KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2017 / Cilt: 23 - Sayı: 3

Sequencing and Phylogenetic Analysis Reveal the Prevalence of Duck Hepatitis A Virus Genotype-3 in Vietnam

Sekans ve Filogenetik Analiz Vietnamda Ördek Hepatitis A Virüs Genotip-3'ün Prevalansını Ortaya Koymaktadır

Huong Thi Thanh DOAN
Xuyen Thi Kim LE
Roan Thi DO
Khue Thi NGUYEN
Thanh Hoa LE
Sayfa
369–376
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Bu çalışma antijen uyumlu bir DHAV-3 aşısının Vietnam'da acilen kullanılması gerekliliğini göstermektedir

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Ördek Hepatitis A virüsü (DHAV) dünya çapında ördek palazlarında akut ve oldukça bulaşıcı bir hastalığa neden olmaktadır.
📊
Temel Bulgular & Veri:Bu çalışmada, 2009 ve 2013 yıllarında enfekte ördeklerden elde edilen iki adet DAHV izolatının (NC ve NT) tüm genom sekansı belirlenmiştir ve Vietnam'da mevcut kullanılan atenüe DHAV-1 aşı suşu (VXXT) ile karşılaştırılmıştır.
💡
Sonuç & Katkı:Bu çalışma antijen uyumlu bir DHAV-3 aşısının Vietnam'da acilen kullanılması gerekliliğini göstermektedir
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:2009 Verileri
⚙️Değişkenler:Alan Parametreleri

Özet

Ördek Hepatitis A virüsü (DHAV) dünya çapında ördek palazlarında akut ve oldukça bulaşıcı bir hastalığa neden olmaktadır. DHAV aşısının yaygın kullanımına rağmen Vietnam'da hala birçok salgınlar oluşmaktadır. Bu çalışmada, 2009 ve 2013 yıllarında enfekte ördeklerden elde edilen iki adet DAHV izolatının (NC ve NT) tüm genom sekansı belirlenmiştir ve Vietnam'da mevcut kullanılan atenüe DHAV-1 aşı suşu (VXXT) ile karşılaştırılmıştır. NC ve NT suşları virulent DHAV-3 genotipine ait olup genomları sırasıyla 7791 ve 7790 nükleotid (nt)'ten oluşmaktadır. Her iki genom 6756 nt boyutunda bir büyük açık okuma çerçevesine (open reading frame ORF), sahip olup 2251 amino asit uzunluğunda bir poliprotein kodlar ve a tipik olarak picornavirus genom organizasyona sahiptir. Poliproteinde tahmini C-terminal ayrılma bölgelerinin çoğunluğu Q/S veya Q/G olarak belirlendi. Bütün ORF'nin nükleotid sekansının filogenetik analazi tüm virülent Vietnam suşlarının Çin DHAV-3 suşu ile yakından akraba olduğunu gösterdi. Virülent Vietnam DHAV-3 suşları göreceli olarak DHAV-1 aşı suşu ile düşük nükleotid benzerliğine (%73.5) sahipti. Bu çalışma antijen uyumlu bir DHAV-3 aşısının Vietnam'da acilen kullanılması gerekliliğini göstermektedir

Abstract

Duck hepatitis A virus (DHAV) causes an acute and highly contagious disease in young ducklings worldwide. Despite the widespread use of the DHAV vaccine, many outbreaks still occur in Vietnam. In this study, we determined the full-length genome sequence of two DHAV isolates (NC and NT) obtained from infected ducks in 2009 and 2013, and compared them with the attenuated DHAV-1 vaccine strain (namely, VXXT) currently used in Vietnam. The NC and NT strains belong to the virulent DHAV-3 genotype, and their genomes consist of 7791 and 7790 nucleotides (nt), respectively. Both genomes contain one large open reading frame (ORF) of 6756 nt, encoding a polyprotein of 2251 amino acids and possess a typical picornavirus genome organization. The majority of predicted C-terminal cleavage sites in the polyprotein were Q/S or Q/G. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequence of the full ORF revealed that all virulent Vietnamese strains are closely related to Chinese DHAV-3 strains. Noticeably, the virulent Vietnamese DHAV-3 strains had relatively low nucleotide identity with the DHAV-1 vaccine strain (73.5%). The study showed that an antigenicity-matched DHAV-3 vaccine is urgently required for use in Vietnam

