KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Journal of Clinical and Experimental Investigations / 2013 / Cilt: 4 - Sayı: 3

Proteus mirabilis'in moleküler tiplemesi için pulsed-field jel elektroforezinin optimizasyonu

Optimization of a pulsed-field gel electrophoresis for molecular typing of Proteus mirabilis

Mehmet Reşat CEYLAN
Alper KARAGÖZ
Rıza DURMAZ
Sayfa
306–312
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Suşların filogenetik analizleri Bionumerics yazılım sistemi (version 6.01; Applied Maths, Sint-Martens-latem, Belgium) ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Gram-negatif bakteriler için kullanılan PFGE protokollerinden farklı olarak NotI enziminin bu bakteri için uygun olduğu belirlendi ve elektroforez koşulları: blok 1 için başlangıç vuruş süresi 1 sn, bitiş vuruş süresi 30 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 8 saat; - blok 2 için başlangıç vuruş süresi 30 sn, bitiş vuruş süresi 70 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 16 saat; - TBE pH=8.4 olarak saptandı.Sonuç: Bu PFGE protokolünün; P. mirabilis suşlarının tiplendirilmesi ve Bionumerics yazılım sistemi ile klonal ilişkilerinin belirlenmesi için uygun olduğu anlaşıldı.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Amaç: Proteus mirabilis ile oluşan salgınların saptanması için suşlar arasında klonal ilişkinin belirlenmesine yönelik "pulsed-field jel elektroforezi (PFGE)" gibi yöntemlere ihtiyaç vardır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Suşların filogenetik analizleri Bionumerics yazılım sistemi (version 6.01; Applied Maths, Sint-Martens-latem, Belgium) ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Gram-negatif bakteriler için kullanılan PFGE protokollerinden farklı olarak NotI enziminin bu bakteri için uygun olduğu belirlendi ve elektroforez koşulları: blok 1 için başlangıç vuruş süresi 1 sn, bitiş vuruş süresi 30 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 8 saat; - blok 2 için başlangıç vuruş süresi 30 sn, bitiş vuruş süresi 70 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 16 saat; - TBE pH=8.4 olarak saptandı.Sonuç: Bu PFGE protokolünün; P. mirabilis suşlarının tiplendirilmesi ve Bionumerics yazılım sistemi ile klonal ilişkilerinin belirlenmesi için uygun olduğu anlaşıldı.
💡
Sonuç & Katkı:Optimize edilen bu protokol, farklı merkezlere ait PFGE sonuçlarının birbirleriyle karşılaştırılmasına da olanak sağlayacaktır
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Amaç: Proteus mirabilis ile oluşan salgınların saptanması için suşlar arasında klonal ilişkinin belirlenmesine yönelik "pulsed-field jel elektroforezi (PFGE)" gibi yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmanın amacı; Proteus mirabilis'in moleküler tiplemesi için pulsed-field jel elektroforezinin optimizasyonudur.Yöntemler: Bu çalışmada; Proteus mirabilis tiplemesinde kullanılmak üzere optimize edilmiş bir pulsed-field jel elektroforezi protokolü sunulmuştur. Suşların filogenetik analizleri Bionumerics yazılım sistemi (version 6.01; Applied Maths, Sint-Martens-latem, Belgium) ile değerlendirilmiştir.Bulgular: Gram-negatif bakteriler için kullanılan PFGE protokollerinden farklı olarak NotI enziminin bu bakteri için uygun olduğu belirlendi ve elektroforez koşulları: blok 1 için başlangıç vuruş süresi 1 sn, bitiş vuruş süresi 30 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 8 saat; - blok 2 için başlangıç vuruş süresi 30 sn, bitiş vuruş süresi 70 sn, vuruş açısı 120°, akım 6 V/cm2, sıcaklık 14°C, süre 16 saat; - TBE pH=8.4 olarak saptandı.Sonuç: Bu PFGE protokolünün; P. mirabilis suşlarının tiplendirilmesi ve Bionumerics yazılım sistemi ile klonal ilişkilerinin belirlenmesi için uygun olduğu anlaşıldı. Optimize edilen yöntem basit, tekrarlanabilir ve bu bakteri için kullanıma uygundur. Ayrıca süreyi kısaltması, kullanılan çözelti ve enzimlerin düşük hacimleriyle çalışabilmesi nedeniyle, ekonomik olarak değerlendirilmiştir. Çalışılan bakterilere bağlı salgınları değerlendirme ve hastane enfeksiyonlarının yaygınlık derecesi hakkında yararlı bilgiler sunma potansiyeli vardır. Optimize edilen bu protokol, farklı merkezlere ait PFGE sonuçlarının birbirleriyle karşılaştırılmasına da olanak sağlayacaktır

