KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Mediterranean Agricultural Sciences / 2014 / Cilt: 27 - Sayı: 2

Bazı Citrus ve akrabalarının genetik farklılık ve yakınlıklarının SSR moleküler belirteçlerle belirlenmesi

Determination of genetic diversity and relationships within some Citrus and related genera by using SSR molecular markers

İlknur POLAT
Sayfa
0–0
Yayın Tarihi
2016-03-21
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Çalışmamızda, SSR markırlar birçok Citrus ve akrabalarının ayırt edilmesinde uygun moleküler belirteç olarak bulunmuştur.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Çalışmada Aurantioideae alt familyasına ait 80 adet, Toddalioideae alt familyasına ait 1 adet Citrus ve akrabalarının genetik farklılığı ve birbiriyle olan genetik yakınlığı SSR (simple sequence repeat) moleküler belirteç tekniği kullanılarak incelenmiştir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Kullanmış olduğumuz 26 SSR primerinin 18’i polimorfizm sağlamıştır.
💡
Sonuç & Katkı:Çalışmamızda, SSR markırlar birçok Citrus ve akrabalarının ayırt edilmesinde uygun moleküler belirteç olarak bulunmuştur.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:80 adet
⚙️Değişkenler:Citrus spp. · Simple sequence repeat · Akrabalar

Özet

Çalışmada Aurantioideae alt familyasına ait 80 adet, Toddalioideae alt familyasına ait 1 adet Citrus ve akrabalarının genetik farklılığı ve birbiriyle olan genetik yakınlığı SSR (simple sequence repeat) moleküler belirteç tekniği kullanılarak incelenmiştir. Kullanmış olduğumuz 26 SSR primerinin 18’i polimorfizm sağlamıştır. UPGMA (unweighted-pair group method aritmetic average) dendrogram ve temel koordinat analizi (principal coordinate analysis, PCO) sonucu bireylerin birbirleriyle olan genotipik farklılıkları belirlenmiştir. Dice’ın benzerlik katsayısına göre genetik benzerlik 0.33-0.90 arasında değişim göstermiştir. En yüksek genetik benzerlik 0.90 ile Citrus montana (Wester) ve Citrus wintersii Mabb. arasında bulunmuştur. Toddalioideae alt familyasında yer alan Casimiroa tetrameria (Florida) ise 81 adet Citrus ve akrabaları içerisinde en uzak bireyi oluşturmuştur. Çalışmamızda, SSR markırlar birçok Citrus ve akrabalarının ayırt edilmesinde uygun moleküler belirteç olarak bulunmuştur.

Abstract

In the present study, genetic relationship and diversity of 80 Citrus and their relatives in Aurantioideae subfamily and 1 accessions in Toddalioideae subfamily were determined by simple sequence repeat (SSR) markers. From the 26 primer pairs used, 18 SSR primers generated polymorphic fragments. Genetic relationships and distance were determined by using UPGMA (unweighted-pair group method arithmetic average) dendrogram and PCO (principal coordinate analysis) analysis. The Dice similarity coefficient among the accessions ranged from 0.33 to 0.90. Citrus montana (Wester) and Citrus wintersii Mabb.in a group with 0.90 genetic similarity were determined. In contrary, Casimiroa tetrameria (Florida), in Toddalioideae subfamily, was found to be the least related sample to the remaining 81 citrus and their relatives. In our study, SSRs molecular markers were found to be suitable to distinguish many Citrus and their relatives.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

POLAT, İ. (2016). Bazı Citrus ve akrabalarının genetik farklılık ve yakınlıklarının SSR moleküler belirteçlerle belirlenmesi. Mediterranean Agricultural Sciences, Cilt: 27 - Sayı: 2, 0–0. https://ajindex.com/articles/123155

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (14)

  1. Ağar A (2007) Aurantioideae Alt Familyasındaki Cinslerde Yer Alan Bazı Türlerin SSR Markırlarıyla Moleküler Karakterizasyonu. Yüksek Lisans Tezi. Çukurova Üniversitesi,
  2. Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Anabilim Dalı. Adana. Amar MH, Biswas MK, Zhang Z, Guo WW (2011)
  3. Exploitation of SSR, SRAP and CAPS-SNP markers for genetic diversity of Citrus germplasm collection. Scientia Horticulturae 128:220–227.
  4. Barkley NA, Roose ML, Krueger RR, Federici CT (2006) Assessing genetic diversity and population structure in a citrus germplasm collection utilizing simple sequence repeat markers (SSRs). Theor Appl Genet 112: 1519–1531. Bretó MP, Ruiz C, Pina JA, Asíns MJ (2001) The diversification of Citrus clementina Hort. ex Tan., a vegetatively propagated crop species. Molecular Phylogenetics and Evolution 21:285-93.
  5. Campos ET, Espinosa MAG, Warburton ML, Varela AS, Monter AV (2005) Characterization of mandarin (Citrus ssp) using morphological and AFLP markers. Interciencia 30:687-693.
  6. Chen C, Bowman KD, Choi YA, Dang PM, Rao MN, Huang S, Soneji JR, McCollum TG, Gmitter FG (2008) EST-SSR genetic maps for Citrus sinensis and Poncirus trifoliata. Tree Genetics & Genomes 4:1–10.
  7. Corazza-Nunes MJ, Machado MA, Nunes WMC, Cristofani M, Targon MLPN (2002) Assessment of genetic variability in grapefruits (C. paradisi Macf.) and pummelos (C. maxima(Burm.) Merr.) using RAPD and SSRs markers. Euphytica 126:169-76.
  8. Dice LR (1945) Measures of the amount of ecologic association between species. Ecology 26:297-302.
  9. Fang DQ, Roose ML, Krueger RR, Federici CT (1997) Fingerprinting trifoliate orange germplasm accessions with isozymes, RFLPs, and inter-simple sequence repeat markers. Theor. Appl. Genetic 95:211–219.
  10. Federici CT, Fang DQ, Scora RW, Roose ML (1998) Phylogenetic relationships within the genus Citrus (Rutaceae) and related genera as revealed by RFLP and RAPD analysis. Theor. Appl. Genetic 94:812–822.
  11. Ferrante SP, Lucretti S, Reale S, De Patrizio A, Abbate L, Tusa N, Scarano MT (2010) Assessment of the origin of new citrus tetraploid hybrids (2n 5 4x) by means of SSR markers and PCR based dosage effects. Euphytica 173:223–233.
  12. Gmitter FG, Grosser JW, Moore AG (1992) Citrus. In: Hammerschlag, F. and R. Litz (eds.), Biotechnology of perennial fruit crops. Pp: 335–69.
  13. CAB Int. Wallingford, UK. Gulsen O, Uzun A, Canan I, Seday U, Canihos E (2010) A new citrus linkage map based on SRAP, SSR, ISSR,POGP, RGA and RAPD markers. Euphytica 173:265–277.
  14. Gülşen O, Roose ML (2001) Limon