KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi / 2021 / Cilt: 35 - Sayı: 1

Ekzom dizileme verilerinin tekrar değerlendirilmesi ile saptanan klinik olarak anlamlı ekzom tabanlı kopya sayısı değişimleri

Clinically significant exome-based copy number variants detected by re-evaluation of exome sequencing data

Fatma KURT ÇOLAK
Sayfa
1–11
Yayın Tarihi
2022-10-17
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

BULGULAR: Tekrar değerlendirilen 30 hastadan 4 vakada sırasıyla RRM2B geni delesyonu, Xq28 duplikasyonu, 22q11.21 delesyonu ve 15q21.2 delesyonu bulunmuştur.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:GİRİŞ ve AMAÇ: Son zamanlarda yeni nesil dizileme (next generation sequencing-NGS) birçok klinik laboratuarda yaygınlaşmakta ve kullanımdaki bu artış neticesinde hazırlanan özel yazılıma sahip bu platformlar aynı anda tek nükleotid varyantları (single nucleotide variants-SNV) ile birlikte kopya sayısı değişikliklerini(copy number variation-CNV) tanımlamak için giderek daha fazla kullanılmaktadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu çalışmada ekzom analizi yapılmış, herhangi bir varyant tespit edilememiş ve tanısı konulamamış 30 hasta tekrar değerlendirmeye alınmış ve tanıya olan katkısına bakılmıştır.
💡
Sonuç & Katkı:BULGULAR: Tekrar değerlendirilen 30 hastadan 4 vakada sırasıyla RRM2B geni delesyonu, Xq28 duplikasyonu, 22q11.21 delesyonu ve 15q21.2 delesyonu bulunmuştur.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:30 hasta
⚙️Değişkenler:Mikrodizin · kopya sayısı değişikliği · yeni nesil dizileme

Özet

GİRİŞ ve AMAÇ: Son zamanlarda yeni nesil dizileme (next generation sequencing-NGS) birçok klinik laboratuarda yaygınlaşmakta ve kullanımdaki bu artış neticesinde hazırlanan özel yazılıma sahip bu platformlar aynı anda tek nükleotid varyantları (single nucleotide variants-SNV) ile birlikte kopya sayısı değişikliklerini(copy number variation-CNV) tanımlamak için giderek daha fazla kullanılmaktadır. Tek nükleotit polimorfizm(single nucleotide polymorphism-SNP) genotiplemesini içeren mikrodizin tabanlı teknolojiler, CNV karakterizasyonu için NGS’e paralel olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada ekzom analizi yapılmış, herhangi bir varyant tespit edilememiş ve tanısı konulamamış 30 hasta tekrar değerlendirmeye alınmış ve tanıya olan katkısına bakılmıştır. YÖNTEM ve GEREÇLER: Hastalarda NGS testi için Sophia genetics in Clinical Exome Solution (CES) kiti kullanıldı. Illumina Next Seq 550® cihazında çalışıldı. CNV olaylarının teyidi için mikrodizin çalışması olarak Illumina Infinium® HumanCytoSNP-12 v2.1 SNP-array çipleriyle Bluefuse® multi (v4.5) analiz programı ve Affymetrix® Cytoscan Optima çipleri ve Chromosome Analysis Suite (ChAS) 3.1 Thermo Fisher Scientific® programları kullanıldı. Bir hastada teyit için multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) testi için SALSA MLPA probemix P089 TK2® kiti kullanıldı. BULGULAR: Tekrar değerlendirilen 30 hastadan 4 vakada sırasıyla RRM2B geni delesyonu, Xq28 duplikasyonu, 22q11.21 delesyonu ve 15q21.2 delesyonu bulunmuştur. TARTIŞMA ve SONUÇ: NGS verilerini iyi geliştirilmiş yazılımlarla analiz etmenin birçok avantajı vardır. Özellikle bazı durumlarda hem SNV hem de CNV verilerini birlikte değerlendirebilen yazılım, klinik vakaların çözümüne yardımcı olabilmektedir. Teknolojideki gelişmeler daha iyi sonuçlar veren yazılım araçlarının geliştirilmesine yol açmaktadır. Bu tür analiz yöntemleri, özellikle genin bir kopyası silindiğinde, diğer kopya patojenik veya patojenik olabilen varyantlar taşıdığında, resesif koşullar için tıbbi genetikteki zorlu vakaların çözümünde zaman ve maliyet açısından fayda sağlamaktadır.

