KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Türkiye Tarımsal Araştırmalar Dergisi / 2018 / Cilt: 5 Sayı: 2

Eucalyptus grandis YABBY Transkripsiyon Faktörlerinin Genom Bazında Analizi

Genome-Wide Analysis of Eucalyptus grandis YABBY Transcription Factors

Emre İlhan(ERZURUM TEKNİK ÜNİVERSİTESİ, FEN FAKÜLTESİ)0000-0002-8404-7900
Sayfa
158–166
Yayın Tarihi
2018-06-30
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Ökaliptus genomunda 6 Egra- YABBY proteini tespit edilmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:YABBY gen ailesi bitki transkripsiyon faktörlerinden biridir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Ökaliptus genomunda 6 Egra- YABBY proteini tespit edilmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Bu çalışmanın sonuçları, ökaliptus bitkisinde YABBY gen ailesinin moleküler temellerinin daha fazla anlaşılması için potansiyel biyoteknolojik kaynak ve ilave bilgiler sağlayacaktır.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:in siliko analiz · YABBY · Domain

Özet

YABBY gen ailesi bitki transkripsiyon faktörlerinden biridir. Bu çalışmanın amacı Eucalyptus grandis bitkisinde in siliko olarak YABBY gen ailesinin üyelerini genom çapında belirlemek ve karakterize etmektir. Bu çalışmada çeşitli in siliko yöntemler kullanılmıştır. Ökaliptus genomunda 6 Egra- YABBY proteini tespit edilmiştir. Bu proteinler 18.39 ile 32.38 kDa ağırlığına sahip olup, 168-290 arasında değişen amino asitten oluşmuştur. İzoelektrik noktaları 5.54 (Egra- YABBY - 2) ile 9.92 (Egra- YABBY - 6) arasındadır. Egra-YABBY genleri arasında tahmini belirlenen ekzonların sayısı en düşük 6, en yüksek 7 olarak elde edilmiştir. Filogenetik analizler sonucunda Egra- YABBY proteinleri ile Arabidopsis thaliana ve Vitis vinifera türlerinin proteinleri 5 ana grupta (FIL, INO, CRC, YAB2 ve YAB5) kümelenmiştir. Egra-YABBY-4 / Egra-YABBY-5 genleri arasında segmental duplikasyon tespit edilmiştir. Egra-YABBY genlerinin ifade profilleri bu genlerin farklı dokularda ifade olduğunu ortaya çıkarmış ve bitkinin gelişim süresince çeşitli fizyolojik işlevlerde görev alabildiklerini de göstermiştir. Bu çalışmanın sonuçları, ökaliptus bitkisinde YABBY gen ailesinin moleküler temellerinin daha fazla anlaşılması için potansiyel biyoteknolojik kaynak ve ilave bilgiler sağlayacaktır.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

İlhan, E., *, E. İ. (2018). Eucalyptus grandis YABBY Transkripsiyon Faktörlerinin Genom Bazında Analizi. Türkiye Tarımsal Araştırmalar Dergisi, Cilt: 5 Sayı: 2, 158–166. https://doi.org/10.19159/tutad.408654

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (37)

