KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi / 2020 / Cilt: 50 - Sayı: 2

Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma

Designing of the Primers and Probes for Real Time Polymerase Chain Reaction of Cytochrome B Gene Region in Leishmaniasis: A Pilot Study

Mehmet HARMAN
Cumhur GÜNDÜZ
Ahmet ÖZBİLGİN
İbrahim ÇAVUŞ
Ahmet YILDIRIM
Tuğba KAYA
Bakiye Göker BAĞCA
Sayfa
86–94
Yayın Tarihi
2022-11-06
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Elde edilen DNA’laraLeishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol içindaha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer veproblar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica,Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica veLeishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major,Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı-lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom bgen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major,Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve problarındizayn edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonuyapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarakbesiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom bgen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major,Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve problarındizayn edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonuyapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarakbesiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır.
💡
Sonuç & Katkı:Elde edilen DNA’laraLeishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol içindaha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer veproblar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica,Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica veLeishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major,Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı-lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Amaç: Bu çalışmada, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile parazitin sitokrom bgen bölgesi kullanılarak leishmaniasis etkeninin (Leishmania donovani, Leishmania major,Leishmania tropica ve Leishmania infantum) tür tayininin belirlenmesi için primer ve problarındizayn edilmesi amaçlanmıştır.Yöntem: Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Parazit Bankası’nda kriyoprezervasyonuyapılarak sıvı azot tankında saklanmış olan Leishmania suşları uygun koşullarda canlandırılarakbesiyerlerine aktarılmış ve ticari kit ile DNA izolasyonları yapılmıştır. Elde edilen DNA’laraLeishmania’nın yeni tasarladığımız sitokrom b gen bölgesi primer ve prob adayları ve kontrol içindaha önce kullandığımız internal transcribed spacer-1 gen bölgesine özgü tasarlanan primer veproblar kullanılarak gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu erime analizleri uygulanmıştır.Bulgular: Yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları ile Leishmania tropica,Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica veLeishmania infantum/donovani hibrit türlerinin genotiplendiği saptanmıştır.Sonuç: Yeni Dünya leishmaniasis etkenleri olan Leishmania brazilensis ve Leishmania amazonensis dışında, Eski Dünya leishmaniasis etkeni olan Leishmania tropica, Leishmania major,Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica ve Leishmania infantum/donovani hibritinin yeni tasarlanan sitokrom b gen bölgesi primer ve probları kullanılarak başarı-lı bir şekilde genotiplendirildiği görülmüştür

Abstract

Objective: In this study, it was aimed to design primers and probes to identify Leishmania species (Leishmania donovani, Leishmania major, Leishmania tropica and Leishmania infantum) through Real Time Polymerase Chain Reaction using the cytochrome b gene region. Method: The Leishmania strains, which have been cryopreserved and stored in liquid nitrogen in the Parasite Bank of Manisa Celal Bayar University, were transferred to culture media after being revived under the appropriate conditions and their DNA isolations were conducted using a commercial kit. Real Time Polymerase Chain Reaction melting analyses were conducted for the extracted DNA by utilizing both the candidate primers and probes of cytochrome b gene region, newly designed for Leishmania, and the primers and probes, designed for internal transcribed spacer-1 gene region we had previously used for control. Results: Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid species were managed to be genotyped succesfully using the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region. Conclusion: It has been observed that Old World Leishmania species (Leishmania tropica, Leishmania major, Leishmania infantum, Leishmania donovani, Leishmania aethiopica and Leishmania infantum/donovani hybrid), rather than New World Leishmania species (Leishmania brazilensis and Leishmania amazonensis), were successfully genotyped by the primers and probes of the newly designed cytochrome b gene region.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

HARMAN, M., GÜNDÜZ, C., ÖZBİLGİN, A., ÇAVUŞ, İ., YILDIRIM, A., KAYA, T., BAĞCA, B. G. (2022). Leishmaniasisde Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu için Sitokrom B Gen Bölgesinden Tür Ayrımı Yapabilen Primer ve Probların Tasarlanması: Pilot Çalışma. Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, Cilt: 50 - Sayı: 2, 86–94. https://ajindex.com/articles/635789

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (11)

  1. Marquardt WC, Demaree RS, Grieve RB. Leishmania and the Leishmanioses. In: Parasitology and Vector Biology. Academic Press, San Diego, CA. 2000:57-71
  2. Osman OF. The PCR and direct aglutination test for diagnosis and management. Universiteit van Amsterdam [Doktora tezi], 1998
  3. Unat EK, Yücel A, Altaş K, Samastı M. Unat’ın Tıp Parazitolojisi. 4. baskı. İstanbul: İstanbul: İÜ Cerr Tıp Fak Yayınları; 1991
  4. Cupolillo E, Grimaldi Júnior G, Momen H, Beverley SM. Intergenic region typing (IRT): A rapid molecular approach to the characterization and evolution of Leishmania. Mol Biochem Parasitol. 1995;73(1-2):145- 55. https://doi.org/10.1016/0166-6851(95)00108-D 5. de Paiva-Cavalcanti M, de Morais RCS, Pessoa-e-Silva R, et al. Leishmaniases diagnosis: An update on the use of immunological and molecular tools. Cell Biosci. 2015;5:31.
  5. Nath-Chowdhury M, Sangaralingam M, Bastien P, et al. Real-time PCR using FRET technology for Old World cutaneous leishmaniasis species differentiation. Parasit Vectors. 2016;9:255.
  6. Gebhardt M, Ertas B, Falk TM, Blödorn-Schlicht N, Metze D, Böer-Auer A. Fast, sensitive and specific diagnosis of infections with Leishmania spp. in formalin-fixed, paraffin-embedded skin biopsies by cytochrome b polymerase chain reaction. Br J Dermatol. 2015;173(5):1239-49.
  7. Toz SO, Culha G, Zeyrek FY, et al. A real-time ITS1-PCR based method in the diagnosis and species identification of Leishmania parasite from human and dog clinical samples in Turkey. PLoS Negl Trop Dis. 2013;7(5): e2205.
  8. Jhingaran A, Chatterjee M, Madhubala R. Leishmaniasis: Epidemiological trends and diagnosis. In: Myler PJ, Fasel N (Eds.) Leishmania: After the genome. Caiser Academic Press, Norfolk, UK. 2008:1-14
  9. Gouzelou E, Haralambous C, Antoniou M, et al. Genetic diversity and structure in Leishmania infantum populations from southeastern Europe revealed by microsatellite analysis. Parasit Vectors 2013;6:342.
  10. Vitale F, Reale S, Vitale M, Petrotta E, Torina A, Caracappa S. TaqMan-based detection of Leishmania infantum DNA using canine samples. Ann N Y Acad Sci. 2004;1026:139-43.
  11. Desjeux P. Leishmaniasis: current situation and new perspectives. Comp Immunol Microbiol Infect Dis. 2004;27(5):305-18. https://doi.o