COVID-19 Pandemisi Öncesinde Coronaviridae Ailesi Pozitifliğinin ve Mevsimsel Dağılımının Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi (2016-2020)

Retrospective Evaluation of the Prevelance and Seasonal Distribution of Coronaviridae Positivity Before the COVID-19 Pandemic (2016-2020)

Özet

Giriş: Koronavirüsler, viral solunum yolu infeksiyonu etkenlerindendir ve özellikle yaşlılar, kronik hastalığı olanlar, immün sistemi baskılanmış hastalarda ağır solunum yolu infeksiyonlarına neden olmaktadırlar. Çalışmanın amacı, pandemi öncesindeki dört yıllık süreçte (2016-2020) hastanemize başvuran hastalardaki Coronaviridae ailesi pozitifliğinin ve yaygın görülen tiplerin tespit edilmesi; koronavirüs pozitifliğinin yaş gruplarına, aylara, mevsimlere ve yıllara göre dağılımının araştırılmasıdır. Materyal ve Metod: Çalışmada Şubat 2016-Ocak 2020 tarihleri arasında Gazi Üniversitesi, Tıp Fakültesi Hastanesi’nin çeşitli kliniklerinden akut solunum yolu infeksiyonu belirtileri nedeniyle moleküler viroloji laboratuvarına gönderilen ve “viral solunum paneli” testi gerçekleştirilmiş 1164’ü kadın (%45) ve 1428’i erkek (%55) olmak üzere yaşları 0-101 yaş arasında değişen 2592 hastanın Coronaviridae ailesi pozitifliği retrospektif olarak araştırıldı. Klinik örneklerden nükleik asit ekstraksiyonu ‘EZ1 Virus Mini Kit’ ile yapılmıştır. Viral DNA amplifikasyonu için ‘FTD Respiratory Pathogen 21’ testi kullanılarak multiplex Real-Time PCR yöntemiyle gerçekleştirildi. Koronavirüs pozitifliğinin yaş gruplarına, aylara, mevsimlere ve yıllara göre dağılımının istatistiksel analizleri SPSS 20.0 bilgisayar programı aracılığıyla yapıldı. Bulgular: Klinik örneklerin 229’unun (%8.9) herhangi bir koronavirüs tipi için pozitif olduğu görüldü. En yaygın görülen koronavirüs tipinin %52 (119/229) ile CoV-229E olduğu görüldü. Diğer koronavirüs tiplerinin dağılımı sırasıyla CoV-HKU1; %19.2 (44/229), CoVOC43; %17.4 (40/229), CoV-NL63; %14 (32/229) olarak tespit edildi ve baskın tipin yıldan yıla değiştiği görüldü. Tek başına koronavirüs pozitifliği %48,1 diğer virüsler ile birlikteliği %51.9 olarak tespit edildi. En yüksek koronavirüs birlikteliğinin Rhinovirüs (%35.3) ve İnfluenza A virüste (%19,3) olduğu görüldü. 60 yaş üstü hastalarda diğer yaş gruplarına kıyasla daha yüksek oranda (%30.6) pozitiflik olduğu tespit edildi (p< 0.05). En yüksek koronavirüs pozitiflik oranının Ocak (%17.4) ayında, en düşük oranın ise Haziran (%1.7) ayında olduğu görüldü. En yüksek pozitiflik oranı (%44.2) ile kış mevsiminde, en düşük oran (%8.2) ise yaz mevsiminde saptandı. Koronavirüslerin mevsimsel farklılık göstererek kış aylarında daha yüksek oranlarda tespit edildiği görüldü (p< 0.05). Sonuç: Viral solunum yolu infeksiyonlarında klinik bulgulara dayanarak tanı koymak mümkün olmadığından erken tanı, tedavi ve gereksiz antibiyotik kullanımının önlenmesi için rutin tanıda viral solunum yolu paneli ve Multipleks real time PCR testi hızlı ve kullanışlı bir yöntemdir. Coronaviridae ailesi pozitifliği 60 yaş üstü hastalarda ve mevsimsel farklılık göstererek kış aylarında daha yüksek oranlarda görülmektedir

Abstract

Introduction: Coronaviruses are the agents of viral respiratory infections and cause severe respiratory infections, especially in the elderly, those with chronic disease and immunocompromised patients. The aim of this study was to determine the positive and common types of Coronaviridae family in patients admitted to our hospital in the four-year period before the COVID-19 pandemic (2016-2020) and to investigate the distribution of coronavirus positivity by age groups, months, seasons and years. Materials and Methods: Between February 2016 and January 2020, clinical samples of 1164 female (45%) and 1428 (55%) male patients were sent to the molecular virology laboratory from the various clinics of Gazi University, Faculty of Medicine Hospital due to symptoms of acute respiratory tract infection. Coronaviridae family positivity was investigated retrospectively in clinical samples of 2592 patients aged 0-101 years. Nucleic acid extraction from the clinical samples was performed with the ‘EZ1 Virus Mini Kit’. For viral DNA amplification, it was performed by multiplex Real-Time PCR method using ‘FTD Respiratory Pathogen 21’ test. Statistical analysis of the distribution of coronavirus positivity by age groups, months, seasons and years was done by SPSS 20.0 computer program. Results: Two hundred and twenty-nine (8.8%) of the clinical samples were found to be positive for any Coronavirus type. The most common type of Coronavirus was found to be CoV-229E with 52% (119/229). The distribution of other coronavirus types including CoV-HKU1, CoV-OC43 and CoV-NL63 was determined as 19.2% (44/229), 17.4% (40/229) and 14% (32/229) respectively, and the most common type of Coronavirus changed from year to year. Single Coronavirus positivity was found to be 48.1%, its association with other viruses was 51.9%. The highest coinfection of Coronavirus was found in Rhinovirus (35.3%) and influenza A virus (19.3%). Patients over 60 years of age were found to have a higher rate (30.6%) positivity compared to other age groups (p< 0.05). The highest rate of Coronavirus positivity was observed in January (17.4%) and the lowest rate in June (1.7%). It was observed that the highest rate of positivity (44.2%) was in winter and the lowest rate (8.2%) was in summer (p< 0.05). Coronaviruses were found to be detected at higher rates in winter with seasonal variation (p< 0.05). Conclusion: Since it is not possible to diagnose viral respiratory tract infections based on clinical findings, viral respiratory panel and Multiplex real time PCR test is a fast and useful method in routine diagnosis for early diagnosis and treatment and to prevent unnecessary use of antibiotics. Coronaviridae family positivity is seen in patients over 60 years of age and in seasonal variation, with higher rates in winter.