Biyoinformatik araçlar kullanarak sıçan GMDS geninin tanımlanması ve karakterizasyonu

Identification and chjaracterization of rat GMDS gene by usine bioinformatics tools

Abstract

GDP-mannose 4,6- dehydratese is conserved throughout evolution. This molecule catalyzes conversion of GDP-D-mannose to GDP-4-keto-6-D-deoxymannose by catalyzing the oxidation of the hydroxyl group. This is the first step in conversion of GDP-mannose to GDP-fucose. Defects in GDP-fucose metabolism have been linked to leukocyte adhesion deficiency type II. Here, we identified and characterized the rat GMDS gene using bioinformatics tools. Rat GDP-mannose 4,6- dehydratese gene, consisting of 11 exons, was located within rat genomic contig NW_047491. Rat, human, and mouse GDP-mannose 4,6- dehydratese showed 95-98% total amino acid identity. The conserved Epimerase domain was identified within GDP-mannose 4,6- dehydratese protein. This is the first report on identification and characterization of the rat GMDS gene.

Özet

GDP - mannoz 4,6- dehidrataz evrimsel süreç boyunca korunmuştur. Bu molekül hidroksil grubunun katalizlenmesi ile GDP-D-mannoz’un GDP-4-keto-6-D-deoxymannoza dönüşümünü katalizler. GDP-mannoz’un GDP-fukoz’a dönüşümü için bu ilk adımdır. GDP-fukoz metabolizmasında ortaya çıkabilecek bir defekt tip II lökosit adezyon eksikliğine yol açabilmektedir. Bu çalışmada biyoinformatik araçlar kullanarak sıçan GDP - mannoz 4,6- dehidrataz genini tanımladık ve karakterize ettik. Sıçan GDP - mannoz 4,6- dehidrataz geni 11 eksondan oluşmaktadır ve sıçan genomunda 17. kromozom üzerinde genomik kontig NW_047491 üzerinde yer almaktadır. Sıçan GDP - mannoz 4,6- dehidrataz proteinin fare GDP - mannoz 4,6-dehidrataz proteini ile %98 oranında (365/370) ve insan GDP - mannoz 4,6- dehidrataz proteini ile de %95 oranında (357/370) benzerlik gösterdiği görülmektedir. Sıçan GDP-mannoz 4,6- dehidrataz proteini üzerinde epimeraz domeyni belirlenmiştir. Bu çalışma sıçan GDP - mannoz 4,6- dehidrataz geninin tanımlanması ve karakterizasyonu üzerine yapılmış olan ilk çalışmadır.