Dergiler / Türkiye Parazitoloji Dergisi / 2007 / Cilt: 31 - Sayı: 3

A novel procedure for total nucleic acid extraction from small numbers of eimeria species oocysts

Az sayıdaki eimeria ookistlerinden toplam nükleik asit eldesi için yeni bir metod

Sayfa
180–183
Yayın Tarihi
2022-11-05
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Ookist parçalanmasını takiben ticari olarak satılan nükleik asit ekstraksiton kitleri de (Wizard® DNA Purification Kit, Promega) yüksek kalitede nükleik asit eldesi için kullanılabilmektedir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Az sayıdaki Eimeria ookistinden DNA ektraksiyonu için bir seri deneme yapıldı.
📊
Temel Bulgular & Veri:Ookist duvarının iç katmanı proteinden yapılmış olmakla beraber Proteinaz K sindirimi etkisiz kalmaktadır.
💡
Sonuç & Katkı:Ookist parçalanmasını takiben ticari olarak satılan nükleik asit ekstraksiton kitleri de (Wizard® DNA Purification Kit, Promega) yüksek kalitede nükleik asit eldesi için kullanılabilmektedir.
🔬Tür:Deneysel Tarla Denemesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Az sayıdaki Eimeria ookistinden DNA ektraksiyonu için bir seri deneme yapıldı. Sonikasyon, amonyum, ethanol ve lizozim kullanılan denemeler Eimeria ookistlerini parçalamak için uygun olmadıkları tespit edildi. Bu kimyasalların, nükleik asit ektraksiyonu için ookistleri parçalama ya da sindirebilme özelliklerinin olmadığı belirlendi. Bazılarının ookist duvarından geçebildikleri ancak ookist duvarını parçalayamadıkları belilendi. Ookist duvarı dağılmadan içerisindeki DNA'nın elde edilmesi imkansızdır. Ookist duvarının iç katmanı proteinden yapılmış olmakla beraber Proteinaz K sindirimi etkisiz kalmaktadır. Ookist duvarının, dış faktörlere karşı koruyucu etki gösteren özel bir yapıya sahip olabileceği kabul edilmektedir. Bu makale, Eimeria ookistlerinden yüksek kalitede total nükleik asit eldesi için uygun olan basit prosedurü açıklamaktadır. Bu prosedürde, oldukça basit fakat etkili sodyum hipoklorit, ozmotik şok ve proteinaz K sindirimi işlemlerini içeren bir uygulama ile ookist duvarının parçalaması sağlanmıştır. Ookist parçalanmasını takiben ticari olarak satılan nükleik asit ekstraksiton kitleri de (Wizard® DNA Purification Kit, Promega) yüksek kalitede nükleik asit eldesi için kullanılabilmektedir.

Abstract

A series of experiments were performed in an attempt to extract genomic DNA from a small number of Eimerian oocysts. Sonication, ammonia, ethanol and lysozyme were all found to be unsuitable for the digestion of Eimeria oocysts. The chemicals and enzyme given were not capable of either disruption or digestion of oocysts for nucleic acid extraction. They had the capability of penetrating the oocyst wall but could not break-up the oocyst wall. It is impossible to obtain nucleic acid from Eimeria oocysts if the wall is not broken-up. In this study oocyst disruption was achieved using a simple but highly effective treatment regime involving sodium hypochlorite treatment, osmotic shock and proteinase K digestion. Following the disruption of the oocyst walls, a commercially available nucleic acid purification kit (Wizard® DNA Purification Kit, Promega) can be used to prepare high quality nucleic acid.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

DALE, C., MAUDLIN, I., MORGAN, K., KAYA, G. (2022). A novel procedure for total nucleic acid extraction from small numbers of eimeria species oocysts. Türkiye Parazitoloji Dergisi, Cilt: 31 - Sayı: 3, 180–183. https://ajindex.com/articles/630730

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (15)

  1. Berriatua E, Gibson WC, Morgan KL, 1995. Development of DNA probes for the ovine Eimeria species E. crandallis and E.ovinoidalis. Parasitol Res, 81: 222-229
  2. Coupe S, Sarfati C, Hamane S, Derouin F, 2005. Detection of Cryptosporidium and Identification to the Species Level by Nested PCR and Restriction Fragment Length Polymorphism. J Clin Microbiol, 43 (3): 1017–1023
  3. Helle O, Hilali M, 1973. Differentiation of Eimeria Species infecting sheep during the grazing season on permanent and new pastures under Norwegian conditions. Acta Vet Scand, 14: 57-68
  4. Kheysin YM, 1972. Life Cycles of Coccidia of Domestic Animals. London: Heineman Medical Books, pp. 149-177
  5. Levine ND, 1985. Veterinary Protozoology. Second Edition, The Iowa State University Press, Ames, Iowa, pp. 130-232
  6. MAFF, 1986. Manual of Veterinary Parasitological Techniques. 3rd ed. London: Ministry of Agriculture, Fisheries and Food, HMSO, London pp. 70-90
  7. Nagi MS, Mathey WJ, 1972. Interaction of Escherichia coli and Eimeria brunetti in chickens. Avian Dis, 16: 864-873
  8. Schnitzler BE, Thebo PL, Tomley FM, Uggla A, Shirley MW, 1999. PCR identification of chicken Eimeria: a simplified read-out. Avian Pathol, 28: 89-93
  9. Smith N, Roditi I, Shirley MW, 1995. Biochemical and molecular techniques for identification of Eimeria species and strains. Eckert J, Braun R, Shirley MW, Coudert P, eds. Biotechnology, Guidelines on Techniques in Coccidiosis Research, Office for Official Publication of the European Communities, Brussels, p. 120-138
  10. Stotis RL, Wang CC, Meyenhofer M, 1978. Structure and composition of the oocysts wall of Eimeria tenella. J Parasitol, 64: 1074-1081
  11. Stucki U, Braun R, Roditi I, 1993. Eimeria tenella; Characterization of a 5S ribosomal RNA repeat unit and its use as a species-specific probe. Exp Parasitol, 76: 68-75
  12. Sunnotel O, Snelling WJ, Xiao L, Moule K, Moore JE, Cherie MB, Dooley JSG, Lowery CJ, 2006. Rapid and Sensitive Detection of Single Cryptosporidium Oocysts from Archived Glass Slides. J Clin Microbiol, 44 (9): 3285–3291
  13. Swensson C, 1995. Survival of oocysts of Eimeria alabamensis on pastures under different climatic condition in Sweden. Acta Vet Scand, 36: 9-20
  14. Taylor SM, O'Hagan J, McCracken A, McFerran JB, Purcell DA, 1973. Diarrhoea in intensively-reared lambs. Vet Rec, 93: 461-464
  15. Wagenbach GE, Challey JR, Burns WC, 1966. A method for purifying coccidian oocysts employing Clorox and Sulphuric acid-dichromate solutio