KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2020 / Cilt: 17 - Sayı: 1

Kantitatif RT-PCR (RT-qPCR) Çalışmalarında Uygun Housekeeping Genlerin (HKGs) Seçimi ve Validasyonu

Selection and Validation of Suitable Housekeeping Genes (HKGs) in Quantitative RT-PCR (RT-qPCR) Studies

Özgecan KORKMAZ AĞAOĞLU
Özge SİDEKLİ
Sayfa
76–83
Yayın Tarihi
2022-10-18
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu derlemede; Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Deneylerinin Yayınlanması için Asgari Bilgi (MIQE), HKG’lerin genel özellikleri, RT-qPCR çalışmalarında kullanımları ile çalışma dizaynına göre en uygun ve stabil olan HKG’lerin seçimi ve validasyonu hakkında bilgiler özetlenmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Gen ekspresyon çalışmalarında farklı deneysel veya klinik koşullar altında genlerin ekspresyon seviyelerinin karşılaştırılması için kullanılan en yaygın teknik Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-qPCR)’dur.
📊
Temel Bulgular & Veri:HKG seçimi için farklı yazılım programları geliştirilmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Bu derlemede; Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Deneylerinin Yayınlanması için Asgari Bilgi (MIQE), HKG’lerin genel özellikleri, RT-qPCR çalışmalarında kullanımları ile çalışma dizaynına göre en uygun ve stabil olan HKG’lerin seçimi ve validasyonu hakkında bilgiler özetlenmiştir.
🔬Tür:Literatür & Derleme Çalışması
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Gen ekspresyonu · housekeeping gen · kantitatif RT-PCR

Özet

Gen ekspresyon çalışmalarında farklı deneysel veya klinik koşullar altında genlerin ekspresyon seviyelerinin karşılaştırılması için kullanılan en yaygın teknik Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-qPCR)’dur. RT-qPCR’da güvenilir sonuçlar elde etmek için verilerin housekeeping genler (HKG) ile normalizasyonunun yapılması gerekmektedir. Bununla birlikte; çalışma tasarımına uygun en stabil HKG’nin kullanılması, çalışma sonuçlarının güvenilirliğini artırmaktadır. Güvenilir veri elde etmek için çalışma tasarımına uygun stabil HKG’nin seçimi ve validasyonu önemli bir adımdır ki bu ekspresyon bazlı çalışmalarda bütünleyici bir adım olmuştur. HKG seçimi için farklı yazılım programları geliştirilmiştir. Normalizasyon için seçilecek en stabil HKG’nin seçilmeden önce deneysel çalışmalar ile dikkatli bir şekilde değerlendirmesinin yapılması gerekmektedir. Bu derlemede; Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Deneylerinin Yayınlanması için Asgari Bilgi (MIQE), HKG’lerin genel özellikleri, RT-qPCR çalışmalarında kullanımları ile çalışma dizaynına göre en uygun ve stabil olan HKG’lerin seçimi ve validasyonu hakkında bilgiler özetlenmiştir.

Abstract

The quantitative Real-time Polymerase Chain Reaction (RT-qPCR) is the most common technique used to compare the expression levels of genes under different experimental or clinical conditions. Data should be normalized with housekeeping genes (HKGs) to obtain reliable results in RT-qPCR. Likewise, the use the most stable and suitable HKG for the study design improves the reliability of the study results. The selection and validation of a stable HKG according to the study design to obtain reliable data is an essential and integral step in expression-based studies. The several software programs have been developed for HKG selection. The most stable HKG to be selected for normalization needs to be carefully evaluated by experimental studies before selection. In this review, summarized Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE), characteristics of HKGs, selection and validation of most suitable and stable HKGs according to study design and, usage in RT-qPCR.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

AĞAOĞLU, Ö. K., SİDEKLİ, Ö. (2022). Kantitatif RT-PCR (RT-qPCR) Çalışmalarında Uygun Housekeeping Genlerin (HKGs) Seçimi ve Validasyonu. Erciyes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 17 - Sayı: 1, 76–83. https://ajindex.com/articles/503723

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (10)

  1. Agaoglu AR, Agaoglu OK, Aslan S, Kocamuftuoglu M, Koker A, Cetin Y, Gungor O, Ozturk D, Saatcı M. The effects of presynch-ovsynch applications on endometrial Toll and Nod like receptor gene expressions in cows with repeat breeder syndrome (RBS). Turkish Society of Veterinary Gynaecology VII. National-I. International Congress, October, 15-18, 2017;
  2. Marmaris-Türkiye. Andersen CL, Jensen JL, Ørntoft TF. Normalization of real-time quantitative reverse transcription-PCR data: a model-based variance estimation approach to identify genes suited for normalization, applied to bladder and colon cancer data sets. Cancer Res 2004; 64(15): 5245-50. Bär M, Bär D, Lehmann B. Selection and validation of candidate housekeeping genes for studies of human keratinocytes-review and recommendations. Jidonline 2009; 129(3): 535-7.
  3. Barber RD, Harmer DW, Coleman RA, Clark BJ. GAPDH as a housekeeping gene: analysis of GAPDH mRNA expression in a panel of 72 human tissue. Physiol Genomics 2005; 21(3): 389-95.
  4. Becker C, Hammerle-Fickinger A, Riedmaier I, Pfaffl MW. mRNA and microRNA quality control for RT-qPCR analysis. Methods 2010; 50(4):237-43.
  5. Blomberg J, Andersson M, Faldt R. Differential pattern of oncogene and beta-actin expression in leukaemic cells from AML patients. J Haematol 1987; 65(1): 83-6.
  6. Bogaert L, Van Poucke M, De Baere C, Peelman L, Gasthuys F, Martens A. Selection of a set of reliable reference genes for quantitative real-time PCR in normal equine skin and in equine sarcoids. BMC Biotechnol 2006; 6(24): 1-7.
  7. Burns MJ, Nixon GJ, Foy CA, Harris N. Standardisation of data from real-time quantitative PCR methods – evaluation of outliers and comparison of calibration curves. BMC Biotechnol 2005; 5(31): 1-13.
  8. Bustin SA, Beaulieu JF, Huggett J, Jaggi R, Kibenge FSB, Olsvik PA, Penning LC, Toegel S. MIQE precis: Practical implementation of minimum standard quidelines for fluorescence based quantitative real-time PCR expreriments. BMC Mol Biol 2010; 11(74): 1-5.
  9. Bustin SA, Benes V, Garson JA, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, Mueller R,T, Pfaffl MW, Shipley GL, Vandesompele J, Wittwer CT. The MIQE Guidelines: Minimum information for publication of quantitive real-time PCR experiments. Clin Chem 2009; 55(4): 611-22. Bustin SA. Why the need for qPCR publication guidelines?-The case for MIQE. Methods 2010b; 50(4): 217-26.
  10. Chervoneva I, Li Y, Schulz S, Croker S, Wilson C, Waldman SA, Hyslop T. Selection of optimal reference genes for normalization in quantitative RT-PCR. B