Dergiler / Cukurova Medical Journal / 2022 / Cilt: 47 - Sayı: 1

Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesinden izole edilen M. tuberculosis izolatlarının inhouse PCR yöntemi ile moleküler epidemiyolojik tiplendirilmesi

Molecular epidemiological typing of M. tuberculosis isolates isolated from Turkey's Eastern Anatolia with in house PCR method

Sayfa
191–198
Yayın Tarihi
2022-03-31
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bulgular: Pozitif örneklerin %2.68'inde Aside dirençli basil (ARB) pozitif + kültür pozitifliği, yaymada %2.93'ünde ARB pozitif ve kültür negatif, yaymada %1.34'ünde ARB negatif ve kültür pozitifliği vardı.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Amaç: Örneklerin mikroskopi ve kültür sonuçlarının karşılaştırılması, izolatların ilaç direnç oranlarının belirlenmesi, suşlar arasındaki epidemiyolojik ilişkilerin ERIC-PCR, RAPD-PCR, OUT-PCR ile ev içi PCR tekniğine dayalı olarak değerlendirilmesi amaçlandı.
📊
Temel Bulgular & Veri:Gereç ve Yöntem: 2010 numunenin direkt mikroskopi ve kültür sonuçları analiz edildi.
💡
Sonuç & Katkı:Bulgular: Pozitif örneklerin %2.68'inde Aside dirençli basil (ARB) pozitif + kültür pozitifliği, yaymada %2.93'ünde ARB pozitif ve kültür negatif, yaymada %1.34'ünde ARB negatif ve kültür pozitifliği vardı.
🔬Tür:Laboratuvar & Saha Deneyi
📍Kapsam:2010 Verileri
⚙️Değişkenler:Mycobacterium tuberculosis · EZN · ERIC-PCR

Özet

Amaç: Örneklerin mikroskopi ve kültür sonuçlarının karşılaştırılması, izolatların ilaç direnç oranlarının belirlenmesi, suşlar arasındaki epidemiyolojik ilişkilerin ERIC-PCR, RAPD-PCR, OUT-PCR ile ev içi PCR tekniğine dayalı olarak değerlendirilmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: 2010 numunenin direkt mikroskopi ve kültür sonuçları analiz edildi. İlaç duyarlılık sonuçları TULSA'dan elde edildi. İzolatların tiplendirilmesi, bir devlet üniversitesinin tıp fakültesinin mikrobiyoloji laboratuvarında, in house PCR yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Pozitif örneklerin %2.68'inde Aside dirençli basil (ARB) pozitif + kültür pozitifliği, yaymada %2.93'ünde ARB pozitif ve kültür negatif, yaymada %1.34'ünde ARB negatif ve kültür pozitifliği vardı. Kültür pozitif olan 33 izolatta primer antitüberküloz (anti-TB) ilaçlara direnç görülmezken, bir veya daha fazla primer anti-TB ilaca direnç %9.09'da gözlendi. Tek ilaç direnci %3.03, Isoniazid (INH) ve INH kritik ilaçlara direnç %6.06 idi. İzolatlar ERIC-PCR ile 3 gruba, OUT-PCR için 5 grup ve RAPD-PCR ile 6 gruba ayrıldı. Sonuç: Çalışılan numune oranının düşük olması, tedavi sürecinde alınan numunelerin negatif olması nedeniyle pozitiflik oranları düşüktü. ERIC-PCR, RAPD-PCR ve OUT-PCR gibi moleküler teknikler, kökenler arasındaki farklılıkları, benzerlikleri değerlendirmede Mycobacterium tuberculosis'in (MTB) epidemiyolojik tiplendirilmesi için kolay, hızlı ve ucuz yöntemlerdir.

