Simple and Cost-efficient DNA Isolation Method from Hemolymph and Tissue of Model Organism Galleria mellonella

Model Organizma Galleria mellonella’da Hemolenf ve Dokudan Düşük Maliyetli ve Basit DNA İzolasyon Metodu

Abstract

The aim of this work is to produce a cost-efficient gDNA isolation method from tissue and body fluid as an alternative to current isolation protocols by using economic chemicals and materials that are often used in routine laboratory studies for use in a polymerase chain reaction (PCR). For this purpose, Galleria mellonella L. (Lepidoptera: Pyralidae) was used as a model organism. In this study, both of the two different DNA isolation methods were applied to compare our developed method. The concentration and purity of the obtained DNA were determined by measuring the purity spectrophotometrically at 260 nm and 260 nm/280 nm and validated by agarose gel electrophoresis. Absorbances at 260 nm obtained from the hemolymph by the method of DNA isolation which was carried without phenol and centrifugation, InstaGene matrix method, and the method developed by us were 0.032, 0.157, 0.432 respectively. The A260 results of the isolated DNA obtained from tissue samples were as 0.291, 0.121, and 0.346 in respect to the DNA isolation methodologies. The purity of DNA from hemolymph and tissue were 1.030, 1.401, 1.878 and 1.785, 1.690, 2.011 respectively. As a result, in a sufficient amount and quality gDNA was obtained from both the body fluid and tissue by the method that has been developed.

Özet

Bu çalışmada, geleneksel laboratuvar çalışmalarında sıklıkla kullanılan ve ekonomik olan kimyasallar ile sarf malzemelerindenfaydalanılarak, polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) işlemlerinde kullanılmak üzere dokulardan ve vücut sıvılarından, mevcut DNA izolasyonyöntemlerine alternatif bir gDNA izolasyon yöntemi oluşturmak amaçlanmıştır. Bu amaçla model organizma olarak Galleria mellonella L.(Lepidoptera: Pyralidae) kullanılmıştır. Çalışmada, oluşturduğumuz yöntemle karşılaştırma yapabilmek için iki farklı DNA izolasyon yöntemide uygulanmıştır. İzolasyonu yapılan DNA’ ların miktar ve saflığı 260 nm ve 260 nm/280 nm’ de spektrofotometrik ölçümlerle belirlenmiş veagaroz jel elektroforezi ile kontrolleri yapılmıştır. Fenolsüz ve santrifüjsüz yöntem, InstaGene matrix yöntemi ve bazı modifikasyonlar yaparakoluşturduğumuz DNA izolasyon yöntemi ile hemolenf örneğinden elde edilen A260 değerleri sırasıyla 0,032, 0,157, 0,432; doku örneğinden eldeedilen A260 değerleri ise sırasıyla 0,291, 0,121, 0,346 bulunmuştur. Saflık değerleri ise hemolenf grubunda sırasıyla 1,030, 1,401, 1,878; dokugrubunda ise 1,785, 1,690, 2,011 olarak tespit edilmiştir.Sonuç olarak modifiye edilerek oluşturduğumuz yöntem ile hem vücut sıvısından hem de dokudan yeterli miktar ve kalitede DNA eldeedilebildiği tespit edilmiştir.