Bioinformatics Analysis of Fugu (Fugu rubripes) Catalase (cat) Gene

Abstract

In this study, bioinformatics analysis of fugu (Fugu rubripes) catalase (cat) gene was performed. Molecular biology science is developing rapidly in parallel with the increasing importance of bioinformatics, thanks to the developed techniques in recent years. In this bioinformatics-based study wich enables the effective identification and characterization of genes in living organisms using online genome databases and statistics and storage, organization and sharing of the ever-increasing genetic data we designed the conserved gene synteny and gene structure and detected the identiy- similarity ratios between fugu and the other telosts and tetrapods. NCBI-GeneBank, EMBL, ENSEML and UNIPROT databases have been used for all these bioinformatics studies. Bioedit and Mega programs were used to perform the analysis and evaluate the data obtained from all these databases. In silico analysis such as the identification and characterization of fugu cat gene, exons- introns organization, phylogenetic tree and gene synteny were completed in this study and presented with tables and figures.

Özet

Bu çalışmada sucul bir model organizma olan balon balığı (Fugu rubripes) katalaz (cat) geninin biyoinformatik analizleri yapılmıştır. Moleküler biyoloji bilimi, son yıllarda biyoinformatik bilimine verilen önemin artmasına paralel olarak hızla gelişme göstermektedir. Her geçen gün artan genetik verilerin, saklanmasını, depolanmasını, organizasyonunu ve paylaşılmasını kolaylaylaştıran ve online genom veri tabanları ile istatistik bilimini kullanarak canlı organizmalardaki genlerin etkin şekilde tanımlanmasını ve karakterizasyonunu sağlayan biyoinformatik temelli olan bu çalışmada balon balığı katalaz geninin dizi bilgileri, diğer canlılarla olan filogenetik ilişkisi ve bu ilişkinin yüzde olarak ifade edildiği özdeşlik- benzerlik oranları tespit edilmiş, yine biyoinformatik çalışmalar için büyük önem arz eden korunmuş gen sintenisi dizayn edilmiştir. Tüm bu çalışmalar için NCBI-GenBank, EMBL, ENSEML ve UNIPROT veri tabanları kullanılmıştır. Tüm bu vei tabanlarından ulaşılan verileri değerlendirmek ve analizleri gerçekleştirmek için, Bioedit ve Mega programlarından yararlanılmıştır. Balon balığı cat genin tanımlanması, genin ekson ve intronlarından oluşan yapısı, filogenetik ağaç ve gen sintenisi gibi in-siliko analizler bu çalışmada tamalanmış ve tablo ve şekiller ile sunulmuştur.