Abstract

Objective: For the detection of outbreaks caused by Proteus mirabilis, strains clonal relations are determined methods as "pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)". The aim of this study was optimization of a pulsed-field gel electrophoresis for molecular typing of P. mirabilis.Methods: In this study, PFGE' protocol is optimized for use in molecular typing of P. mirabilis. Phylogenetic analyzes of strains were evaluated with Bionumerics software system (version 6.01; Applied Maths, Sint-MartensLatem, Belgium).Results: This protocol compared with Gram-negative bacteria PFGE protocols, NotI enzyme is suitable for this bacterium. Electrophoresis conditions should be revealed as; - block 1: initial pulse duration 1 sec, ending pulse duration 30 sec, striking angle 120°, the current 6 V/cm2, temperature 14°C, time 8 hours; - block 2: initial pulse duration 30 sec, ending pulse duration 70 sec, striking angle 120°, the current 6 V/cm2, temperature 14°C, time 16 hours; - TBE, pH=8.4.Conclusion: P. mirabilis strains were typed by PFGE and Bionumerics analysis program were determined clonal relationships. The procedure was simple, reproducible and suitable for these bacteria. Also it was evaluated, because of reducing time, the solution volumes and enzymes can be economically. Outbreaks of nosocomial infections due to bacteria studied assessment and the potential to provide useful information about the degree of prevalence. This optimized protocol is allowed different centers' PFGE results to compare with other laboratories results. J Clin Exp Invest 2013; 4 (3): 306-312

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

CEYLAN, M. R., KARAGÖZ, A., DURMAZ, R. (2022). Proteus mirabilis'in moleküler tiplemesi için pulsed-field jel elektroforezinin optimizasyonu. Journal of Clinical and Experimental Investigations, Cilt: 4 - Sayı: 3, 306–312. https://ajindex.com/articles/561796

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (9)

  1. Kunin CM. Urinary tract infections: detection, preven- tion and management, 5th ed., Williams and Wilkins, Baltimore MD 1997;226-278.
  2. Johnson DE, Russell RG, Lockatell CV, et al. Contribu- tion of Proteus mirabilis urease to persistence, uro- lithiasis, and acute pyelonephritis in a mouse model of ascending urinary tract infection. Infect Immun 1993;61:2748-2754.
  3. Bagattini M, Crivaro V, Di Popolo A, et al. Molecular epidemiology of extended-spectrum beta lactamase- producing Klebsiella pneumoniae in a neonatal inten- sive care unit. J Antimicrob Chemother 2006;57:979- 982. Centers for Disease Control and Prevention: Standard- ized laboratory protocol for molecular subtyping of Escherichia coli 0157:H7, non-typhoidal Salmonella serotypes, and Shigella sonnei by pulsed- field gel electrophoresis (PFGE). http://www.cdc.gov/pulsenet/ protocols/ecoli_salmonella_shigella_protocols.pdf. Guducuoglu H, Durmaz R, Yaman G, et al. Spread of a single clone Acinetobacter baumannii strain in an intensive care unit of a teaching hospital in Turkey. New Microbiol 2005;28:337-343.
  4. Mamlouk K, Boutiba-Ben Boubaker I, Gautier V, et al. Emergence and outbreaks of CTX-M beta-lacta- mase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneu- moniae strains in a Tunisian hospital. J Clin Microbiol 2006;44:4049-4056.
  5. Maslow JN, Glaze T, Adams P, et al. Concurrent out- break of multidrug-resistant and susceptible sub- clones of Acinetobacter baumannii affecting different wards of a single hospital. Infect Control Hosp Epide- miol 2005;26:69-75.
  6. Maslow JN, Slutsky AM, Arbeit RD. Application of pulsed-field gel electrophoresis to molecular epide- miology. Persing HD, Smith TF, Tenover FC, White TJ (eds): Diagnostic Molecular Microbiology: Prin- ciples and Applications. Washington DC, ASM Press. 1993:563-572.
  7. Naseer U, Natas OB, Haldorsen BC, et al. Nosocomial outbreak of CTX-M-15-producing E. coli in Norway. APMIS 2007;115:120-126.
  8. Ribot EM, Fitzgerald C, Kubota K, et al. Rapid pulsed- field gel electrophoresis protocol for subtyping of Campylobacter jejuni. J Clin Microbiol 2001;39:1889- 1894. Rodriguez-Bano J, Navarro MD, Romero L et al. Clini- cal and molecular epidemiology of extended- spec- trum beta-lactamase-producing Escherichia coli as a cause of nosocomial infection or colonization: implica- tions for control. Clin Infect Dis 2006;42:37-45.
  9. Seifert H, Dolzani L, Bressan R, et al. Standardiza- tion and interlaboratory reproducibility assessment of pulsed-field gel electrophoresis-ge