Dergiler / Erzincan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi / 2022 / Cilt: 15 - Sayı: 1

Bazı Yeni Pirol Türevlerinin Klopman İndeks Tanımlayıcı Kullanarak 4D-QSAR Analizi

4D-QSAR Analysis of Some New Pyrrole Derivatives Using Klopman Index Descriptor

Sayfa
168–182
Yayın Tarihi
2022-03-27
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Her iki setten elde edilen istatistik sonuçları, sırasıyla, Q2=0.875 ve Rext2=0.918 değerleri tatmin edici olarak değerlendirildi.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Öz Ligand-Reseptör (L-R) arasındaki 3 Boyutlu (3-Dimensional,3D) etkileşimler için yeni olarak kullanmaya başladığımız Yerel Reaktif Tanımlayıcı (Local Reactive Descriptor, LRD) olan Klopman İndeksi’ni antitüberküloz ajanlar olarak bazı yeni pirol türevlerinde 4D-QSAR incelemeleri için uyguladık.
📊
Temel Bulgular & Veri:L-R arasında ileri sürülen etkileşim noktalarından oluşan farmakofora (Pharmacophore, Pha) ait reseptör tarafının parametreleri, ligand tarafındaki LRD değerlerine bağlı olarak geliştirdiğimiz MCET yönteminde hesaplandı.
💡
Sonuç & Katkı:Her iki setten elde edilen istatistik sonuçları, sırasıyla, Q2=0.875 ve Rext2=0.918 değerleri tatmin edici olarak değerlendirildi.
🔬Tür:Modelleme & Sayısal Simülasyon
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:4D-QSAR · Klopman İndeks · LRD

Özet

Öz Ligand-Reseptör (L-R) arasındaki 3 Boyutlu (3-Dimensional,3D) etkileşimler için yeni olarak kullanmaya başladığımız Yerel Reaktif Tanımlayıcı (Local Reactive Descriptor, LRD) olan Klopman İndeksi’ni antitüberküloz ajanlar olarak bazı yeni pirol türevlerinde 4D-QSAR incelemeleri için uyguladık. L-R arasında ileri sürülen etkileşim noktalarından oluşan farmakofora (Pharmacophore, Pha) ait reseptör tarafının parametreleri, ligand tarafındaki LRD değerlerine bağlı olarak geliştirdiğimiz MCET yönteminde hesaplandı. Eğitim setindeki moleküller üzerinde Leave One Out Cross-Validation (LOO-CV) tekniği ile 4D-QSAR modeli kurulduktan sonra harici test setindeki moleküller üzerinde model doğrulandı. Her iki setten elde edilen istatistik sonuçları, sırasıyla, Q2=0.875 ve Rext2=0.918 değerleri tatmin edici olarak değerlendirildi.

Abstract

We applied the Klopman Index, the Local Reactive Descriptor (LRD), for 3-Dimensional (3D) interactions between the Ligand-Receptor (L-R), for some new pyrrole derivatives as antituberculosis agents for 4-Dimensional Quantitative Structure-Activity Relationship (4D-QSAR) investigations. The parameters of the receptor side belonging to the Pharmacophore (Pha), which consists of the interaction points suggested between L-R, were calculated in the Molecular Conformer Electron Topological (MCET) method we developed based on the LRD values on the ligand side. After the 4D-QSAR model was established with the Leave One Out Cross-Validation (LOO-CV) technique on the molecules in the training set, the model was confirmed on the molecules in the external test set. Statistical results obtained from both sets, Q2 = 0.875 and Rext2 = 0.918, respectively, were evaluated as satisfactory.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

KIZILCAN, D. Ş., TÜRKMENOĞLU, B., GÜZEL, Y., ASLAN, E. (2022). Bazı Yeni Pirol Türevlerinin Klopman İndeks Tanımlayıcı Kullanarak 4D-QSAR Analizi. Erzincan Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, Cilt: 15 - Sayı: 1, 168–182. https://ajindex.com/articles/386141

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (1)

  1. Referans1 Ahmadi, A., Solati, J., Hajikhani, R., Pakzad, S. 2011. “Synthesis and Analgesic Effects of New pyrrole derivatives of phencyclidine in mice”, Arzneimittelforsch, 61, 296-300. Referans2 Alp Tokat, T., Turkmenoglu, B., Guzel, Y., Kizilcan, D. S. 2019. “Investigation of 3D Pharmacophore Of N-benzyl Benzamide Molecules of Melanogenesis Inhibitors Using a New Descriptor Klopman Index: Uncertainties in Model”, J Mol Model, 25(8), 247. Referans3 Bersuker, I. B., Dimoglo, A. S., Gorbachov, M. Y. 1987. “The Electron-Topological Approach in Investigation of Structure - Activity Relation - Inhibition of Thymidine Phosphorylase by Uracil Derivatives”, Bioorg Khim+, 13, 38-44. Referans4 Bersuker, I. B., Dimoglo, A. S., Gorbachov, M. Y., Greni, A. I., Vysotskaya, L. E., Mikhailova, T. V. 1989 “Study Of The Electronic And Structural-Properties Of The Chemical-Compounds İn Garlic Aroma”, Nahrung, 33, 405-411. Referans5 Bersuker, I. B., Dimoglo, A. S., Gorbachov, M. Y., Vlad, P. F. 1991. “Origin of Musk Fragrance Activity - the Electron-Topologic Approach”, New J Chem, 15, 307-320. Referans6Biava, M., Porretta, G. C., Poce, G., Battilocchio, C., Alfonso, S., De Logu, A., Serra, N., Manetti, F., Botta, M. 2010. “Identification Of A Novel Pyrrole Derivative Endowed With Antimycobacterial Activity And Protection Index Comparable To That Of The Current Antitubercular Drugs Streptomycin And Rifampin”, Bioorg Med Chem, 18, 8076-8084. Referans7 Consonni, V., Todeschini, R. 2010. “Molecular Descriptors”, Chall Adv Comput Che, 8, 29-102. Referans8 Cramer, R. D., Patterson, D. E., Bunce, J. D. 1988. “Comparative Molecular-Field Analysis (Comfa).1. Effect of Shape on Binding of Steroids to Carrier Proteins”, J Am Chem Soc, 110, 5959-5967. Referans9 Dimoglo, A. S., Beda, A. A., Shvets, N. M., Gorbachov, M. Y., Kheifits, L. A., Aulchenko, I. S. 1995. “Investigation of the Relationship between Sandalwood Odor and Chemical-Structure - Electron-Topological Approach”, New J Chem, 19, 149-154. Referans10 Dimoglo, A. S., Bersuker, I. B., Popa, D. P., Kuchkova, K. I. 1989. “The Electron-Topological Study of the Growth-Regulating Activity in a Series of Abscisic-Acid Analogs”, Teor Eksp Khim, 25, 590-594. Referans11 Duncan, K., Barry, C. E. 2004. “Prospects For New Antitubercular Drugs”, Curr Opin Microbiol, 7, 460-465. Referans12 Guzel, Y., Aslan, E., Turkmenoglu, B., Su, E. M. 2018. “4D-QSAR Studies Using a New Descriptor of the Klopman Index: Antibacterial Activities of Sulfone