  1. Alvarez, J., Smyth, D.R., 2002. Crabs claw and spatula genes regulate growth and pattern formation during gynoecium development in Arabidopsis thaliana. International Journal of Plant Sciences, 163(1): 17- 41.
  2. Andrade, M.C., Perek, M., Pereira, F.B., Moro, M., Tambarussi, E.V., 2018. Quantity, organization, and distribution of chloroplast microsatellites in all species of Eucalyptus with available plastome sequence. Crop Breeding and Applied Biotechnology, 18(1): 97-102.
  3. Anonymous, 2018a. Phytozome Database. https:// phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html (Erişim tarihi: 20.02.2018).
  4. Anonymous, 2018b. Hidden Markov Model (HMM). http://www.ebi.ac.uk (Erişim tarihi: 20.02.2018).
  5. Anonymous, 2018c. Decrease Redundancy Tool. http:// web.expasy.org/decrease_redundancy/ (Erişim tarihi: 20.02.2018).
  6. Anonymous, 2018d. HMMER. http://www.ebi.ac.uk (Erişim tarihi: 20.02.2018).
  7. Anonymous, 2018e. ProtParam. http://web. expasy.org/protparam (Erişim tarihi: 20.02.2018).
  8. Anonymous, 2018f. Plant Genome Duplication Database. http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/index/locus (Erişim Tarihi: 26.02.2018).
  9. Anonymous, 2018g. CIMMiner http://discover.nci.nih.gov/cimminer (Erişim tarihi: 01.03.2018).
  10. Bailey, T.L., Williams, N., Misleh, C., Li, W.W., 2006. MEME: Discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs. Nucleic Acids Research, 34: W369-W373.
  11. Bartholmes, C., Hidalgo, O., Gleissberg, S., 2012. Evolution of the YABBY gene family with emphasis on the basal eudicot Eschscholzia californica (Papaveraceae). Plant Biology, 14(1): 11-23.
  12. Bowman, J.L., Smyth, D.R., 1999. CRABS CLAW, a gene that regulates carpel and nectary development in Arabidopsis, encodes a novel protein with zinc finger and helix-loop-helix domains. Development, 126(11): 2387-2396.
  13. Chen, Q.Y., Atkinson, A., Otsuga, D., Christensen, T., Reynolds, L., Drews, G.N., 1999. The Arabidopsis filamentous flower gene is required for flower formation. Development, 126(12): 2715-2726.
  14. Crooks, G.E., Hon, G., Chandonia, J.M., Brenner, S.E., 2004. WebLogo: A sequence logo generator. Genome Research, 14(6): 1188-1190. Eckardt, N.A., 2010. YABBY genes and the development and origin of seed plant leaves. Plant Cell, 22(7): 2103-2103.
  15. Guo, A., Zhu, Q., Chen, X., Luo, J., 2007. GSDS: a gene structure display server. Yi Chuan= Hereditas, 29(8): 1023-1026.
  16. Han, H.Q., Liu, Y., Jiang, M.M., Ge, H.Y., Chen, H.Y., 2015. Identification and expression analysis of YABBY family genes associated with fruit shape in tomato (Solanum lycopersicum L.). Genetics and Molecular Research, 14(2): 7079-7091.
  17. Huang, Z.J., Van Houten, J., Gonzalez, G., Xiao, H., Van der Knaap, E., 2013. Genome-wide identification, phylogeny and expression analysis of SUN, OFP and YABBY gene family in tomato. Molecular Genetics and Genomics, 288(3-4): 111-129.
  18. İnal, B., Büyük, I., İlhan, E., Aras, S., 2017. Genome- wide analysis of Phaseolus vulgaris C2C2-YABBY transcription factors under salt stress conditions. 3 Biotech, 7(5): 302.
  19. Juretic, N., Hoen, D.R., Huynh, M.L., Harrison, P.M., Bureau, T.E., 2005. The evolutionary fate of MULE-mediated duplications of host gene fragments in rice. Genome Research, 15(9): 1292- 1297.
  20. Lee, T.H., Tang, H.B., Wang, X.Y., Paterson, A.H., 2013. PGDD: A database of gene and genome duplication in plants. Nucleic Acids Research, 41(D1): 1152-1158.
  21. Leister, D., 2004. Tandem and segmental gene duplication and recombination in the evolution of plant disease resistance genes. Trends in Genetics, 20(3): 116-122.
  22. Letunic, I., Bork, P., 2011. Interactive tree of life v2: Online annotation and display of phylogenetic trees made easy. Nucleic Acids Research, 39: W475- W478.
  23. Liu, H.L., Xu, Y.Y., Xu, Z.H., Chong, K., 2007. A rice YABBY gene, OsYABBY4, preferentially expresses in developing vascular tissue. Development Genes and Evolution, 217(9): 629-637.
