Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar
AI InsightF.tularensis alt tür mediasiatica yalnızOrta Asya ülkelerinin birkaçında bildirilmiş olup virülansı F.tularensis alt tür holarctica’ya benzerlik göstermektedir.
📌 3 Maddede Bu Makale
Özet
Francisella tularensis, gram-negatif, kokobasil şeklinde olan fakültatif hücre içi bakteridir. İnsanlarda zoonotik bir hastalık olan tularemiye neden olur. F.tularensis alt tür tularensis, F.tularensis alt tür holarctica, F.tularensis alt tür mediasiatica ve F.tularensis alt tür novicida olmak üzere insanlarda virülansı farklı dörtalt tür içermektedir. F.tularensis alt tür tularensis virülansı en yüksek alt tür olup neden olduğu olgulardamortalite oranı yüksektir. Ülkemizde bugüne kadar bildirilmiş olan F.tularensis alt tür holarctica’nın virülansı, alt tür tularensis’e göre daha düşük olup tedavi edilmeyen hastalarda ölüm nadiren görülmektedir.Eritromisin direnci, glikoz-gliserol fermentasyon özelliklerine göre F.tularensis alt tür holarctica’nın biovarI, biovar II ve biovar japonica olmak üzere üç biovarı bulunmaktadır. F.tularensis alt tür mediasiatica yalnızOrta Asya ülkelerinin birkaçında bildirilmiş olup virülansı F.tularensis alt tür holarctica’ya benzerlik göstermektedir. F.tularensis alt tür novicida immün sistemi yeterli bireyler için avirülan olup bağışıklık sistemibaskılanmış bireylerde enfeksiyona neden olduğu gözlenmiştir. Bu çalışmada, 2009-2014 yılları arasındaklinik örneklerden, içme sularından ve bir kemiriciden elde edilen toplam 259 adet F.tularensis izolatının ve klinik örneklerde polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile F.tularensis DNA’sı pozitif bulunan 517 örneğinait olduğu alt türün belirlenmesi amaçlanmıştır. F.tularensis’in RD1 (Region Difference) bölgesine özgülprimerler kullanılarak konvansiyonel PCR uygulanmıştır. PCR amplifikasyon ürününün büyüklüğündeki farklılığa bağlı olarak alt türler arası ayrım yapılmıştır. Çalışmamızda 764 örneğin, 922 baz çift (bp) amplifikasyon ürünü veren F.tularensis alt tür holarctica olduğu gözlenmiştir. Örneklerimizden, bir su izolatı ve 11 lenf aspiratından elde edilen DNA örneğinin F.tularensis alt tür holarctica biovar japonica’ya ait olduğu belirlenmiştir. Su izolatının RD1 bölgesine ait amplifikasyon ürününe yönelik DNA dizi analizi yapılmıştır. DNA dizi analizinden elde edilen 1136 bp dizilimi Genbank verileri ile karşılaştırıldığında, F.tularensis alt tür holarctica biovar japonica (FCS075 strain-erişim numarası AF469618) ile %100 uyumlu bulunmuştur. Bu izolatın tüm genom sekansı da yapılarak GenBank’a kayıt edilmiş ve CP007148 erişim numarası alınmıştır. Çalışmamızda kullanılan örneklerin hiçbiri diğer alt türlere ait çıkmamıştır. F.tularensis alt tür holarctica biovar japonica pozitif belirlenen 11 lenf aspiratı örneği merkezimize Ankara (n= 1), Kayseri (n= 1) ve Afyon (n= 9) illerinden gönderilmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, ilk defa F.tularensis alt tür holarcticabiovar japonica’nın Afyon ilinde bir köyde tularemi salgınına neden olduğunu ve farklı iki ilde de sporadik olarak gözlendiğini ortaya koymuştur.
Abstract
Francisella tularensis is a gram-negative, coccobacillus, facultative intracellular bacteria and causes a zoonotic disease, tularemia in humans. F.tularensis has four subspecies, which have different virulences for humans as F.tularensis subsp. tularensis, F.tularensis subsp. holarctica, F.tularensis subsp. mediasiatica and F.tularensis subsp. novicida. F.tularensis subsp. tularensis is the most virulent subspecies and mortality rate is high in human cases. F.tularensis subsp. holarctica, which has been reported in our country to date, has lower virulence than that of subsp. tularensis, and causes rare lethality among untreated patients. According to the erythromycin resistance and the properties of glucose-glycerol fermentation, F.tularensis subsp. holarctica has three biovar as biovar I, biovar II and biovar japonica. F.tularensissubsp. mediasiatica has been reported only in a few central asian countries and its virulence is similar to the F.tularensis subsp. holarctica F.tularensis subsp. novicida is avirulent for immunocompetent individuals but has been observed to cause infection in immunocompromised individuals. The aim of this study was to determine the F.tularensis subspecies in 259 F.tularensis strains isolated from clinical specimens, drinking water and a rodent sample and 517 F.tularensis PCR-positive DNA isolated from clinical specimens between years 2009 and 2014. Conventional PCR was performed using primers specific for the RD1 (Region Difference) region of F.tularensis. Subspecies were differentiated depending on the difference in PCR amplification product size. In our study, F.tularensis subsp. holarctica was detected in 764 samples yielding 922 base pair (bp) amplification product. The DNA samples obtained from one water and 11 lymph aspirates were determined as F.tularensis subsp. holarctica biovar japonica. The DNA sequence analysis of the amplification product of the RD1 region of the isolate from water sample was determined. The 1136 bp nucleotide sequence obtained from the DNA sequence analysis was 100% similar to F.tularensis subsp. holarctica biovar japonica (FCS075 strain-accesion number AF469618) when compared with GenBank data. The whole genome sequence of this isolate was also determined and recorded to GenBank with accesion number CP007148. None of the samples used in our study belonged to other sub-species. F.tularensis subsp. holarctica biovar japonica positive 11 lymph aspirate samples were sent to our center from Ankara (n= 1), Kayseri (n= 1) and Afyon (n= 9) provinces. The results of the current study revealed that F.tularensis subsp. holarctica biovar japonica caused a tularemia outbreak in a village in Afyon province at first time and it was observed sporadically in two other different provinces.