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

DOAN, H. T. T., LE, X. T. K., DO, R. T., NGUYEN, K. T., LE, T. H. (2017). Sequencing and Phylogenetic Analysis Reveal the Prevalence of Duck Hepatitis A Virus Genotype-3 in Vietnam. Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Cilt: 23 - Sayı: 3, 369–376. https://ajindex.com/articles/272251

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (7)

  1. Levine P, Fabricant J: A hitherto-undescribed virus disease of ducks in North America. Cornell Vet, 40, 71-86, 1950. Woolcock PR: Duck hepatitis. In, Saif YM, Barnes HJ, Glisson JR, Fadly AM, McDougald LR, Swayne DE (Eds): Diseases of Poultry. 11th edn., 343-, Iowa State University Press, Ames, 2003.
  2. Haider SA, Calnek BW: In vitro isolation, propagation, and characterization of duck hepatitis virus typee III. Avian Dis, 23, 715-729, DOI: 10.2307/1589748 Toth TE: Studies of an agent causing mortality among ducklings immune to duck virus hepatitis. Avian Dis, 13, 834-846, 1969. DOI: 2307/1588590 Knowles NJ, Hovi T, Hyypia T, King AMQ, Lindberg AM, Pallansch MA, Palmenberg AC, Simmonds P, Skern T, Stanway G, Yamashita T, Zell R: Picornaviridae. In, King AMQ, Adams MJ, Carstens EB, Lefkowitz EJ (Eds): Virus taxonomy: Classification and nomenclature of viruses: ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. 855-880,
  3. Elsevier, San Diego, California, 2012.
  4. Kim MC, Kwon YK, Joh SJ, Lindberg AM, Kwon JH, Kim JH: Molecular analysis of duck hepatitis virus type 1 reveals a novel lineage close to the genus Parechovirus in the family Picornaviridae. J Gen Virol, 87, 3307-, 2006. DOI: 10.1099/vir.0.81804-0
  5. Ding C, Zhang D: Molecular analysis of duck hepatitis virus type 1. Virology, 361, 9-17, 2007. DOI: 10.1016/j.virol.2007.01.007 Tseng CH, Tsai HJ: Molecular characterization of a new serotype of duck hepatitis virus. Virus Res, 126, 19-31, 2007. DOI: 10.1016/j.virusres. 01.012 Fu Y, Pan M, Wang X, Xu Y, Yang H, Zhang D: Molecular detection and typing of duck hepatitis A virus directly from clinical specimens. Vet Microbiol, 131, 247-257, 2008. DOI: 10.1016/j.vetmic.2008.03.011 Jin X, Zhang W, Zhang W, Gu C, Cheng G, Hu X: Identification and molecular analysis of the highly pathogenic duck hepatitis virus type 1 in Hubei province of China. Res Vet Sci, 85, 595-598, 2008. DOI: 10.1016/j. rvsc.2008.01.001 Gao J, Chen J, Si X, Xie Z, Zhu Y, Zhang X, Wang SJ, Jiang S: Genetic variation of the VP1 gene of the virulent duck hepatitis A virus type 1 (DHAV-1) isolates in Shandong province of China. Virol Sin, 27, 248-253, DOI: 10.1007/s12250-012-3255-8
  6. Xu Q, Zhang RH, Chen LL, Yang L, Li JX, Dou PF, Wang H, Xie ZH, Wang Y, Jiang SJ: Complete genome sequence of a duck hepatitis A virus type 3 identified in Eastern China. J Virol, 86, 13848, 2012. DOI: 10.1128/ JVI.02651-12
  7. Chen LL, Xu Q, Zhang RH, Yang L, Li JX, Xie ZJ, Zhu YL, Jiang SJ, Si XK: Improved d