Dergiler / Journal of Cell and Molecular Biology / 2005 / Cilt: 4 - Sayı: 2

Nucleic acid stability in thermophilic prokaryotes: A review

Termofilik prokaryotlarda nükleik asit kararlılığı

Sayfa
61–69
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bütün bu faktörler, tek olarak veya bir arada nükleik asitlere termal kararlılık sağlayabileceğinden durumdan duruma farklılık gösterebilirler.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:60°C ve üzerindeki sıcaklıklarda, termofilik prokaryotlar (Archaea ve Eubacteria) farklı stratejiler uygularlar.
📊
Temel Bulgular & Veri:Kodlayan dizinlerde CG içeriği, purin - purin ve pirimidin - pirimidinlerin nükleotiotid düzenlenmesi, nükleotidlerin metilasyonu, histon / histon benzeri proteinler, ters giraz, katyonlar v.b. stratejiler genoma termal kararlılık sağlarlar.
💡
Sonuç & Katkı:Bütün bu faktörler, tek olarak veya bir arada nükleik asitlere termal kararlılık sağlayabileceğinden durumdan duruma farklılık gösterebilirler.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

60°C ve üzerindeki sıcaklıklarda, termofilik prokaryotlar (Archaea ve Eubacteria) farklı stratejiler uygularlar. Kodlayan dizinlerde CG içeriği, purin - purin ve pirimidin - pirimidinlerin nükleotiotid düzenlenmesi, nükleotidlerin metilasyonu, histon / histon benzeri proteinler, ters giraz, katyonlar v.b. stratejiler genoma termal kararlılık sağlarlar. DNA seviyesinde uygulanan stratejiler, doğal olarak, universal olmamasına rağmen, termofillerde RNA ya yansır. Artan purin yüklemesi (özellikle adenin), tercihli kodon kullanımı, post - transkripsiyonel modifikasyonlar termal kararlılığı sağlarlar. Bütün bu faktörler, tek olarak veya bir arada nükleik asitlere termal kararlılık sağlayabileceğinden durumdan duruma farklılık gösterebilirler.

Abstract

In order to survive at temperatures of >60°C, thermophilic prokaryotes (Archaea and Eubacteria) have adopted different strategies. These strategies include high ÇG content in the coding sequences, nucleotide arrangement of purine-purine and pyrimidine-pyrimidine, methylation of nucleotides, histone/histone like proteins, reverse gyrase, cations, etc., also provide thermal stability to genome. Strategies adopted at the level of DNA are naturally, though not universally, reflected in RNA in thermophiles. Increased purine load (particularly of adenine), preferential codon usage, post-transcriptional modifications etc. provide thennal stability. All these factors may differ from taxa to taxa as no single or all the factors together can be universally attributed for providing thermal stability to nucleic acids.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

TRIVEDI, S., RAO, S. R., GEHLOT, H. S. (2022). Nucleic acid stability in thermophilic prokaryotes: A review. Journal of Cell and Molecular Biology, Cilt: 4 - Sayı: 2, 61–69. https://ajindex.com/articles/560669

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (12)

  1. Aravind L, Walker DR and Koonin EV. Conserved domains in DNA repair proteins and evolution of repair systems. Nucleic Acids Res. 27: 1223-42, 1999.
  2. Arcus VL, Backbro K, Roos A, Daniel EL and Baker EN. Distant structural homology leads to the functional characterization of an archaeal PIN domain as an exonuclease. J Biol Chem. 279: 16471-16478, 2004.
  3. Bailey KA, Marc F, Sandman K and Reeve JN. Both DNA and histone fold sequences contribute to archaeal nucleosome stability. J Biol Chem. 277: 9293-9301, 2002.
  4. Bao Q, Tian Y, Li W, Xu Z, Xuan Z, Hu S, Dong W, Yang J, Chen Y, Xue Y, Xu Y, Lai X, Huang L, Dong X, Ma Y, Ling L, Tan H, Chen R, Wang J, Yu J and Yang H. A complete sequence of the T. tengcongensis genome. Genome Res. 12: 689-700, 2002.
  5. Belova GI, Prasad R, Kozyavkin SA, Lake JA, Wilson SH and Slesarev AI. A typeIB topoisomerase with DNA repair activities. Proc Natl Acad Sci.(USA), 98: 6015–6020, 2001.
  6. Brown JW, Haas ES and Pace NR. Characterization of ribonuclease P RNAs from thermophilic bacteria. Nucleic Acids Res. 3: 671-679, 1993. Bujinicki JM and Radlinsks M. Molecular evolution of DNA-(cytosine-N4) methyltransferases: evidence for their polyphyletic origin. Nucleic Acids Res. 22: 4501- 4509, 1999.
  7. Di Ruggiero J, Santangelo N, Nackerdien Z, Ravel J and Robb FT. Repair of extensive ionizing-radiation DNA damage at 95 degrees C in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus. J Bacteriol. 179: 4643- 4645, 1997. Doolittle RF. Of Archaea and Eo: What's in a name? Proc Natl Acad Sci.(USA), 92: 2421-2423, 1995.
  8. Edmonds CG, Crain PF, Gupta R, Hashizume T, Hocart CH, Kowalak JA, Pomerantz SC, Stetter KO and McCloskey JA Posttranscriptional modification of tRNA in thermophilic archaea (Archaebacteria). J Bacteriol. 173: 3138-48, 1991.
  9. Ehrlich M, Gama-Sosa MA, Carreira LH, Ljungdahl LG, Kuo KC and Gehrke CW. DNA methylation in thermophilic bacteria: N4-methylcytosine, 5- methylcytosine, and N6-methyladenine. Nucleic Acids Res. 13: 1399-1412, 1985.
  10. Fitz-Gibbon ST, Ladner H, Kim U, Stetter KO, Simon MI and Miller JH. Genome sequence of the hyperthermophilic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum. Proc Natl Acad Sci. (USA), 99: 984–989, 2002.
  11. Futterer O, Angelov A, Liesegang H, Gottschalk G, Schleper C, Schepers B, Dock C, Antranikian G and Liebl W. Genome sequence of Picrophilus torridus and its implications for life around pH 0. Proc Natl Acad Sci. (USA), 101: 9091–9096, 2004.
  12. Galtier N, Tourasse N and Gouy M. Anonhyperthermophilic common ancestor to exta