Use of Internal Transcribed Spacer Sequence Polymorphisms as a Method for Trichomonas vaginalis Genotyping

Internal Transcribed Spacer (ITS) Sekans Polimorfizmlerinin Trichomonas vaginalis Genotiplendirmesinde Yöntem Olarak Kullanılma

Bülent BOZDOĞAN, Hatice ERTABAKLAR, Erdoğan MALATYALI, Sema ERTUĞ, Serçin ÖZLEM ÇALIŞKAN

Abstract

Objective: Trichomonas vaginalis is the most common non-viral, sexually transmitted pathogen with a worldwide distribution. The aim of the presentstudy was to design a new genotyping tool for T. vaginalis isolates using internal transcribed spacer (ITS) sequences.Methods: First, a total of 20 cryopreserved T. vaginalis isolates were thawed and genomic DNA was isolated from fresh cultures. A polymerasechain reaction (PCR) was performed to amplify the ITS regions and the amplicons were sequenced. These sequences were aligned with others fromGenbank and polymorphisms were detected. At last, each ITS sequence was given a different sequence type.Results: More than 99% homology was observed among sequences. Of 20 isolates, five had identical ITS sequence to reference (L29561) definedas ITST1. Moreover, 13 had A58 deletion (ITST10), one had C203T mutation (ITST2), and one had both A58 deletion and C203T mutation (ITST11).ITS typing of T. vaginalis sequences on Genbank revealed a total of 11 ITS types with the predominance of ITST1 (44.4%) globally.Conclusions: ITS typing seems to be an applicable and useful tool for a better understanding of molecular epidemiology as well as for the disseminationof T. vaginalis clones.

Özet

Amaç: Trichomonas vaginalis (T. vaginalis) cinsel yolla bulaşan hastalık etkenleri arasında viral patojenlerden sonra en sık görülen tür olup küresel bir dağılım göstermektedir. Bu çalışmanın amacı T. vaginalis internal transcribed spacer (ITS) dizilerini kullanarak parazitin genotiplendirilmesinde yeni bir yöntemin ortaya konulmasıdır. Yöntemler: Çalışmamızda öncelikle farklı olgulardan izole edilen ve kriyoprezervasyon yapılarak saklanan 20 T. vaginalis izolatı canlandırılarak DNA izolasyonları yapılmıştır. Bu örneklerin ITS bölgeleri polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile çoğaltılmış ve sekanslanmıştır. Genbank’da yer alan diğer ITS sekansları ile bu çalışmada elde edilenler sıralanarak polimorfizmler belirlenmiştir. Son olarak her bir farklı sekans için sekans tipi tanımlanmıştır. Bulgular: Trichomonas vaginalis ITS sekansları arasında %99’a varan bir homoloji saptanmış olup bunlardan beşinin (n=20,%40), referans olarak seçilen L29561 Genbank numaralı ITST1 tipi T. vaginalis sekansı ile aynı olduğu görülmüştür. Bunun yanı sıra, izolatların 13’ünde A58 delesyonu (ITST10) ve birinde C203T mutasyonu (ITST2), birinde A58 delesyonu ve C203T mutasyonu (ITST11) tespit edilmiştir. Diğer ülkelerden izole edilen T. vaginalis izolatlarının ITS sekansları bizim çalışmamızdakilerle birlikte değerlendirildiğinde 11 farklı ITS sekans tipi tanımlanmış olup en sık ITST1 (%44,4) saptanmıştır. Sonuç: Çalışmamızda ITS sekanslarına göre geliştirilen bu genotiplendirme yaklaşımının T. vaginalis’in moleküler epidemiyolojisinin daha iyi anlaşılmasına ve izolatların birbirinden genetik olarak ayırt edilmesinde faydalı olduğu düşünülmektedir.