Zea mays’taki ZmABI3 geninin klonlanması ve ekspresyon analizi

Abstract

Objective: ABI3 is a B3 domain transcription factor existed in various plant species. Studies showed that ABI3 play important role in plant growth and development.Methods: The ZmABI3 gene was cloned by reverse transcription PCR. Expression analysis was done by quantitative real-time PCR after various abiotic stresses.Results: One gene contained B3 domain was isolated from maize, designated as ZmABI3. The full cDNA sequence of ZmABI3 contains a 1017 bp open reading frame (ORF) encoding 339 amino acids, and the calculated molecular mass was 37.19 kD. Phylogenetic tree analysis suggested that ZmABI3 clustered together with Brachypodium distachyon ABI3 protein. The promoter of ZmABI3 was cloned, which was about 948 bp upstream of ZmABI3 and predicted to contain important regulatory elements including TATA-box, CAAT-box and elements responding to drought, heat, cold, SA and MeJA.Conclusion: A new gene contained a B3 domain was cloned and named as ZmABI3 from maize. Analyzed by quantitative real-time PCR, the expression of ZmABI3 in maize was induced by abiotic stresses included heat, high-salt

Özet

Giriş: ABI3, B3 gen alanında yer alan ve çeşitli bitki türlerinde bulunan bir transkripsiyon faktörüdür. Araştırmalar, ABI3'ün bitki büyümesinde ve gelişiminde önemli rol oynadığını göstermiştir.Yöntem: ZmABI3 geni, ters transkripsiyon PCR ile klonlanmıştır. İfade analizi, çeşitli abiyotik streslerden sonra nicel gerçek zamanlı PCR ile yapılmıştır.Bulgular: B3 bölgesi içeren bir gen, mısırdan izole edilmiş ve ZmABI3 olarak adlandırılmıştır. ZmABI3'ün tam cDNA dizisi, 339 amino asit kodlayan 1017 bp'lik bir açık okuma çerçevesi (ORF) içerir ve hesaplanan molekül kütlesi 37.19 kD'dir. Filogenetik ağaç analizi, ZmABI3'ün Brachypodium distachyon ABI3 proteini ile birlikte kümelendiğini göstermiştir. ZmABI3'ün promotörü, ZmABI3'ün yaklaşık 948 bp yukarı akış noktasında klonlanmış ve TATA-box, CAAT-box ve kuraklık, sıcaklık, soğuk, SA ve MeJA'ya tepki veren elementler gibi önemli düzenleyici elementleri içerdiği öngörülmektedir.Sonuç: Mısırdan ZmABI3 olarak adlandırılan ve bir B3 alanı içeren yeni bir gen klonlanmıştır. Nicel gerçek zamanlı PCR ile analiz edildiğinde mısırdaki ZmABI3 ifadesi ABA ile değil ısı, yüksek tuzlu, soğuk, PEG, ısı stres ve dehidrasyon tedavileri içeren abiyotik stresler ile indüklendiği belirlenmiştir. Bu sonuçlar ZmABI3'ün mısırda stresle ilişkili bir gen olabileceğini düşündürmektedir