KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Van Veterinary Journal / 2016 / Cilt: 27 - Sayı: 3

Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Akirin 2 Gen Polimorfizminin PCR-RFLP Yöntemi ile Belirlenmesi

Detection of Akirin 2 Gene Polymorphism with PCR-RFLP Method in Some Cattle Breeds Reared in Turkey

Güray COŞKUN
Bilal AKYÜZ
Sayfa
123–127
Yayın Tarihi
2016-12-20
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Sonuç olarak, Türkiye’de yetiştirilen yerli ve Avrupa orijinli sığır ırklarında mermerleşme skoru gibi et kalite özelliklerinin iyileştirilmesinde Akirin 2 genindeki c.*188G>A polimorfizminin kullanılabileceği düşünülmektedir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Bu çalışmada Türkiye’de yetiştirilen Simental (n=75), İsviçre Esmeri (n=75), Holstein (n=100), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) (n=40) ve Boz Irk (n=40) sığırlarında Akirin 2 geninde bulunan c.*188G>A tek nokta polimorfizminin (SNP) belirlenmesi amaçlanmıştır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu çalışmada, c.*188G>A polimorfizmi yönünden genotipleme için polimeraz zincir reaksiyonunu takiben yapılan restriksiyon parçacık büyüklük polimorfizimi (PCR-RFLP) yöntemi kullanılmıştır.
💡
Sonuç & Katkı:Sonuç olarak, Türkiye’de yetiştirilen yerli ve Avrupa orijinli sığır ırklarında mermerleşme skoru gibi et kalite özelliklerinin iyileştirilmesinde Akirin 2 genindeki c.*188G>A polimorfizminin kullanılabileceği düşünülmektedir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:Akirin 2 · Genetik Belirteç · RFLP

Özet

Bu çalışmada Türkiye’de yetiştirilen Simental (n=75), İsviçre Esmeri (n=75), Holstein (n=100), Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK) (n=40) ve Boz Irk (n=40) sığırlarında Akirin 2 geninde bulunan c.*188G>A tek nokta polimorfizminin (SNP) belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu çalışmada, c.*188G>A polimorfizmi yönünden genotipleme için polimeraz zincir reaksiyonunu takiben yapılan restriksiyon parçacık büyüklük polimorfizimi (PCR-RFLP) yöntemi kullanılmıştır. Akirin 2 genindeki hedef bölge, PCR ile çoğaltıldıktan sonra elde edilen PCR ürünleri FoKI endonükleaz enzimi ile kesilmiştir. Çalışmada c.*188G>A tek nokta polimorfizmi için A ve G olarak adlandırılan iki allel belirlenmiştir. En yüksek A allel frekansı Simental ırkında (0.27), en yüksek G allel frekansının ise DAK ırkında (0.93) olduğu görülmüştür. Ayrıca, en yüksek AA ve AG frekansı Simental ırkında (0.07 ve 0.39), en yüksek GG genotip frekansı ise DAK ırkında (0.85) belirlenmiştir. Yapılan Ki-kare analiz sonuçlarına göre incelenen beş ırkında c.*188G>A polimorfizmi yönünden Harrdy-Weinberd dengesinde (HWE) oldukları gözlenmiştir. Bu çalışma Türkiye’de yetiştirilen Simental, İsviçre Esmeri, Holstein, DAK ve Boz Irk sığırlarında Akirin 2 geninden bulunan c.*188G>A polimorfizmi yönünden genotiplendirilmelerinin yapıldığı ilk çalışmadır. Sonuç olarak, Türkiye’de yetiştirilen yerli ve Avrupa orijinli sığır ırklarında mermerleşme skoru gibi et kalite özelliklerinin iyileştirilmesinde Akirin 2 genindeki c.*188G>A polimorfizminin kullanılabileceği düşünülmektedir.

