Selection of Genetic Markers to Determine Diversity in Theileria annulata Populations after Recombination

Rekombinasyon Sonrası Theileria annulata Popülasyonlarında Genetik Çeşitliliğin Belirlenmesinde Kullanılacak Markerlerın Seçimi

Serkan BAKIRCI, Hasan EREN, Tülin KARAGENÇ, Hüseyin Bilgin BİLGİÇ, Ahmet Hakan ÜNLÜ, Selin HACILARLIOĞLU, Ayça AKSULU, William WEİR

Abstract

Objective: Selecting polymorphic mini- and microsatellite markers to determine genetic diversity and chromosomal regions exhibiting elevated rates of recombination in Theileria annulata populations after recombination. Methods: The Unipro UGENE software was used to select markers. A score at which 10 times more tandem repeats (TRs) were identified in the real DNA sequence than those in the scrambled sequences of T. annulata was used as the cutoff. TRs containing minimum three nucleotides in length for microsatellite and six nucleotides for minisatellite regions and having a repeat motif identity between 96%-100% with the unit size repeated minimum three times were screened through the whole genome using the suffix array algorithm. Results: A total of 359 minisatellites and 8973 microsatellites were identified. TRs were screened one by one through the whole genome; mini- and microsatellites representing a single region and having suitable regions for primer design were selected based on their localization on T. annulata chromosomes, their repeat motif identity (>96%), and their repeat length (

Özet

Amaç: Theileria annulata popülasyonlarında rekombinasyon sonrası oluşacak genetik çeşitliliğin ve rekombinasyonun yoğun olduğu kromozomalbölgelerin tespit edilmesi amacıyla kullanılacak polimorfik mini ve mikrosatellite markerlerin belirlenmesidir.Yöntemler: Markerlerin belirlenmesi amacıyla Unipro UGENE programı kullanılmıştır. T. annulata’nın rastgele karıştırılmış genomik dizilimlere göregerçek DNA diziliminde 10 kat fazla tandem tekrar (TR) belirleyen skor, eşik değer olarak belirlenmiştir. Tekrarlı motif benzerliği %96-100 arasındabulunan, minimum tekrar sayısı en az üç ve minimum tandem boyutu minisatellite bölgeler için en az üç nükleotid ve mikrosatellite bölgeler için enaz altı nükleotid olan TR’ler suffix array algoritması kullanılarak tüm genom boyunca taranmıştır.Bulgular: Tarama sonrası 359 minisatellite ve 8973 mikrosatellite bölge belirlenmiştir. TR’ler tüm genom boyunca tek tek taranarak; T. annulata’nınkromozomları üzerindeki yerleşim yerlerine, motiflerin benzerliğine (>%96), tekrar sayıları ile tek bölgeyi temsil etmesine, bölgelerin uzunluklarına(