Abstract

Purpose: The aim of this study as to compare microscopy and culture results of samples, determine drug resistance rates of the isolates, evaluate epidemiological relationship between the strains with ERIC-PCR, RAPD-PCR, OUT-PCR based on in house PCR technique. Materials and Methods: Direct microscopy and culture results of 2010 samples were analyzed. Drug sensitivity results were obtained from TULSA. The typing of isolates based on in house PCR was carried out in the microbiology laboratory of a faculty of medicine in a state university. Results: Of positive samples, 2.68% had Acid-resistant bacilli (ARB) positive + culture positivity, 2.93% had ARB positive and culture negative in smear, and 1.34% had ARB negative and culture positivity in smear. Resistance to primary antituberculous (anti-TB) drugs wasn’t observed in 33 culture positive isolates, whereas resistance to one or more primary anti-TB drugs was observed in 9.09%. Single drug resistance was 3.03%, resistance to Isoniazid (INH) and INH critical drugs was 6.06%. Isolates were divided 3 groups by ERIC-PCR, 5 groups for OUT-PCR and 6 by RAPD-PCR. Conclusion: Positivity rates were low due to low rate of studied samples, negative samples taken during treatment process. Molecular techniques like ERIC-PCR, RAPD-PCR and OUT-PCR are easy, fast and inexpensive methods for the epidemiological typing of Mycobacterium tuberculosis (MTB) in evaluating distinctions, similarities between origins.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

AYDIN, E., TARHAN, G., ŞAHİN, F., EREN, S. (2022). Türkiye'nin Doğu Anadolu bölgesinden izole edilen M. tuberculosis izolatlarının inhouse PCR yöntemi ile moleküler epidemiyolojik tiplendirilmesi. Cukurova Medical Journal, Cilt: 47 - Sayı: 1, 191–198. https://ajindex.com/articles/482209

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (12)

  1. World Health Organization. Global Tuberculosis Report, 2020.
  2. Geneva, WHO, 2020. T.C. Ministry of Health General Directorate of Public Health Tuberculosis Department. TB War in Turkey 2018
  3. Report. Ankara, Ministry of Health, 2018. T.C. Ministry of Health General Directorate of Public Health Tuberculosis Department, TB war in Turkey 2019
  4. Report. Ankara, Ministry of Health, 2020.
  5. Dheda K, Ruhwald M, Theron G, Peter J, Yam WC. Point-of-care diagnosis of tuberculosis: past, present and future. Respirology. 2013;18:217-32.
  6. Perkins MD, Cunningham J. Facing the crisis: improving the diagnosis of tuberculosis in the HIV era. J Infect Dis. 2007;15:15-27.
  7. Cattamanchi A, Davis JL, Pai M, Huang L, Hopewell PC, Steingart KR. Does bleach processing increase the accuracy of sputum smear microscopy for diagnosing pulmonary tuberculosis? J Clin Microbiol. 2010;48:2433-9. Alp A. Current status in laboratory diagnosis of tuberculosis. Hacettepe Tıp Dergisi. 2011;42:28-33.
  8. Meehan CJ, Goig GA, Kohl TA, Verboven L, Dippenaar A, Ezewudo M et al. Whole genome sequencing of Mycobacterium tuberculosis: current standards and open issues. Nat Rev Microbiol. 2019;17:533-45.
  9. Igarashi Y, Chikamatsu K, Aono A, Yi L, Yamada H, Takaki A et al. Laboratory evaluation of the Anyplex II MTB/MDR and MTB/XDR tests based on multiplex real-time PCR and melting-temperature analysis to identify Mycobacterium tuberculosis and drug resistance. Diagn Microbiol Infect Dis. 2017;89:276-81.
  10. Ruiz P, Causse M, Vaquero M, Gutierrez JB, Casal M. Evaluation of a new automated Abbott RealTime MTB RIF/INH assay for qualitative detection of rifampicin/isoniazid resistance in pulmonary and extra-pulmonary clinical samples of Mycobacterium tuberculosis. Infect Drug Resist. 2017;6:463-7. World Health Organization. Technical Report on Critical Concentrations for Drug Susceptibility Testing of Medicines Used in the Treatment of Drug-Resistant Tuberculosis. Geneva, WHO, 2018. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Multiple misdiagnoses of tuberculosis resulting from laboratory error--Wisconsin, 1996. MMWR Morb Mortal Wkly Rep.1997;29:797-801.
  11. Burman WJ, Reves RR. Review of false-positive cultures for Mycobacterium tuberculosis and recommendations for avoiding unnecessary treatment. Clin Infect Dis. 2000;31:1390-5.
  12. Cook VJ, Stark G, Roscoe DL, Kwong A, Elwood RK. Investigation of suspected laboratory cross-contamination: interpretation of single smear-negative, positive cultures for Mycobacterium tuberculosis