Journals / Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi / 2021 / Cilt: 51 - Sayı: 1
Identification and Molecular Analysis of Respiratory Syncytial Virus In Children With Lower Respiratory Tract Infections
- Pages
- 42–49
- DOI
- —
Abstract
Objective: This study was performed with the aim to define the genotypes of RSV strains in pediatric patients with lower respiratory tract infections (LRTIs), and to evaluate their molecular correlations. Method: Nasopharyngeal swab samples were obtained from 72 patients with LRTI, between December 2012 and May 2013, in the Pediatrics Department of Akdeniz University Hospital. Twenty- eight RSV-A isolates and one RSV-B isolate were determined by real-time PCR (RealStar RSV RT-PCR, Altona Diagnostics). The part of the G gene was sequenced for genotyping 20 RSV-A strains. Nucleotide sequences were analyzed with ClustalX program (version 2.1). The phylogenetic tree was constructed with “neighbor-joining” by the using the MEGA (version 6.06) software. Results: The median age of the patients were 35 days (range: 8-6061). All RSV-A isolates were identified as genotype GA2. Eleven isolates were identical; six of them caused hospital-acquired and five communityacquired RSV infections. Six patients were considered to have nosocomial infections including 4 cases in the Neonatal Intensive Care Unit (premature), one in the Neonatal Clinics and one in the Pediatric Hematology- Oncology Clinics. Five of eleven identical isolates were identified in patients with community-acquired infections. Conclusion: Nosocomial and community-acquired RSV infections in our hospital were caused by RSV A GA2 subtype. Identical strains were detected in community- acquired infections in the same region, and; these strains also caused nosocomial infections. Monitoring of RSV infections, detecting of genotype with molecular microbiological analysis and applied standard isolation precautions are important in clinics at increased risk for nosocomial infections.
Özet
Amaç: Bu çalışma, alt solunum yolu enfeksiyonu (ASYE) nedeniyle hastanemizde tedavi gören çocuk hastalarda saptanan solunum sinsityal virüsü (RSV) suşlarının genotipini belirlemek ve moleküler ilişkilerini değerlendirmek amacıyla yapılmıştır. Yöntem: Aralık 2012-Mayıs 2013 tarihlerinde, Akdeniz Üniversitesi Hastanesi’nde ASYE tanısı konulan 72 hastadan nazofarengeal sürüntü alınmıştır. Gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) (RealStar RSV RT-PCR, Altona Diagnostics) yöntemiyle 28 RSV A ve 1 RSV B belirlenmiş, RSV A suşlarının 20’sinin RSV G geninin bir bölümüne dizi analizi yapılmıştır. Nükleotid dizileri ClustalX programı (sürüm 2.1) ile analiz edilmiştir. Filogenetik ağaç MEGA (sürüm 6.06) yazılımı kullanılarak “neighbor-joining” yöntemiyle oluşturulmuştur. Bulgular: Hastaların ortanca yaşı 35 gün (8-6061) olarak belirlenmiştir. Dizi analizi yapılan 20 izolat RSV-A genotip GA2 olarak tiplendirilmiştir. On bir RSV-A izolatı birbiri ile identik bulunmuş, bunların altısının hastane kaynaklı, beşinin ise toplum kaynaklı RSV enfeksiyonu olduğu belirlenmiştir. İdentik olan ve nozokomiyal enfeksiyon düşünülen altı hastanın dördünün yenidoğan yoğun bakım ünitesinde (prematür), birinin yenidoğan kliniğinde, birinin ise pediatrik hematoloji-onkoloji kliniğinde olduğu saptanmıştır. Enfeksiyonun belirlenmesiyle standart izolasyon önlemleri gözden geçirilmiş ve virüsün yayılması önlenmiştir. Dizileme yapılan tüm hastalar bölgemizde yaşamaktaydı. Toplum kaynaklı enfeksiyonu olan hastalardan beşinin identik suşla, dokuz hastanın isevbunlardan filogenetik olarak farklı suşlarla enfekte olduğu görülmüştür. Sonuç: Hastanemizde çocuklarda nozokomiyal ve toplum kaynaklı RSV A enfeksiyonlarına yol açan suşlar GA2 alt tipindedir. Bölgemizde toplum kaynaklı enfeksiyonlarda identik suşlar saptanmış ve bu suşlar nozokomiyal enfeksiyonlara da yol açmıştır. Nozokomiyal enfeksiyon açısından riskli kliniklerde RSV enfeksiyonlarının sıklığının takibi, moleküler mikrobiyolojik analizlerin yapılması ve standart izolasyon önlemlerinin uygulanması önemlidir.