KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi / 2024 / Cilt: 41 Sayı: 3

Üç Anadolu Keçisi Populasyonunda CPT1A ve PRDM6 Genlerindeki InDel Varyasyonlarının Değerlendirilmesi

Assessment of InDel Variations in CPT1A and PRDM6 Genes Across Three Anatolian Goat Populations

Yusuf Aktaş(ESKİŞEHİR OSMANGAZİ ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ)0009-0006-3552-2273
Veli Atmaca(ESKISEHIR OSMANGAZI UNIVERSITY, FACULTY OF AGRICULTURE)0009-0001-9026-0206
Eymen Demir(AKDENİZ ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ)0000-0003-4507-7426
Taki Karslı(ESKİŞEHİR OSMANGAZİ ÜNİVERSİTESİ, ZİRAAT FAKÜLTESİ)0000-0002-2413-1713
Sayfa
265–270
Yayın Tarihi
2024-12-31
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

CPT1a geni için HNM ve KIL keçilerinde II genotipi tespit edilemezken, KBK populasyonunda her üç genotip de (II, ID ve DD) tespit edilmiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Çiftlik hayvanlarında büyüme özellikleri ilişkili aday gen bölgelerinin belirlenerek klasik seleksiyon çalışmalarına ek olarak yapılacak Marker Destekli Seleksiyon (MAS) çalışmalarında kullanımı genetik ilerleme hızını ve karlılığı artırılabilir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Keçilerde büyüme özellikleri ile ilişkili olduğu bildirilen aday genler arasında Karnitin Palmitoil Transferaz 1a (CPT1a) ve PR domain family 6 (PRDM6) genleri de vardır.
💡
Sonuç & Katkı:CPT1a geni için HNM ve KIL keçilerinde II genotipi tespit edilemezken, KBK populasyonunda her üç genotip de (II, ID ve DD) tespit edilmiştir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:Genişletilmiş Akademik Örneklem
⚙️Değişkenler:CPT1a · PRDM6 · keçi

Özet

Çiftlik hayvanlarında büyüme özellikleri ilişkili aday gen bölgelerinin belirlenerek klasik seleksiyon çalışmalarına ek olarak yapılacak Marker Destekli Seleksiyon (MAS) çalışmalarında kullanımı genetik ilerleme hızını ve karlılığı artırılabilir. Keçilerde büyüme özellikleri ile ilişkili olduğu bildirilen aday genler arasında Karnitin Palmitoil Transferaz 1a (CPT1a) ve PR domain family 6 (PRDM6) genleri de vardır. Gerçekleştirilen çalışmada Kıl (HAI), Honamlı (HNM) ve Kabakulak (KBK) keçilerinde büyüme özellikleri ile ilişkili CPT1a ve PRDM6 genleri üzerindeki indel varyantların neden olduğu polimorfizmlerin araştırılması ve MAS çalışmalarında kullanım olanaklarının tartışılması amaçlanmıştır. CPT1a geni için HNM ve KIL keçilerinde II genotipi tespit edilemezken, KBK populasyonunda her üç genotip de (II, ID ve DD) tespit edilmiştir. ID genotip frekansının 0.25 (HAI) ile 0.40 (KBK) aralığında, DD genotip frekansının ise 0.37 (KBK) ile 0.75 (HAI) aralığında değiştiği tespit edilmiştir. PRMD6 geni için KBK populasyonu monomorf (yalnızca genotip DD) bulunmuştur. HNM ve HAI ırklarında II genotipi tespit edilemezken, ID genotip frekansları sırasıyla 0.05 ve 0.07 olarak hesaplanmıştır. Çalışmadan elde edilen sonuçlar HNM, KBK ve HAI keçilerinde CPT1a geninin MAS çalışmalarında kullanılabileceğine ancak PRDM6 geninin kullanılamayacağına işaret etmektedir.

