KaydedilenlerDerginizi ekleyin

Dergiler / Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi / 2016 / Cilt: 31 - Sayı: 2

Domates Bitkisinde Pospiviroid Cinsi Viroid Etmenlerinin Varlığının Araştırılması ve Moleküler Karakterizasyonu*

Investigation and Molecular Characterization of Viroid Agents Existance at Pospiviroid Genus on Tomato Plant

Ruşen KIŞLAK
Nüket ÖNELGE
Sayfa
27–34
Yayın Tarihi
2016-07-29
DOI
—
🏛️Bu makalenin bibliyografik verileri ve tam metin bağlantısı DergiPark üzerinden sağlanmıştır.
DergiPark Kaydı ↗
✨

Yapay Zeka Hızlı Bakış & Çıkarımlar

AI Insight
⚡ TL;DR(1 Cümlede Hızlı Çıkarım)

Nükleotid dizilimi analizi sonuçları NCBI gen bankasına bildirilen domates, turunçgil ve diğer izolatlara %89-98 sekans benzerliği göstermiştir.

📌 3 Maddede Bu Makale

🎯
Amaç & Hipotez:Çalışma domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroidlerin varlığının araştırılması için yürütülmüştür. 2014-2015 arasında, 400 adet domates tohum, fide ile yaprak örneği toplanmış ve total nükleik asit ekstraktları elde edilmiştir.
📊
Temel Bulgular & Veri:Pospi1-FW/RE ve Vid-FW/RE primerleri ile yürütülen RT-PCR çalışmalarında, 398 adet domates örneğinin bir viroidle bulaşık olmadığı görülmüştür. ‘’Çeri‘’ çeşidi iki domates örneğinin ise Citrus exocortis viroid (CEVd) etmeni ile bulaşık olduğu, CEVd-FW/RE primer çifti ile belirlenmiştir.
💡
Sonuç & Katkı:Nükleotid dizilimi analizi sonuçları NCBI gen bankasına bildirilen domates, turunçgil ve diğer izolatlara %89-98 sekans benzerliği göstermiştir.
🔬Tür:Araştırma Makalesi
📍Kapsam:2014-2015 · 400 adet
⚙️Değişkenler:Viroid · domates · Pospiviroid

Özet

Çalışma domates bitkisinde Pospiviroid cinsi viroidlerin varlığının araştırılması için yürütülmüştür. 2014-2015 arasında, 400 adet domates tohum, fide ile yaprak örneği toplanmış ve total nükleik asit ekstraktları elde edilmiştir. Pospi1-FW/RE ve Vid-FW/RE primerleri ile yürütülen RT-PCR çalışmalarında, 398 adet domates örneğinin bir viroidle bulaşık olmadığı görülmüştür. ‘’Çeri‘’ çeşidi iki domates örneğinin ise Citrus exocortis viroid (CEVd) etmeni ile bulaşık olduğu, CEVd-FW/RE primer çifti ile belirlenmiştir. Agaroz jel elektroforezi çalışmalarında bu örneklere ait 371 bp’lik DNA bantları görüntülenmiş ve CEVd ile enfekteli izolatlar moleküler açıdan da karakterize edilmiştir. Nükleotid dizilimi analizi sonuçları NCBI gen bankasına bildirilen domates, turunçgil ve diğer izolatlara %89-98 sekans benzerliği göstermiştir.

Abstract

Study was conducted to investigate viroids’ existance at Pospiviroid genus on tomato plant. Between 2014-2015, 400 tomato seeds, seedlings and leaves samples were collected and total nucleic acid extracts of samples were obtained. In RT-PCR studies which were carried out by Pospi1-FW/RE and Vid-FW/RE primer sets, any viroid infection was detected in 398 tomato samples. Two tomato samples on ‘’Çeri‘’ cultivar, found infected with Citrus exocortis viroid (CEVd) by CEVd-FW/RE primer pair. 371 bp of DNA bands were shown belong to samples in agarose gel electrophoresis studies. CEVd infected isolates were also characterized molecularly. Nucleotid aligments analysis showed %89-98 sequence similiarity to some tomato, citrus and other isolates reported to NCBI Genbank database.

