Dergiler / Veterinary Sciences and Practices / 2022 / Cilt: 17 Sayı: 1

Genetik Parametre Tahmininde Kovaryans Faktörün Kullanılması

Using Covariance Factor in Genetic Parameter Estimation

Sayfa
1–5
Yayın Tarihi
2022-04-29
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

MIVQUE yönteminde kovaryetenin modele dahil edilmesi sonucunda çevre varyansının artması, bu yöntemin olumsuz tarafı olarak tespit edilmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Bu çalışmada, genetik parametre tahmininde sıkça kullanılan yöntemlerden REML, MINQUE ve MIVQUE yöntemlerinin, modele kovaryans faktör dahil edildiği durumda varyans unsurları tahminindeki etkinliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Süt verimi için kuruda kalma süresi, doğum ağırlığı için ananın canlı ağırlığı kovaryeteler olarak belirlenmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:MIVQUE yönteminde kovaryetenin modele dahil edilmesi sonucunda çevre varyansının artması, bu yöntemin olumsuz tarafı olarak tespit edilmiştir.
🔬Tür:Laboratuvar & Saha Deneyi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:genetik parametre tahmini · karışık model · kovaryans faktör

Özet

Bu çalışmada, genetik parametre tahmininde sıkça kullanılan yöntemlerden REML, MINQUE ve MIVQUE yöntemlerinin, modele kovaryans faktör dahil edildiği durumda varyans unsurları tahminindeki etkinliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmada simülasyon ile elde edilen, dengeli ve normal dağılımlı veriler kullanılmıştır. Varyans unsurları tahmininde hem sabit hem de şansa bağlı faktörlerin bulunduğu karışık model kullanılmıştır. Süt verimi için kuruda kalma süresi, doğum ağırlığı için ananın canlı ağırlığı kovaryeteler olarak belirlenmiştir. Yöntemlerle elde edilen varyans unsurlarının karşılaştırılmasında, çevre varyansının küçük olması ve çevre varyansının toplam varyansa oranının küçük olması kriterleri esas alınmıştır. Yöntemler karşılaştırıldığında, kovaryetenin modele dahil edildiği durumda hem süt verimi için hem de doğum ağırlığı için en iyi sonuçlar MINQUE yöntemi ile elde edilmiştir. Fakat MINQUE yöntemi ile negatif varyans unsuru elde edilmiştir. MIVQUE yönteminde kovaryetenin modele dahil edilmesi sonucunda çevre varyansının artması, bu yöntemin olumsuz tarafı olarak tespit edilmiştir. Karışık modele kovaryans faktörlerin dahil edildiği ve edilmediği durumlarda, dengeli ve normal dağılımlı verilerde genetik parametre tahminlenirken REML yönteminin sonuçlarının MINQUE ve MIVQUE yöntemlerine göre daha iyi ve güvenilir sonuçlar verdiği tespit edilmiştir.

Abstract

In this study, it was aimed to determine the efficiency of REML, MINQUE and MIVQUE methods, which are frequently used methods in estimating genetic parameters, in the estimation of variance components when the covariance factor is included in the model. Balanced and normally distributed data obtained by simulation were used in the study. A mixed model with both fixed and chance factors was used in the estimation of variance components. Dry period for milk yield and dam’s live weight for birth weight were determined as covariates. In comparing the variance components obtained by the methods, the criteria of having a small environmental variance and a small ratio of environmental variance to total variance were taken as basis. When the methods were compared, the best results for both milk yield and birth weight were obtained with the MINQUE method when the covariate was included in the model. However, the negative variance was obtained with the MINQUE method. In the MIVQUE method, the increase in environmental variance as a result of the inclusion of the covariate in the model was determined as the negative side of this method. In cases where covariance factors were included or not included in the mixed model, the results of the REML method were found to be better and more reliable than the MINQUE and MIVQUE methods when estimating the genetic parameter in the balanced and normally distributed data.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

ELTAS, Ö., TOPAL, M. (2022). Genetik Parametre Tahmininde Kovaryans Faktörün Kullanılması. Veterinary Sciences and Practices, Cilt: 17 Sayı: 1, 1–5. https://ajindex.com/articles/917468

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (14)

  1. Chauhan A, Dahiya SP, Bangar YC, Magotra A. The estimation of (co) variance components and genetic parameters for growth and wool traits in Harnali sheep. Small Ruminant Res. 2021
  2. 106485. [Crossref] 2. Erkmen R, Kul E. Genetic relationships between type traits with milk yield and reproductive traits in Holstein Cows. Anadolu J Agr Sci. 2021
  3. 36(3), 454-463. [Crossref] 3. Falconer DS. Introduction to quantitative Genetics. 3rd ed., Longman Scientific & Technical, Harlow. 1989.p.430. 4. Karadağ Ö. A multivariate heterogeneous variance components model for multi-environment studies with locational genetic effects. Soft Computing. 2021
  4. [Crossref] 5. Kline P, Saggio R, Sølvsten M. Leave-out estimation of variance components. Econometrica. 2020
  5. 88(5):1859-1898. [Crossref] 6. Veerman JR, Leday GG, van de Wiel MA. Estimation of variance components, heritability and the ridge penalty in high-dimensional generalized linear models. Commun Stat-Sim Com. 2019
  6. [Crossref] 7. Baey C, Kuhn E. varTestnlme: an R package for Variance Components Testing in Linear and Nonlinear Mixed-effects Models. arXiv preprint arXiv: 2020
  7. 04791. 8. Schielzeth H, Dingemanse NJ, Nakagawa S, Westneat DF, Allegue H, Teplitsky C, Araya-Ajoy YG. Robustness of linear mixed-effects models to violations of distributional assumptions. Methods Ecology Evolution. 2020
  8. 11(9):1141-1152. [Crossref] 9. Choi J. Nonnegative variance component estimation for mixed-effects models. Commun Stat App Methods. 2020
  9. 27(5):523-533. [Crossref] 10. VanVleck LD, Wadell LH, Henderson CR. Components of variance associated with milk and fat records of artificially sired Holstein daughters. J Animal Sci. 1961
  10. 20(4):812-816. [Crossref] 11. Cunningham EP, Henderson CR. An iterative procedure for estimating fixed effects and variance components in mixed model situations. Biometrics. 1968:24(1):13-25. [Crossref] 12. Kayaalp GT, Bek Y. Varyans unsurları tahmin yöntemlerinin karşılaştırmalı olarak incelenmesi. Çukurova Üniv Ziraat Fak Dergisi. 1994
  11. 9(2):127-142. 13. Žežula I. Klein D. On drawbacks of least squares Lehmann-Scheffé estimation of variance components. Metron. 2021
  12. 79(1):109-119. [Crossref] 14. Zhou H, Hu L, Zhou J, Lange K. MM algorithms for variance components models. J Comput Graph Stat. 2019
  13. 28(2):350-361. [Crossref] 15. Wu CT, Gumpertz ML, Boos DD. Comparison of GEE, MINQUE, ML, and REML estimating equations for normally distributed data. Am Stat. 2001
  14. 55(2):125-130. [Crossref] 16. Kennedy B