Abstract

IIdentifying candidate genes associated with growth traits in livestock and incorporating them into Marker Assisted Selection (MAS) studies, in addition to classical selection methods, can increase genetic progress and thus profitability. Carnitine Palmitoyl Transferase 1a (CPT1a) and PR domain family 6 (PRDM6) are among the candidate genes reported to be associated with growth traits in goats. This study aimed to identify polymorphisms in the CPT1a and PRDM6 genes related to growth traits in Kıl (HAI), Honamlı (HNM), and Kabakulak (KBK) goats, and to discuss their potential use in MAS studies. The II genotype of the CPT1a gene was not found in the HNM or KIL goats, whereas the KBK population included all three genotypes (II, ID, and DD). The frequency of the ID genotype ranged from 0.25 (HAI) to 0.40 (KBK), while the DD genotype frequency ranged from 0.37 (KBK) to 0.75 (HAI). For the PRDM6 gene, the KBK population was found to be monomorphic, containing only the DD genotype. Although the II genotype was not detected in the HNM and HAI breeds, the ID genotype frequencies were calculated as 0.05 and 0.07, respectively. The study's findings point out that the CPT1a gene can be used in MAS studies for HNM, KBK, and HAI goats, whereas the PRDM6 gene cannot be utilized.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

Aktaş, Y., Atmaca, V., Demir, E., Karslı, T., *, Y. A. (2024). Üç Anadolu Keçisi Populasyonunda CPT1A ve PRDM6 Genlerindeki InDel Varyasyonlarının Değerlendirilmesi. Gaziosmanpaşa Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, Cilt: 41 Sayı: 3, 265–270. https://doi.org/10.55507/gopzfd.1568134

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (25)

