A case–control study on effects of the ATM, RAD51 and TP73 genetic variants on colorectal cancer risk

ATM, RAD51 ve TP73 genetik varyantlarının kolorektal kanser riski üzerine etkileri, bir vaka-kontrol çalışması

Arzu ERGEN, Metin KESKİN, Ümit YILMAZ, Faruk ÇELİK, Merve YAZICI, Nesibe YILMAZ, Ece Gizem IŞIKÖREN, Ece G. IŞIKÖREN, Burcu CELİKEL, Ümit ZEYBEK

Abstract

Aim: ATM, RAD51 and TP73 are genes that take part in DNArepair pathways. The aim of this prospective case-controlstudy was to determine the genotype and allele distributions of the ATM 5′-UTR G/A, RAD51 135 G/C and TP73 GC/AT polymorphisms and their relationship with clinicalparameters in Turkish colorectal cancer (CRC) patients.Material and methods: One hundred and four CRC patientsand 113 healthy individuals were included in this study ascontrol. The polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism techniques were used.Results: The ATM 5′-UTR G/A polymorphism GG (p = 0.001)and AA (p = 0.0001) genotypes were found higher in thepatient group, while the GA genotype (p = 0.0001) and Aallele (p = 0.001) were significantly higher in the controlgroup. Moreover, the GG genotype (p = 0.042) was higheramong patients with advanced-stage cancer and, whileGA genotype (p = 0.047) was increased in patients withoutperineural invasion. The RAD51 135 G/C polymorphism GCgenotype (p = 0.0001) and C allele (p = 0.0001) were significantly higher in the patient group, while CC genotype(p = 0.0001) was higher in the control group. No statisticalsignificance was observed between the TP73 GC/AT polymorphism genotype and allele distribution and the clinical parameters.Conclusion: In the Turkish population, the ATM 5′-UTR GGand AA genotypes, and the RAD51 135 G/C GC genotypeand the C allele presence may be risk factors for CRC.

Özet

Amaç: ATM, RAD51 ve TP73 genleri DNA tamir yolağında rol oynayan genlerdir. Bu prospektif vaka-kontrol çalışmasının amacı, Türk kolorektal kanser hastalarında ATM 5′-UTR G/A, RAD51 135 G/C ve TP73 GC/AT polimorfizmlerinin genotip ve allel dağılımlarının ve klinik parametrelerle ilişkisinin belirlenmesidir. Gereç ve Yöntemler: Bu çalışmaya 104 kolorektal kanser hastası ve 113 sağlıklı birey dahil edildi. Polimorfizmlerin belirlenmesinde, Polimeraz Zincir Reaksiyonu-Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi teknikleri kullanılmıştır. Bulgular: ATM 5′-UTR G/A polimorfizmi için GG (p = 0.001) ve AA (p = 0.0001) genotipleri taşıma oranı hasta grubunda kontrol grubuna göre, GA genotipi (p = 0.0001) ve A alleli (p = 0.001) taşıma oranı ise hasta grubuna oranla kontrol grubunda anlamlı düzeyde daha yüksektir. Ayrıca, ileri evre kanser hastalarında GG genotipi (p = 0.042), perinöral invazyonu olmayan hastalarda ise GA genotipi daha yüksek bulunmuştur (p = 0.047). RAD51 135 G/C polimorfizmi için GC genotipi (p = 0.0001) ve C alleli (p = 0.0001) taşıma oranı hasta grubunda kontrol grubuna göre istatistiksel olarak daha yüksek iken, CC genotipi (p = 0.0001) taşıma oranı ise hasta grubuna göre kontrol grubunda anlamlı düzeyde daha yüksektir. TP73 GC/AT polimorfizmi genotip ve allel dağılımları ve klinik parametrelerle ilişkisi açısından incelendiğinde istatistiksel anlamlı bir farklılık görülmemiştir. Sonuçlar: Türk populasyonunda ATM 5′-UTR varyantı için GG ve AA genotipleri, RAD51 135 G/C varyantı için GC genotipi ve C alleli taşımanın kolorektal kanser için bir risk faktörü olabileceği söylenilebilir.