KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / International Journal of Advances in Engineering and Pure Sciences / 2021 / Cilt: 33 - Sayı: 4

Türk Ulusal Bilim e-Altyapısı TRUBA’da Moleküler Dinamik Paketi GROMACS’in Performans Optimizasyonu

Büşra SAVAŞ
Ezgi KARACA
Sayfa
609–613
Yayın Tarihi
2021-12-30
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu süreç sonunda en iyi performanslı hesaplama kümesi akya-cuda, en iyi CPU/GPU çekirdek sayı oranı 40/1 ve en hızlı GROMACS versiyonu GROMACS 2020 olarak tespit edilmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Yüksek performanslı hesaplama sistemlerinin kullanımının artmasıyla, bu sistemlerde çalıştırılan programların performans optimizasyonu öncelikli hale gelmiştir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Performans tarama çalışmamız sırasında, farklı hesaplama kümelerinde, farklı CPU/GPU çekirdek oranı ve GROMACS versiyonlarını denedik.
💡
Sonuç & Katkı:Bu süreç sonunda en iyi performanslı hesaplama kümesi akya-cuda, en iyi CPU/GPU çekirdek sayı oranı 40/1 ve en hızlı GROMACS versiyonu GROMACS 2020 olarak tespit edilmiştir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:2020 Verileri
⚙️Değişkenler:Moleküler Dinamik · Yüksek Başarımlı Hesaplama Kümeleri · Optimizasyon

Özet

Yüksek performanslı hesaplama sistemlerinin kullanımının artmasıyla, bu sistemlerde çalıştırılan programların performans optimizasyonu öncelikli hale gelmiştir. Bu duruma istinaden, bu çalışmamızda, yaygın olarak kullanılan moleküler dinamik paketi GROMACS’in, TÜBİTAK ULAKBİM tarafından kullanıma sunulan TRUBA hesaplama kümelerindeki en iyi performans kriterlerini bulmayı hedefledik. Performans tarama çalışmamız sırasında, farklı hesaplama kümelerinde, farklı CPU/GPU çekirdek oranı ve GROMACS versiyonlarını denedik. Bu süreç sonunda en iyi performanslı hesaplama kümesi akya-cuda, en iyi CPU/GPU çekirdek sayı oranı 40/1 ve en hızlı GROMACS versiyonu GROMACS 2020 olarak tespit edilmiştir. Benzer bir çalışma yürütecek araştırmacıların yararlanması adına, performans optimizasyon dosyalarımız ve ayrıntılı sonuçlarımız https://github.com/CSB-KaracaLab/gmx_performance_on_HPC adresinde incelemeye açılmıştır.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

SAVAŞ, B., KARACA, E. (2021). Türk Ulusal Bilim e-Altyapısı TRUBA’da Moleküler Dinamik Paketi GROMACS’in Performans Optimizasyonu. International Journal of Advances in Engineering and Pure Sciences, Cilt: 33 - Sayı: 4, 609–613. https://ajindex.com/articles/382694

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (12)

  1. Alder, B. J., & Wainwright, T. E. (1959). Studies in molecular dynamics. I. General method. The Journal of Chemical Physics, 31(2).
  2. Rahman, A. (1964). Correlations in the motion of atoms in liquid argon. Physical Review, 136(2A).
  3. Páll, S., Abraham, M. J., Kutzner, C., Hess, B., & Lindahl, E. (2015). Tackling exascale software challenges in molecular dynamics simulations with GROMACS. Lecture Notes in Computer Science (Including Subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics), 8759.
  4. Abraham, M. J., Murtola, T., Schulz, R., Páll, S., Smith, J. C., Hess, B., & Lindah, E. (2015). Gromacs: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. SoftwareX, 1–2.
  5. Phillips, J. C., Braun, R., Wang, W., Gumbart, J., Tajkhorshid, E., Villa, E., Chipot, C., Skeel, R. D., Kalé, L., & Schulten, K. (2005). Scalable molecular dynamics with NAMD. In Journal of Computational Chemistry (Vol. 26, Issue 16).
  6. Pearlman, D. A., Case, D. A., Caldwell, J. W., Ross, W. S., Cheatham, T. E., DeBolt, S., Ferguson, D., Seibel, G., & Kollman, P. (1995). AMBER, a package of computer programs for applying molecular mechanics, normal mode analysis, molecular dynamics and free energy calculations to simulate the structural and energetic properties of molecules. Computer Physics Communications, 91(1–3).
  7. Bird, A. (2007). Perceptions of epigenetics. In Nature (Vol. 447, Issue 7143).
  8. Mazzio, E. A., & Soliman, K. F. A. (2012). Basic concepts of epigenetics impact of environmental signals on gene expression. In Epigenetics (Vol. 7, Issue 2).
  9. Khavari, D. A., Sen, G. L., & Rinn, J. L. (2010). DNA methylation and epigenetic control of cellular differentiation. In Cell Cycle (Vol. 9, Issue 19).
  10. Lee, J. H., Hart, S. R. L., & Skalnik, D. G. (2004). Histone Deacetylase Activity Is Required for Embryonic Stem Cell Differentiation. Genesis, 38(1).
  11. Weinhold, B. (2006). Epigenetics: the science of change. Environmental Health Perspectives, 114(3).
  12. Kulis, M