🔖

Bu Makaleye Atıf Yap

KIŞLAK, R., ÖNELGE, N. (2016). Domates Bitkisinde Pospiviroid Cinsi Viroid Etmenlerinin Varlığının Araştırılması ve Moleküler Karakterizasyonu*. Çukurova Tarım ve Gıda Bilimleri Dergisi, Cilt: 31 - Sayı: 2, 27–34. https://ajindex.com/articles/119605

📄 Tam Metin PDF Okuyucu

📄

PDF görüntüleyici hazırlanıyor...

Kaynakça (13)

  1. Bora, T., Karaca, İ. (1970) Bitki hastalıklarının sörveyi: Kültür Bitkilerinde Hastalığın ve Zararın Ölçülmesi. 167:8-43,
  2. Ege Üni. Matbaası, İzmir.
  3. Diener, T. O. (1987) The Viroids. Plenum Publishing Corporation, USA. Fagoaga, C., Duran-Vila, N. (1996) Naturally occurring variants of Citrus exocortis viroid in vegetables. Plant Path. 45:45-53.
  4. FAO (2013) Faostat Agricultural Database. www.faostat.org. Accessed: 17.02.2015.
  5. Flores, R., Randles, J. W., Bar-Joseph, M., Diener, T. O. (2005) A proposed scheme for viroid classification and nomenclature. Archives of Virology 143(3):623-629.
  6. Flores, R., Grubb, D., Elleuch, A., Nohales, M. A., Delgado, S., Gago, S. (2011) Rolling-circle replication of viroids, viroid-like satellite RNAs and hepatitis delta virus: Variations on a Theme. Galindo, J., Smith, D. R., Diener, T. O. (1982) Etiology of planta macho, a viroid disease of tomato. Phytopatology 72:49-54.
  7. Hammond, R. W., Smith, D. R., Diener, T. O. (1989) Nucleotid sequence and proposed secondary structure of Columnea latent viroid (CLVd): A natural mosaic of viroid sequences. Nucleic Acids Research 17:10083-10094.
  8. Leontyeva, J. A. (1980) Tomatoes and Potato spindle tuber viroid. Zashc. Raste. 8: 22. Ling, K. S., Bledsoe, M. E. (2008) First report of Mexican papita viroid (MPVd) infecting greenhouse tomato in Canada. Plant Disease 93(8):839. Mishra, M. D., Hammond, R. W., Owens, R. A., Smith, D. R., Diener, T. O. (1991) Indian bunchy top disease of tomato plants is caused by a distinct strain of Citrus exocortis viroid. J. Gen. Virol. 72:1-5.
  9. Mongera, W., Tomlinsona, J., Boonhama, N., Marnb, M. V., Pleskob, I. M., Molinero-Demillyc, V., Tassus, X., Meekesd, E., Toonend, M., Papayiannise, L. (2010) Development and inter-laboratory evaluation of real-time PCR assays for the detection of pospiviroids. Journal of Virological Methods 169:207-210.
  10. Murray, M. G., Thompson, W. F. (1980) Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. Nuc. Acids Res. 8(19):4321-4325.
  11. Önelge, N. (1997) Direct nucleotide sequencing of Citrus exocortis viroid (CEVd). Turk. J. Agric. For. 21:419-422.
  12. Puchta, H., Herold, T., Verhoeven, K., Roenhorst, A., Ramm, K., Schmidt-Puchta, W., Sanger, H. L. (1990) A new strain of Potato spindle tuber viroid (PSTVd) exhibits major sequence differences as compared to all other strains sequenced so far. Plant Molecular Biology 15:509-511.
  13. Reanwarakorn, K., Klinkong, S., Porsoongnurn, J. (2011) First report of natural infection of Pepper chat fruit vi