  24. Myburg, A.A., Grattapaglia, D., Tuskan, G.A., Hellsten, U., Hayes, R.D., Grimwood, J., Jenkins, J., Lindquist, E., Tice, H., Bauer, D., Goodstein, D.M., Dubchak, I., Poliakov, A., Mizrachi, E., Kullan, A.R.K., Hussey, S.G., Pinard, D., Van der Merwe, K., Singh, P., Van Jaarsveld, I., Silva, O.B., Togawa, R.C., Pappas, M.R., Faria, D.A., Sansaloni, C.P., Petroli, C.D., Yang, X.H., Ranjan, P., Tschaplinski, T.J., Ye, C.Y., Li, T., Sterck, L., Vanneste, K., Murat, F., Soler, M., Clemente, H.S., Saidi, N., Cassan-Wang, H., Dunand, C., Hefer, C.A., Bornberg-Bauer, E., Kersting, A.R., Vining, K., Amarasinghe, V., Ranik, M., Naithani, S., Elser, J., Boyd, A.E., Liston, A., Spatafora, J.W., Dharmwardhana, P., Raja, R., Sullivan, C., Romanel, E., Alves-Ferreira, M., Lheim, C.K., Foley, W., Carocha, V., Paiva, J., Kudrna, D., Brommonschenkel, S.H., Pasquali, G., Byrne, M., Rigault, P., Tibbits, J., Spokevicius, A., Jones, R.C., Steane, D.A., Vaillancourt, R.E., Potts, B.M., Joubert, F., Barry, K., Pappas, G.J., Strauss, S.H., Jaiswal, P., Grima-Pettenati, J., Salse, J., Van de Peer, Y., Rokhsar, D.S., Schmutz, J., 2014. The genome of Eucalyptus grandis. Nature, 510(7505): 356-362.
  25. Orashakova, S., Lange, M., Lange, S., Wege, S., Becker, A., 2009. The CRABS CLAW ortholog from California poppy (Eschscholzia californica, Papaveraceae), EcCRC, is involved in floral meristem termination, gynoecium differentiation and ovule initiation. Plant Journal, 58(4): 682-693.
  26. Quevillon, E., Silventoinen, V., Pillai, S., Harte, N., Mulder, N., Apweiler, R., Lopez, R., 2005. InterProScan: Protein domains identifier. Nucleic Acids Research, 33(suppl_2): W116-W120.
  27. Sawa, S., Watanabe, K., Goto, K., Kanaya, E., Morita, E.H., Okada, K., 1999. Filamentous flower, a meristem and organ identity gene of Arabidopsis, encodes a protein with a zinc finger and HMG- related domains. Genes and Development, 13(9): 1079-1088.
  28. Siegfried, K.R., Eshed, Y., Baum, S.F., Otsuga, D., Drews, G.N., Bowman, J.L., 1999. Members of the YABBY gene family specify abaxial cell fate in Arabidopsis. Development, 126(18): 4117-4128.
  29. Suyama, M., Torrents, D., Bork, P., 2006. PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments. Nucleic Acids Research, 34: W609-W612.
  30. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S., 2011. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony methods. Molecular Biology and Evolution, 28(10): 2731-2739.
  31. Thompson, J.D., Gibson, T.J., Plewniak, F., Jeanmougin, F., Higgins, D.G., 1997. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research, 25(24): 4876-4882.
  32. Toriba, T., Harada, K., Takamura, A., Nakamura, H., Ichikawa, H., Suzaki, T., Hirano, H.Y., 2007. Molecular characterization the YABBY gene family in Oryza sativa and expression analysis of OsYABBY1. Molecular Genetics and Genomics, 277(5): 457-468.
  33. Trapnell, C., Roberts, A., Goffl, O., Pertea, G., Kim, D., Kelley, D.R., Pimentel, H., Salzberg, S.L., Rinn, J.L., Pachter, L., 2013. Differential gene and transcript expression analysis of RNAseq experiments with TopHat and Cufflinks. Nature Protocols, 7(3): 562-578.
  34. Villanueva, J.M., Broadhvest, J., Hauser, B.A., Meister, R.J., Schneitz, K., Gasser, C.S., 1999. Inner no outer regulates abaxial–adaxial patterning in Arabidopsis ovules. Genes and Development, 13(23): 3160-3169.
  35. Voorrips, R.E., 2002. MapChart: Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. Journal of Heredity, 93(1): 77-78.
  36. Yang, Z.H., 2007. PAML 4: Phylogenetic analysis by maximum likelihood. Molecular Biology and Evolution, 24(8): 1586-1591. Yang, Z.E., Gong, Q., Wang, L.L., Jin, Y.Y., Xi, J.P., Li, Z., Qin, W.Q., Yang, Z.R., Lu, L.L., Chen, Q.J., Li, F.G., 2018. Genome-wide study of YABBY genes in upland Cotton and their expression patterns under different stresses. Frontiers in Genetics, 9: 33.
  37. Zheng, Y., Jiao, C., Sun, H.H., Rosli, H.G., Pombo, M.A., Zhang, P.F., Banf, M., Dai, X.B., Martin, G.B., Giovannoni, J.J., Zhao, P.X., Rhee, S.Y., Fei, Z.J., 2016. iTAK: A program for genome-wide prediction and classification of plant transcription factors, transcriptional regulators, and protein kinases. Molecular Plant, 9(12): 1667-1670.