Dergiler / Gazi Medical Journal / 2003 / Cilt: 14 - Sayı: 1

Koloni lizatların restriction fragment length polymorphism (RELP) analizi yolu ile Candida türlerinin tanımlanması ve Candida albicans suşlarında flukonazol direncinin arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) ile saptanması

Identification of Candida species in restriction fragment length polymorphism (RELP)analysis of colony lysates

Sayfa
17–21
Yayın Tarihi
2022-10-19
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Sonuç: Candida türlerinin ITS bölgesinin amplifıkasyonu ve RFLP analizi ile tanımlanması Candida türlerini tanımlamak için kullanılan zaman alıcı konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırıldığında pratik, kısa ve güvenilir bir yöntemdir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Amaç: Bu çalışmada Candida türlerini PCR (Polymerase chain reaction) ve RFLP (restriction fragment lenght polymorphism) analizi ile getotipik yöntemlerle tanımlamaktır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Yöntem: Beş tür halindeki 44 klinik Candida izolatı çalışmaya dahil edilmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Sonuç: Candida türlerinin ITS bölgesinin amplifıkasyonu ve RFLP analizi ile tanımlanması Candida türlerini tanımlamak için kullanılan zaman alıcı konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırıldığında pratik, kısa ve güvenilir bir yöntemdir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Amaç: Bu çalışmada Candida türlerini PCR (Polymerase chain reaction) ve RFLP (restriction fragment lenght polymorphism) analizi ile getotipik yöntemlerle tanımlamaktır. Candida türlerinin PCR ve RFLP analizi ile tanımlanması, rDNA intergenic spacer (ITS) bölgelerinin büyüklük ve primer yapısal varyasyonlarına dayanır. Yöntem: Beş tür halindeki 44 klinik Candida izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Amplifikasyon ürünlerinin herbiri 3 farklı restriksiyon enzimi Hae III, Dde I ve Bfa I tarafından parçalanmıştır. Sonuçlar: Test edilen bütün izolatlar PCR ve RFLP analizi ile beklenen bant örneklerini vermiştir. Bu çalışmadam elde edilen sonuçlar Candida türlerinin sadece Hae III restriksiyon enzimi kullanılarak Candida albicans ve non-C. albicans suşları olarak ayırılabileceğini ve Bfa I'in ayırt edilen non- C. albicans türlerinin doğruladığını ortaya koymaktadır. Bu tanımlama özellikle fungemi vakalarında oldukça önemlidir. Sonuç: Candida türlerinin ITS bölgesinin amplifıkasyonu ve RFLP analizi ile tanımlanması Candida türlerini tanımlamak için kullanılan zaman alıcı konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırıldığında pratik, kısa ve güvenilir bir yöntemdir.

Abstract

Purpose: The aim of this study was to identify Candida species by using genotypic methods such as PCR (polymerase chain reaction) and RFLP (restriction fragment length polymorphism) analysis. The identification of Candida species by PCR and RFLP analysis was based on the size and primary structural variation of rDNA intergenic spacer regions (ITS). Methods: Forty-four clinical Candida isolates comprising 5 species were included to the study. The amplification products were digested individually with 3 different restriction enzymes Haelll, Ddel and B fal. Results: All the isolates tested yielded the expected band patterns by PCR and RFLP analysis. The results obtained from this study demonstrate that Candida species can be differentiated as Candida albicans and non-C. albicans strains only by using HaeIII restriction enzyme and that Bfal confirms the differentiation of these non-C. albicans species. This differentiation seems to be highly efficient especially in cases of fungemia. Conclusion: The identification of Candida species with the amplification of the ITS region and RFLP analysis is a practical, rapid and reliable method when compared with conventional, time-consuming Candida species identification methods

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

ÇIRAK, Y. M., KALKANCI, A. (2022). Koloni lizatların restriction fragment length polymorphism (RELP) analizi yolu ile Candida türlerinin tanımlanması ve Candida albicans suşlarında flukonazol direncinin arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) ile saptanması. Gazi Medical Journal, Cilt: 14 - Sayı: 1, 17–21. https://ajindex.com/articles/520544

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (11)

  1. Dembry LM, Vazquez J A, Zervos M J. DNA analysis in the study of epidemiology of nosocomial candidiasis. Infect Control Hosp Epidemiol 1994; 15: 48-53
  2. Bart-Detabesse E. van Deventer H, Goesse W, Poirot J, Lioret N, van Belkum A. Dromer F. Contribution of molecular typing methods and antifungal susceptibility testing to the study of a candidaemia cluster in a burn care unit. J Clin Microbiol 1995; 33: 3278-3283
  3. Dib JC, Dube M, Kelly C. Rinaldi MO, Patterson JE. Evaluation of pulse-field gel electrophoresis as n typing system for Candida rugosa: comparison of karyotype and restriction fragment length polymorphisms. J Clin Microbiol 1996; 34: 1494-1496
  4. Pfaller MA, Rhine-Chalbeig J, Redding SW, Smith J, Farinacci G, Fothergill AW, Rinaldi MG. Variations in fluconazole susceptibility and electrophoretic karyotype among oral isolates of Candida albicans from patients with AIDS and oral candidiasis. J Clin Microbiol 1994; 32: 59-64
  5. White TC, Marr KA, Bowden RA. Clinical, cellular, and molecular factors that contribute to antifungal drug resistance. Clin Microbiol Rev 1998; 11: 382-402
  6. Xu J, Ramos AR, Vigalys R, Mitchell TG. Clonal and spontaneous origins of fluconazole resistance in Candida albicans. J Clin Microbiol 2000; 38: 1214-1220
  7. Nho S, Anderson.VfJ, Moore CB, Denning DW. Species differentiation by internally transcribed spacer PCR and Hhal digestion of fluconazole-resistant Candida krusei. Candida inconspicua, and Candida norvegensis strains. J Clin Microbiol 1997; 35: 1036-1039
  8. Bart-Delabesse. E, Boiron P. Carlotti A, Dupont B. Candida albicans genotyping in studies with AIDS developing resistance to fluconazole. J Clin Microbiol 1993; 35: 2933-2937
  9. Williams DW, Wilson M.f, Lewis MA O. Potts JC. Identification of Candida species by PCR and restriction fragment length polymorphism analysis of intergenic spacer regions of ribosomaİ DNA. J Clin Microbiol 1995; 33: 2476-2479, 10. Del Castillo L, Bikandi J, Nieto A, Quindos G, Sentandreu R, Ponton J. Comparison of morphotypic and genotypic methods for strain delineation in Candida. Mycoses 1997; 40: 445-450
  10. Diaz-Guerra TM, Martinez-Suarez JV. Laguna F, Rodriguez-Tudela JL. Comparison of four molecular typing methods for evaluating genetic diversity among Candida albicans isolates from Human Immunodeficiency Virus-Positive patients with oral candidiasis. J Clin Microbiol 1997; 35; 856-861
  11. Barchiesi F, Faiconi Di Francesco L, Compagnucci P. Arzeni D, Cirioni O. Scal