Abstract

The purpose of this study was to determine a single nucleotide polymorphism (SNP) c.*188G>A at Akirin 2 gene in the Simmental (n=75), Brown Swiss (n=75), Holstein (n=100), East Anatolian Red (EAR) (n=40) and Turkish Grey (n=40) cattle breeds in Turkey. In order to determine the c.*188G>A polymorphism, polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method was performed in this study. Target region of Akirin 2 gene was amplified using PCR method and the PCR products were digested using by FoKI endonuclease enzyme. In this study, two types of alleles (A and G) for c.*188G>A polymorphism of Akirin 2 gene were observed. The G allele frequency was found the highest in EAR cattle breed (0.93) and the A allele frequency was found the highest in Simmental cattle breed (0.27). Furthermore, the AA and AG genotype frequencies were found to be highest in Simmental breed (0.07 and 0.39 respectively), while the highest frequency of GG genotype was found in EAR (0.85) breed. According to the results of the chi-square test, it was showed that the investigated five breeds were in Hardy-Weinberg equilibrium for the c.*188G>A polymorphism. The present study is the first attempt that investigates c.*188G>A polymorphism at Akirin 2 gene in these cattle breeds (Simmental, Brown Swiss, Holstein, EAR and Turkish Grey) raised in Turkey. In conclusion, it is considered that the c.*188G>A polymorphism in Akirin 2 gene can be used in order to improve meat quality traits such as marbling score of Turkish native and European origin cattle breeds reared in Turkey.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

COŞKUN, G., AKYÜZ, B. (2016). Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında Akirin 2 Gen Polimorfizminin PCR-RFLP Yöntemi ile Belirlenmesi. Van Veterinary Journal, Cilt: 27 - Sayı: 3, 123–127. https://ajindex.com/articles/32645

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (14)

  1. Anonim (2015). Türk İstatistik Kurumu. Tarım İstatistikleri Kasım 2015, https://biruni.tuik.gov.tr/hayvancilikapp/hayvancilik.zul/ Erişim Tarihi: 01.Kasım.2015.
  2. Babür TE, Gürbüz Ü (2015). Geleneksel pişirme yöntemlerinin et kalitesine etkileri. Journal of Tourism and Gastronomy Studies, 3(4), 58-64. Čítek J, Panicke L, Řehout V, Procházková H (2006). Study of genetic distances between cattle breeds of central Europe. Czech J Anim Sci, 51(10), 429-436.
  3. Dybus A, Grzesiak W, Kamieniecki H, et al (2005). Association of genetic variants of bovine prolactin with milk production traits of Black-and-White and Jersey cattle. Arch Tierz Dummerstorf, 48(2), 149-156.
  4. Goto A, Matsushita K, Gesellchen V, et al (2008). Akirins are highly conserved nuclear proteins required for NF-κB-dependent gene expression in drosophila and mice. Nat Immunol, 9, 97-104.
  5. Kabasakal A, Dündar E, Ün C, Seyrek K (2015). Analysis of kappa-casein (κ-casein) gene of associated with milk yield on Turkish Grey cattle breed. Van Vet J, 26 (2), 87-91.
  6. Kim H, Lee SK, Hong MW, et al (2013). Association of a single nucleotide polymorphism in the Akirin2 gene with economically important traits in Korean native cattle. Anim Genet, 44, 750-753.
  7. Ma J, Xu G, Wan L, Wang N (2015). Molecular cloning, sequence analysis and tissue-specific expression of Akirin2 gene in Tianfu goat. Gene, 554, 9-15.
  8. Macqueen DJ, Johnston IA (2009). Evolution of the multifaceted eukaryotic akirin gene family. BMC Evol Biol, 9, 34. Macqueen DJ, Kristjánsson BK, Johnston IA (2010). Salmonid genomes have a remarkably expanded akirin family, co-expressed with genes from conserved pathways governing skeletal muscle growth and catabolism. Physiol Genomics, 42, 134-148.
  9. Marshall A, Salerno MS, Thomas M (2008). Mighty is a novel promyogenic factor in skeletal myogenesis. Exp Cell Res, 314, 1013-1029.
  10. Ryu Y, Kim B (2005). The relationship between muscle fiber characteristics, postmortem metabolic rate, and meat quality of pig longissimus dorsi muscle. Meat Sci, 71, 351-357.
  11. Sambrook J, Frisch FF, Maniation T (1989). Spectrophotometric Determination of the Amount of DNA or RNA Appendix E: Commonly Used Techniques in Molecular Cloning. Molecular Cloning: 3A Laboratory Manual, Second Edition.
  12. Cold Spring Harbor Laboratory Press,
  13. New York. Sasaki S, Yamada T, Sukegawa S, et al (2009). Association of a single nucleotide polymorphism in akirin2 gene with marbling in Japanese Black beef cattle. BMC Res Notes, 2, 131-135.
  14. Sukegawa S, Miyake T,