbera and chrysanthemum plants. BST1 isolate caused the formation of symptoms like chlorotic/necrotic stains, mosaic, deformation and dwarf in herbaceous indicators Capsicum annuum L., Datura stramonium L., Nicotiana tabacum cv. Samsun and N. glutinosa L., BST2 isolate caused symptoms in Petunia hybrida L., and BYA4 isolate caused symptoms in Solanum lycopersicum L. and Arachis hypogaea L. Nucleotides and amino acid sequences from local TSWV isolates had similar rates and were much higher than the reference isolates recorded in the NCBI gene bank.