Dergiler / Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2016 / Cilt: 13 - Sayı: 1

Bakteriyel Taksonomi ve Yeni Türlerin Belirlenmesinde Kullanılan Yöntemler

Bacterial Taxonomy and Methods in Identifying New Species

Sayfa
50–57
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu derlemede, yeni bakteri türlerini tanımlayabilmek için gerekli olan metotlar kısaca anlatılarak bu türlerin sınıflandırılması ve ulusal kültür koleksiyonlarına girebilmesi için gerekli koşullar özetlenmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Mikroorganizmaların farklı ve benzer özelliklerini dikkate alarak gruplara ayırma ve belirleme işlemlerinin oluşturduğu sisteme taksonomi denir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bakterilerin sınıflandırması ve adlandırması için kullanılan konvansiyonel yöntemlere alternatif olarak moleküler tanı yöntemleri geliştirilmiş, bunlar arasında da 16S rRNA dizi analizi ve DNA:DNA hibridizasyon yöntemleri en geçerli teknikler olarak ortaya konulmuştur.
💡
Sonuç & Katkı:Bu derlemede, yeni bakteri türlerini tanımlayabilmek için gerekli olan metotlar kısaca anlatılarak bu türlerin sınıflandırılması ve ulusal kültür koleksiyonlarına girebilmesi için gerekli koşullar özetlenmiştir.
🔬Tür:Literatür & Derleme Çalışması
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Bakteri · hibridizasyon · taksonomi

Özet

Mikroorganizmaların farklı ve benzer özelliklerini dikkate alarak gruplara ayırma ve belirleme işlemlerinin oluşturduğu sisteme taksonomi denir. Bakterilerin sınıflandırması ve adlandırması için kullanılan konvansiyonel yöntemlere alternatif olarak moleküler tanı yöntemleri geliştirilmiş, bunlar arasında da 16S rRNA dizi analizi ve DNA:DNA hibridizasyon yöntemleri en geçerli teknikler olarak ortaya konulmuştur. Sınıflandırmada %70 veya daha fazla DNA:DNA hibridizasyonu gösteren ve 16S rRNA sekanslamasında %97 veya daha fazla benzerlik gösteren suşlar aynı tür olarak dikkate alınır. İdentifiye edilen türler belirlenen kurallara göre çeşitli bilimsel dergilerde yayımlanır ve resmi protokoller izlenerek ulusal kültür koleksiyonlarında yer alırlar. Bu derlemede, yeni bakteri türlerini tanımlayabilmek için gerekli olan metotlar kısaca anlatılarak bu türlerin sınıflandırılması ve ulusal kültür koleksiyonlarına girebilmesi için gerekli koşullar özetlenmiştir.

Abstract

The system which separates the microorganisms into the different groups by considering the similar and different characteristics of the microorganisms is named taxonomy. Molecular diagnostic methods as alternatives to conventional methods used for classification and naming of bacteria have been developed, including the 16S rRNA sequence analysis and DNA: DNA hybridization methods have been put forward as the most current techniques. Strains showing 70% or more DNA: DNA hybridization and 97% or more 16S rRNA sequence homology is considered to be the same species. As a result of these rates, strains which have been identified as different bacterial species can be published in various scientific journals and by entering the national culture collection thought monitoring official protocols. In this paper, requisite methods to identify new bacterial species are summarized briefly explaining the conditions to enter into the national culture collections.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

AÇIKALIN, H. D., MÜŞTAK, H. K. (2022). Bakteriyel Taksonomi ve Yeni Türlerin Belirlenmesinde Kullanılan Yöntemler. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 13 - Sayı: 1, 50–57. https://ajindex.com/articles/503849

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (19)

  1. Achtman M, Wain J, Weill FX, Nair S, Zhou Z, Sangal V, Krauland MG, Hale JL, Harbottle H, Uesbeck A,Dougan G, Harrison LH, Brisse S, the S. enterica MLST study group. Multilocus sequence typing as a replacement for serotyping in Salmonella enterica. PLoS Pathogens. 2012; 8(6):e1002776
  2. Arda M. Temel Mikrobiyoloji. Dördüncü baskı. Ankara: Medisan, 2000; p.1-13 3. Chairman JFI. International Committee on Systematics of Prokaryotes Subcommittee on the taxonomy of phototrophic bacteria. Minutes of the closed on-line meeting, June 10–30, 2014; Tubingen-Germany
  3. Chakravorty S, Helb D, Burday M, Connell N, Alland D. A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis of pathogenic bacteria. J Microbiol Meth. 2007; 69(2):330-9
  4. Chun J, Rainey FA. Integrating genomics into the taxonomy and systematics of the Bacteria and Archaea. Int J Syst Evol Microbiol. 2014;64(Pt 2):316-24
  5. Erişim adresi: http://141.150.157.117.8080/prokPUB/index.htm. Erişim tarihi: 02.10.14
  6. Erişim adresi: http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/dbs/Senterica. Erişim tarihi: 10.11.14
  7. Erişim adresi: http://www.bacterio.net/-news.html. Erişim tarihi: 16.11.14
  8. Erişim adresi: http://www.dsmz.de/bactnom/bactname.htm. Erişim tarihi: 16.11.14
  9. Erişim adresi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST. Erişim tarihi: 01.11.14
  10. Erişim adresi: http://rdp.cme.msu.edu/html. Erişim tarihi:14.09.14
  11. Erişim adresi: http://www.bergeys.org/pubinfo.html. Erişim tarihi:21.11.14
  12. Erişimadresi:www.uab.cat/servlet/Satellite?cid=1096481466574&pagename=UABDivulga%2Fage%2FTemplatePageDetallArticleInvestigar¶m1=1096483529658.Erişim tarihi:19.11.14
  13. Freeman S, Herron JC. Evolutionary Analysis. Fourth edition. Pearson Education. 2009
  14. Kaya İB, Karacan N, Özdal M, Mete Ş, Diker KS. Veteriner Klinik Örneklerde Direkt 16S rRNA Dizi Analizi İle Bakteriyel Tanı
  15. Ulusal Moleküler ve Tanısal Mikrobiyoloji Kongresi. 4-7 Haziran 2014/ANKARA. 2014
  16. Klein G, Pack A, Bonaparte C, Reuter G. Taxonomy and physiology of probiotic lactic acid bacteria. Int J Food Microbiol. 1998;41(2):103-25
  17. Klijn N, Weerkamp AH, de Vos WM. Identification of mesophilic lactic acid bacteria by using polymerase chain reaction-amplified variable regions of 16S rRNA and specific DNA probes. Appl Environ Microbiol. 1991; 57(11):3390-3
  18. Michael TM, John MM. Brock Biology of Microorganisms, 13th Edition. Pearson Education, Inc. Publishing as Prentice Hall. O-13-144329-1. 2012
  19. Nogales B, M