Abstract

INTRODUCTION: The next-generation sequencing(NGS) method is becoming widespread in many clinical laboratories as a result of this increase in usage is developed some tools to be integrated into analysis platforms. These platforms with dedicated software are increasingly being used to identify copy number variations(CNVs) along with single nucleotide variants(SNVs) simultaneously. Array-based technologies including single nucleotide polymorphism(SNP) genotyping has been be employed in parallel to NGS for further characterization of the CNV event. In this study, exome analysis was performed, no variant was detected and 30 patients who could not be diagnosed were re-evaluated. METHODS: Clinical Exome Solution(CES) kit by Sophia Genetics was used to IlluminaNextSeq550® platform. The data obtained after sequencing was uploaded to SophiaDDM software for analysis. HumanCytoSNP-12v2.1BeadChip Kit at IlluminaInfinium®SNP-array platform and Affymetrix®Cytoscan Optima chips kit was used for follow-up confirmation of CNV events. The RRM2B gene gains and/or losses were detected by the SALSA MLPAprobemix P089TK2®. RESULTS: In 4 cases out of 30 patients re-evaluation included RRM2B gene deletion, Xq28 duplication, 22q11.21 deletion, and 15q21.2 deletion. DISCUSSION AND CONCLUSION: There are many advantages to analysing NGS data with well-developed software. Software that can evaluate both SNV and CNV data together, especially in our cases, help in solving clinical cases. In technology, the steps will lead to the development of software tools that give better results. Such analysis methods are of time and cost benefit in solving challenging cases in medical genetics for recessive conditions, especially when one copy of the gene is deleted and the other copy carries variants that may be pathogenic.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

ÇOLAK, F. K. (2022). Ekzom dizileme verilerinin tekrar değerlendirilmesi ile saptanan klinik olarak anlamlı ekzom tabanlı kopya sayısı değişimleri. Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi, Cilt: 35 - Sayı: 1, 1–11. https://ajindex.com/articles/491976

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (9)

  1. Baker SW, Murrell JR, Nesbitt AI, Pechter KB, Balciuniene J, Zhao X, et al. Automated Clinical Exome Reanalysis Reveals Novel Diagnoses. J Mol Diagn. 2019;21:38-48.
  2. Liu Z, Zhu L, Roberts R, Tong W. Toward Clinical Implementation of Next-Generation Sequencing-Based Genetic Testing in Rare Diseases: Where Are We? Trends Genet. 2019;35:852-67.
  3. Bruel AL, Nambot S, Quéré V, Vitobello A, Thevenon J, Assoum M, et al. Increased diagnostic and new genes identification outcome using research reanalysis of singleton exome sequencing. Eur J of Hum Genet. 2019;27:1519-31.
  4. Pang AW, MacDonald JR, Pinto D, Wei J, Rafiq MA, Conrad DF, et al. Towards a comprehensive structural variation map of an individual human genome. Genome Biol. 2010;11:R52. Cooper GM, Coe BP, Girirajan S, Rosenfeld JA, Vu TH, Baker C, et al. A copy number variation morbidity map of developmental delay. Nat Genet. 2011; 43:838-46. Hochstenbach R, van Binsbergen E, Engelen J, Nieuwint A, Polstra A, Poddighe P, et al. Array analysis and karyotyping: workflow consequences based on a retrospective study of 36,325 patients with idiopathic developmental delay in the Netherlands. Eur J Med Genet. 2009; 52:161-9. Lee C, ve Scherer S W, The Clinical Context of Copy Number Variation in The Human Genome. Expert Rev Mol Med. 2010; 9;12:e8. Glessner JT, Bick AG, Ito K, Homsy JG, Rodriguez-Murillo L, Fromer M, et al. Increased frequency of de novo copy number variants in congenital heart disease by integrative analysis of single nucleotide polymorphism array and exome sequence data. Circ Res. 2014;115:884-96.
  5. Orange JS, Glessner JT, Resnick E, Sullivan KE, Lucas M, Ferry B, et al. Genome-wide association identifies diverse causes of common variable immunodeficiency. J Allergy Clin Immunol. 2011; 127:1360-7. de Ligt J, Boone PM, Pfundt R, Vissers LE, Richmond T, Geoghegan J, et al. Detection of clinically relevant copy number variants with whole‐exome sequencing. Human Mutat. 2013; 34:1439-48.
  6. Tan R, Wang Y, Kleinstein SE, Liu Y, Zhu X, Guo H, et al. An evaluation of copy number variation detection tools from whole‐exome sequencing data. Human Mutat. 2014;35:899-907.
  7. Krumm N, Sudmant PH, Ko A, O'Roak BJ, Malig M, Coe BP, et al. Copy number variation detection and genotyping from exome sequence data. Genome Res. 2012;22:1525-32.
  8. Zarrei M, MacDonald JR, Merico D, Scherer SW. A copy number variation map of the human genome. Nat Rev Genet. 2015;16:172-82
  9. Nussbaum, R, McInnes R, Willard H. Thompson & Thompson Genetics in