Journals / Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi / 2014 / Cilt: 44 - Sayı: 4
Identification of Non-albicans Candida Strains Isolated from Blood Cultures by Three Different Methods and Comparison of These Methods According to Compatibility and Cost-Effectiveness
- Pages
- 163–167
- DOI
- —
Abstract
Objective: The aim of the study was to compare the compatibility, cost-effectiveness and practicality of cornmeal agar, chromogenic agar and semi-automated system for the identification of non-albicans Candida spp. Material and Methods: Forty- two non-albicans Candida strains isolated from blood cultures between January 2011 and December 2014 at Baskent University Hospital Laboratory, Ankara, Turkey, were examined in this study. Cornmeal agar (morphologic evaluation by microscopy), chromogenic agar (visual evaluation with color change) and a semi-automated system (API 20C AUX; BioMérieux, France; evaluation by carbohydrate assimilation reactions) were used for strain identification. Results: Among the 42 strains identified by the three different test methods, 24 (57.1%) were identified as the same species by all three tests, 11 (26.2%) strains identified as the same species by using cornmeal agar and chromogenic agar (k=0.58) and 6 (14.3%) by semi-automated system and cornmeal agar system (k=0.44). The highest concordance was found between chromogenic agar and semi-automated system (k=0.73). One strain exhibited different identification results with the three methods. When species level identification was considered, identification of C. parapsilosis, C. tropicalis and C. krusei revealed consistency between the three methods. Cornmeal agar method was found to be the most cost-effective method. Conclusion: The results of this study revealed only 57.1% concordance between cornmeal agar, chromogenic agar and semi-automated system for the identification of non-albicans Candida spp. However, strains with intrinsic antifungal resistance such as C. krusei, were identified accurately by all three methods. Although the most effective method was found to be the cornmeal agar, its use in routine laboratories seemed to be questionable since evaluation needed experienced laboratory personel.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, albicans dışı kandida izolatları- nın tür tanımlamasını yapmak için, mısırunu agar, kromojenik agar ve yarı otomatize sistem kullanarak bu yöntemler arasındaki uyum, uygulama kolaylığı ve maliyetin karşılaştırılması- dır. Gereç ve Yöntem: Ocak 2011-Aralık 2014 tarihleri arasında Başkent Üniversitesi Ankara Hastanesi Laboratuvarı'nda kan kültüründen izole edilen 42 albicans dışı kandida izolatı çalış- maya alınmıştır. Bu izolatların tür tayini için; mısırunu agar (mikroskopik morfoloji değerlendirmesi), kromojenik agar (renge göre görsel değerlendirme) ve yarı otomatize sistem (API 20C AUX, BioMérieux, Fransa; karbonhidrat asimilasyonuna göre değerlendirme) kullanılmıştır. Bulgular: Üç farklı yöntemle test edilen 42 suşun tiplendirme sonuçları arasında; 24 (%57,1) suş her üç yöntem ile, 11 (%26,2) suş kromojenik agar ve mısırunu agar ile (k=0.58); 6 (%14,3) suş yarı otomatize sistem ve mısırunu agar ile (k=0,44); aynı tür bulunmuştur. Yarı otomatize sistem ve kromojenik agar yöntemi ile en yüksek uyum (k=0.73) saptanmış- tır. Bir suşun tiplendirilmesinde ise her 3 yöntem de farklı sonuç vermiştir. Tür düzeyinde değerlendirildiğinde C. parapsilosis, C. tropicalis ve C. krusei için her üç yöntem %100 uyumlu çıkmıştır. Yöntemler arasında maliyet etkinliğinde ise en ucuz yöntemin mısırunu agar tiplendirme yöntemi olduğu belirlenmiştir. Sonuç: Çalışmamızda, 3 farklı yöntemin albicans dışı kandidaların tiplendirilmesinde birebir uyumlu sonuç vermediği ve üç yöntem arasındaki uyumun %57.1 olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte, doğal antifungal direnç varlığı nedeni ile tiplendirilmesi gereken C. krusei her üç yöntemle de aynı sonucu vermiştir. Maliyet açısından en ucuz yöntem olan mısırunu agar olmakla birlikte, deneyimli laboratuvar çalışanına gereksinim vardır.