Dergiler / Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıp Dergisi / 2017 / Cilt: 57 - Sayı: 3

Aksolotl Rejenerasyonunun Farklı Evrelerinde miRNA Profilinin Bulunması ve Bulunan miRNA'ların Görevlerinin In-siliko Analizi

Identification of miRNA Profile and In-Silico Analysis of Identified miRNA Functions at Different Stages of Axolotl Tail Regeneration

Sayfa
125–134
Yayın Tarihi
2022-10-17
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bulunan miRNA'lar içinde rejenerasyonun farklı evrelerinde miktarı anlamlı olarak değişenlerin hangi yolakları regüle ettiği analiz edildi.Bulgular: Bulunan miRNA'lar içinden 52 tanesinin miktarı 1.5 kat ve üzeri değiştiği (arttığı veya azaldığı) için bu miRNA'lar yolak analizlerinde kullanıldı.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Giriş ve Amaç: Rejenerasyon, fonksiyonel bir kayıp yaşamadan hasarlı dokunun, organın ya da uzvun restore edilmesi işlemidir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Biz de bu çalışmada Aksolotl'un kuyruk rejenerasyonu sırasında değişen miRNA profilini ve bu miRNA'ların moleküler yolaklara olası etkilerini araştırdık.Yöntem ve Gereçler: 6-8 aylık 60 adet Aksolotl'un kuyruk bölgesinden ampütasyon yapılmış ve hayvanlar 4 gruba ayrıldı.
💡
Sonuç & Katkı:Bulunan miRNA'lar içinde rejenerasyonun farklı evrelerinde miktarı anlamlı olarak değişenlerin hangi yolakları regüle ettiği analiz edildi.Bulgular: Bulunan miRNA'lar içinden 52 tanesinin miktarı 1.5 kat ve üzeri değiştiği (arttığı veya azaldığı) için bu miRNA'lar yolak analizlerinde kullanıldı.
🔬Tür:Laboratuvar & Saha Deneyi
📍Kapsam:60 adet
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Giriş ve Amaç: Rejenerasyon, fonksiyonel bir kayıp yaşamadan hasarlı dokunun, organın ya da uzvun restore edilmesi işlemidir. Su semenderlerinden olan Aksolotl kendisini öldürmeyecek iç organ, merkezi sinir sistemi ve uzuv hasarlarını başarı ile tamir edebilmektedir. miRNA'lar hedef mRNA'ların translasyon düzeyini düşürerek yazılım sonrası gen ifadesinin kontrolünde önemli roller üstlenirler. Biz de bu çalışmada Aksolotl'un kuyruk rejenerasyonu sırasında değişen miRNA profilini ve bu miRNA'ların moleküler yolaklara olası etkilerini araştırdık.Yöntem ve Gereçler: 6-8 aylık 60 adet Aksolotl'un kuyruk bölgesinden ampütasyon yapılmış ve hayvanlar 4 gruba ayrıldı. Ampütasyondan hemen sonra (0. gün) ve rejenerasyonun 1., 4. ve 7. günü örnek toplandı. Toplanan örneklerden yeni nesil dizileme yöntemi ile miRNA tespiti yapıldı. Bulunan miRNA'lar içinde rejenerasyonun farklı evrelerinde miktarı anlamlı olarak değişenlerin hangi yolakları regüle ettiği analiz edildi.Bulgular: Bulunan miRNA'lar içinden 52 tanesinin miktarı 1.5 kat ve üzeri değiştiği (arttığı veya azaldığı) için bu miRNA'lar yolak analizlerinde kullanıldı. Rejenerasyon ile birlikte artış gösteren miRNA'ların hemostazla ilişkili yolakları regüle ettiği görüldü. Rejenerasyon sürecinde azalış gösteren miRNA'ların ise hücre bölünmesi ve hücre bölünmesinin kontrolü ile ilgili yolakları regüle ettiği bulundu.Tartışma ve Sonuç: miRNA'lar canlılıkta birçok görev (hemostaz, gelişim, büyüme ve hastalık durumunun regülasyonu vb.) üstlenirler. miRNA profilinin değişmesi rejenerasyonun başarı ile sürmesi ve tamamlanması için gerekli bir mekanizmadır.