  1. Alex, P., Kanakkaparambil, R., Gopalakrishnan, R., Ramasamy, C., & Thazhathuveettil, A. (2023). The effect of insulin-like growth factor 1 receptor gene single nucleotide polymorphism on growth and milk production traits in two native Indian tropical goat breeds. Animal Biotechnology, 34(9), 4828-4836. https://doi.org/10.1080/10495398.2023.2197468
  2. Aslan, M., Demir, E., & Karslı, T. (2022). Microsatellite diversity and restriction enzyme-based polymorphisms of MHC loci in some native Turkish goats. Journal of Agricultural Sciences, 28(4), 626-634. https://doi.org/10.15832/ankutbd.924222
  3. Atay, S., Yurdagül, K. G., Bilginer, Ü., Karslı, T., & Demir, E. (2023). InDel Variations of PRL and GHR Genes Associated with Litter Size in Pirlak sheep breed. Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi, 20(4), 890-897. https://doi.org/10.33462/jotaf.1226643
  4. Daskiran, I., Savas, T., Koyuncu, M., Koluman, N., Keskin, M., Esenbuga, N., & Bingöl, M. (2018). Goat production systems of Turkey: Nomadic to industrial. Small Ruminant Research, 163, 15-20. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2017.10.001
  5. Demir, E. (2024). Microsatellite-based bottleneck analysis and migration events among four native Turkish goat breeds. Archives Animal Breeding, 67(3), 353-360. https://doi.org/10.5194/aab-67-353-2024
  6. Demir, E., Bilginer, U., Balcioglu, M. S., & Karsli, T. (2021). Direct and indirect contributions of molecular genetics to farm animal welfare: a review. Animal Health Research Reviews, 22(2), 177-186. https://doi.org/10.1017/S1466252321000104
  7. Günlü, A., & Alaşahan, S. (2010). Türkiye’de keçi yetiştiriciliği ve geleceği üzerine bazı değerlendirmeler. Veteriner Hekimler Derneği Dergisi, 81(2), 15-20.
  8. Karslı, B. A., & Demir, E. (2024). Kıl, Honamlı ve Kabakulak Keçilerinde CMTM2 ve CSN1S1 Genlerinde Çoklu Doğumla İlişkili InDel Varyantların Belirlenmesi. Turkish Journal of Agriculture-Food Science and Technology, 12(9), 1577-1582.
  9. https://doi.org/10.24925/turjaf.v12i9.1577-1582.7087
  10. Karsli, T., Demir, E., Fidan, H. G., Aslan, M., Karsli, B. A., Arik, I. Z., & Balcioglu, M. S. (2020). Determination of genetic variability, population structure and genetic differentiation of indigenous Turkish goat breeds based on SSR loci. Small Ruminant Research, 190, 106147. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2020.106147
  11. Lazar, C., Pelmus, R. S., Gras, A. M., Rotar, M. C., & Ghiţă, E. (2018). Identification of IGF-1 gene polymorphism using PCR-RFLP for improving goat meat evaluation in Carpatina breed. Scientific Papers Animal Science and Biotechnologies, 51(1), 97-97.
  12. Li, W. Y., Liu, Y., Gao, C. F., Lan, X. Y., & Wu, X. F. (2021). A novel duplicated insertion/deletion (InDel) of the CPT1a gene and its effects on growth traits in goat. Animal Biotechnology, 32(3), 343-351. https://doi.org/10.1080/10495398.2019.1698433
  13. Manjutha, S., Elayadeth-Meethal, M., Liz Abraham, B., Asaf, M., Senthil Murugan, S., & Radhika, G. (2023). Screening of InDel variants in PRDM6, myostatin and IGF2BP1 genes and association analysis with body measurement traits in Malabari and Attappadi black goats. Animal “Biotechnology, 34(9), 4760-4774. https://doi.org/10.1080/10495398.2023.2189916
  14. MWer, S., Dykes, D., & Polesky, H. (1988). A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic acids res, 16(3), 1215.
  15. Naicy, T., Venkatachalapathy, R. T., Aravindakshan, T. V., & Kurian, E. (2017). Association of a Cac8I polymorphism in the IGF1 gene with growth traits in Indian goats. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology, 15(1), 7-11. https://doi.org/10.1016/j.jgeb.2017.04.002
  16. Núñez-Torres, O. P., & Almeida-Secaira, R. I. (2022). Quantitative genetics: principles of farming in livestock production. Journal of the Selva Andina animal science, 9(1), 23-36. https://doi.org/10.36610/j.jsaas.2022.090100023x
  17. Rashijane, L. T., Mbazima, V. G., & Tyasi, T. L. (2022). Polymorphism of growth hormone gene and its association with body measurement traits in Boer goat does. South African Journal of Animal Science, 52(1), 44-49. http://dx.doi.org/10.4314/sajas.v52i1.6
  18. Sarmah, R. G., Laskar, S., Nahardeka, N., Borah, P., & Das, B. (2020). Analysis of Leptin Gene Polymorphism in Assam Hill Goat and their Association with Growth. Int. J. Curr. Microbiol. App. Sci, 9(7), 639-644. https://doi.org/10.20546/ijcmas.2020.907.073
  19. Sharma, A., Dutt, G., Sivalingam, J., Singh, M. K., Pathodiya, O. P., Khadda, B. S., & Dixit, S. P. (2013). Novel SNPs in IGF1, GHR and IGFBP-3 genes reveal significant association with growth traits in Indian goat breeds. Small ruminant research, 115(1-3), 7-14. https://doi.org/10.1016/j.smallrumres.2013.08.001
  20. Tamura, K., Stecher, G., & Kumar, S. (2021). MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Molecular biology and evolution, 38(7), 3022-3027. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
  21. Wang, K., Cui, Y., Wang, Z., Yan, H., Meng, Z., Zhu, H., & Pan, C. (2019). One 16 bp insertion/deletion (indel) within the KDM6A gene revealing strong associations with growth traits in goat. Gene, 686, 16-20. https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.11.010
  22. Wang, Z., Wang, C., Guo, Y., She, S., Wang, B., Jiang, Y., & Zhu, H. (2020). Screening of deletion variants within the goat PRDM6 gene and its effects on growth traits. Animals, 10(2), 208. https://doi.org/10.3390/ani10020208
  23. Yan, H., Yang, W., Yan, Y., Liu, J., Zhu, H., Qu, L., & Gao, Y. (2023). Detection of small sequence variations within the goat GHR gene and its effects on growth traits. Animal Biotechnology, 34(9), 4256-4261. https://doi.org/10.1080/10495398.2022.2143791
  24. Yeh, F. C., Yang, R. C., Boyle, T. B. J., Ye, Z. H., & Mao, J. X. (1997). POPGENE, the user-friendly shareware for population genetic analysis, version 1.32. Molecular Biology and Biotechnology Centre, University of Albe[1]rta, Alberta.
  25. This study is reviewed and approved by the Eskişehir Osmangazi University Animal Experiments Local Ethic Committee (Protocol No: HAYDEK-968/2023).