KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Journal of Cell and Molecular Biology / 2007 / Cilt: 6 - Sayı: 1

An in silico approach to the analysis of CTLA-4 and CD28 molecules

CTLA-4 ve CD28 moleküllerinin analizine in siliko bir yaklaşım

Fuat DİLMEÇ
Osman ÇEN
Lokman VARIŞLI
Sayfa
49–57
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Karşılaştırmalı promoter taraması, hem CTLA-4 ve hem de CD28 genlerinin evrimsel olarak çalışılan bütün türlerde korunmuş bazı transkripsiyon faktörlerinin bağlanma bölgelerine sahip olduklarını göstermiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:CD28 ve CTLA-4, T hücreleri üzerinde eksprese olan önemli ko-stimilatör moleküllerdir ve antijen uyarımı ile T hücre aktivasyonunu düzenlerler.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu çalışmanın amacı; omurgalı türlerin ilgili moleküllerinin insan CTLA-4 ve CD28 moleküllerine homolog protein dizilerini, promoter dizileri üzerinde genel transkripsiyon faktörlerinin bağlanma yerlerini ve farklı türlerdeki CTLA-4 ve CD28 proteinlerinin IGv domeynlerinin filogenetik ilişkileri gibi bu gen ve ürünlerinin özelliklerini biyoinformatik araçlarla araştırmaktır.
💡
Sonuç & Katkı:Karşılaştırmalı promoter taraması, hem CTLA-4 ve hem de CD28 genlerinin evrimsel olarak çalışılan bütün türlerde korunmuş bazı transkripsiyon faktörlerinin bağlanma bölgelerine sahip olduklarını göstermiştir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

CD28 ve CTLA-4, T hücreleri üzerinde eksprese olan önemli ko-stimilatör moleküllerdir ve antijen uyarımı ile T hücre aktivasyonunu düzenlerler. Bu çalışmanın amacı; omurgalı türlerin ilgili moleküllerinin insan CTLA-4 ve CD28 moleküllerine homolog protein dizilerini, promoter dizileri üzerinde genel transkripsiyon faktörlerinin bağlanma yerlerini ve farklı türlerdeki CTLA-4 ve CD28 proteinlerinin IGv domeynlerinin filogenetik ilişkileri gibi bu gen ve ürünlerinin özelliklerini biyoinformatik araçlarla araştırmaktır. Sonuçlarımız, hem CTLA-4 ve hem de CD28 moleküllerinin araştırılan tüm organizmalar arasında orta derecede korunduklarını gösterdi. Çalışmamız insanın hem CD28 hem de CTLA-4 IGv domeynlerinin; Maçaca nemestrina, Cercocebus torquatus atys, Maçaca mulatta ve Papio cynocephalus anubis'in IGv domeynlerine evrimsel olarak en yakın olduğunu göstermiştir. Buna karşın, Gallus gallus'un CD28 ve Mus musculus ile Rattus norvegicus'un CTLA-4 IGv domeynleri ise sırasıyla insanlarınkine en uzaktır. Karşılaştırmalı promoter taraması, hem CTLA-4 ve hem de CD28 genlerinin evrimsel olarak çalışılan bütün türlerde korunmuş bazı transkripsiyon faktörlerinin bağlanma bölgelerine sahip olduklarını göstermiştir.

Abstract

The CD28 and CTLA-4 are important co-stimulatory molecules expressed on T cells and regulate T cell activation through antigen stimulation. This study aimed to investigate some properties of these genes and its products; such as the homologous protein sequences to human CTLA-4 and CD28 molecules, the common transcription factor binding sites on their promoters, and phylogenetic relationships of their Immunoglobulin V-Type (IGv) domains using bioinformatical approaches. Our results revealed that both CTLA-4 and CD28 molecules are moderately conserved among all organisms investigated. The IGv domains of human CTLA-4 and CD28 are closest to those of Maçaca nemestrina, Cercocebus torquatus atys, Maçaca mulatta and Papio cynocephalus anubis. In contrast, the IGv domain of CD28 of Gallus gallus and that of CTLA-4 of Mus musculus and Rattus norvegicus is most apart from those of human, respectively. The comparative screening of the promoters revealed that both CTLA-4 and CD28 genes have some conserved transcription factor binding sites.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

DİLMEÇ, F., ÇEN, O., VARIŞLI, L. (2022). An in silico approach to the analysis of CTLA-4 and CD28 molecules. Journal of Cell and Molecular Biology, Cilt: 6 - Sayı: 1, 49–57. https://ajindex.com/articles/560647

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (13)

  1. Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW and Lipman DJ. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 215: 403- 410, 1990.
  2. Blom N, Gammeltoft S and Brunak S. Sequence and struc- ture-based prediction of eukaryotic protein phosphoryla- tion sites. J Mol Biol. 294(5): 1351-1362, 1999.
  3. Cartharius K, Freeh K, Grote K, Klocke B, Haltmeier M, Klingenhoff A, Frisch M, Bayerlein M and Werner T. Matlnspector and beyond: promoter analysis based on transcription factor binding sites. Bioinformatics. 21: 2933-2942, 2005.
  4. Dariavach P, Mattei MG, Golstein P and Lefranc MP. Human Ig superfamily CTLA-4 gene: chromosomal localization and identity of protein sequence between murine and human CTLA-4 cytoplasmic domains. Eur J Immunol. 18(12): 1901-1905, 1988.
  5. Doan LL, Porter SD, Duan Z, Flubacher MM, Montoya D, Tsichlis PN, Horwitz M, Gilks CB and Grimes HL.Targeted transcriptional repression of Gfil by GFI1 and GFI1B in lymphoid cells. Nucleic Acids Res. 32, 2508- 2519,2004.
  6. Duckert P, Brunak S and Blom N. Prediction of proprotein convertase cleavage sites. Protein Eng Des Sel. 17, 107- 112, 2004.
  7. Gross JA, St John T and Allison JP. The murine homologue of the T lymphocyte antigen CD28. Molecular cloning and cell surface expression. J Immunol. 15: 144(8):3201-3210, 1990.
  8. Harper K, Balzano C, Rouvier E, Mattei MG, Luciani MF and Golstein P. CTLA-4 and CD28 activated lymphocyte molecules are closely related in both mouse and human as to sequence, message expression, gene structure, and chromosomal location. J Immunol. 1: 147(3):1037-1044, 1991.
  9. Higgins D, Thompson J, Gibson T, Thompson JD, Higgins DG and Gibson TJ. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gappenalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22: 4673-4680, 1994.
  10. Hu Z, Chen K, Wang L, and Yao Q. Identification and char- acterization of Bombyx mori eIF5A gene through bioin- formatics approaches. In Silico Biol. 5: 573-580, 2005.
  11. Julenius K, Molgaard A, Gupta R and Brunak S. Prediction, conservation analysis, and structural characterization of mammalian mucin-type O-glycosylation sites. Glycobiology. 15(2): 153-64, 2005.
  12. King AL, Moodie SJ, Fraser JS, Curtis D, Reid E, Dearlove AM, Ellis HJ and Ciclitira PJ. CTLA4/CQ28 gene region is associated with genetic susceptibility to coeli- ac disease in UK families J Med Genet. 39: 51-54, 2002.
  13. Kumar S, Tamura K and Nei M. MEGA3: Integrated soft- ware for Molecular Evolutionary Gene