Abstract

Introduction: Regeneration is the process of the restoration of an injured organ, extremity, or tissue without functional loss. Axolotl, a species of aquatic salamander, can perform successful regeneration after a non-lethal injury to internal organs, the central nervous system, and extremities. miRNAs targeting mRNAs have essential roles in post-transcriptional regulation by decreasing the translational level. This study was an investigation of changes in the miRNA profile and the effect of miRNAs on molecular pathways during tail regeneration.Methods: 60 axolotls 6 to 8 cm in length was amputated and the animals were randomly divided into 4 groups. Tissue samples were taken just after amputation (day 0 sample), and on the first, fourth, and seventh day of regeneration. miRNAs were identified in the collected samples using next generation sequencing. Among the identified miRNAs, those demonstrating significant change at different stages of regeneration were analyzed to explore the pathways regulated.Results: Of the identified miRNAs, 52 that changed (increased or decreased) by 1.5 times or more were used in molecular pathway analysis. It was found that miRNAs upregulated during regeneration controlled homeostatic pathways, while downregulated miRNAs controlled the cell cycle and cell cycle regulating pathways. Discussion and Conclusion: miRNAs act in fundamental processes, such as homeostasis, development, growth, and regulation of disease. A shift in the miRNA profile is necessary to achieve progress and the successful accomplishment of regeneration.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

DEMİRCAN, T., KESKİN, İ., ÖZTÜRK, G., AVŞAROĞLU, M. E. (2022). Aksolotl Rejenerasyonunun Farklı Evrelerinde miRNA Profilinin Bulunması ve Bulunan miRNA'ların Görevlerinin In-siliko Analizi. Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıp Dergisi, Cilt: 57 - Sayı: 3, 125–134. https://ajindex.com/articles/535253

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (20)

  1. Bartel DP. MicroRNAs: target recognition and regulatory functions. Cell 2009;136:215-33
  2. Hubé F, Ulveling D, Sureau A, Forveille S, Francastel C. Short intron-derived ncRNAs. Nucleic Acids Res 2017;45:4768-81
  3. Lee Y, Kim M, Han J, Yeom KH, Lee S, Baek SH, et al. MicroRNA genes are transcribed by RNA polymerase II. EMBO J 2004;23:4051-60
  4. Borchert GM, Lanier W, Davidson BL. RNA polymerase III transcribes human microRNAs. Nat Struct Mol Biol 2006;13:1097-101
  5. Bartel DP. MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function. Cell 2004;116:281-97
  6. Han J, Lee Y, Yeom KH, Nam JW, Heo I, Rhee JK, et al. Molecular basis for the recognition of primary microRNAs by the Drosha-DGCR8 complex. Cell 2006;125:887-901
  7. Kim VN. MicroRNA biogenesis: coordinated cropping and dicing. Nat Rev Mol Cell Biol 2005;6:376-85
  8. Ambros V. The functions of animal microRNAs. Nature 2004;431:350-5
  9. Kozomara A, Griffiths-Jones S. miRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data. Nucleic Acids Res 2014;42:D68-73
  10. Gao X, Zhang F, Hu J, Cai W, Shan G, Dai D, et al. MicroRNAs modulate adaption to multiple abiotic stresses in Chlamydomonas reinhardtii. Sci Rep 2016;6:38228
  11. Meydan C, Shenhar-Tsarfaty S, Soreq H. MicroRNA Regulators of Anxiety and Metabolic Disorders. Trends Mol Med 2016;22:798-812
  12. Sen CK, Ghatak S. miRNA control of tissue repair and regeneration. Am J Pathol 2015;185:2629-40
  13. Lee HM, Kim TS, Jo EK. MiR-146 and miR-125 in the regulation of innate immunity and inflammation. BMB Rep 2016;49:311-8
  14. Esquela-Kerscher A, Slack FJ. Oncomirs - microRNAs with a role in cancer. Nat Rev Cancer 2006;6:259-69
  15. Cortez MA, Bueso-Ramos C, Ferdin J, Lopez-Berestein G, Sood AK, Calin GA. MicroRNAs in body fluids--the mix of hormones and biomarkers. Nat Rev Clin Oncol 2011;8:467-77
  16. Thomson JM, Newman M, Parker JS, Morin-Kensicki EM, Wright T, Hammond SM. Extensive post-transcriptional regulation of microRNAs and its implications for cancer. Genes Dev 2006;20:2202-7
  17. Gurtner A, Falcone E, Garibaldi F, Piaggio G. Dysregulation of microRNA biogenesis in cancer: the impact of mutant p53 on Drosha complex activity. J Exp Clin Cancer Res 2016;35:45
  18. Carlson BM. Principles of Regenerative Biology. 1st ed. Academic Press; 2007
  19. Gurtner GC, Werner S, Barrandon Y, Longaker MT. Wound repair and regeneration. Nature 2008 May453:314-21
  20. Tanaka EM, Reddien PW. The cellular basis for animal regeneration. Dev Cell