SiMiSnoRNA: RNA Interferansı için siRNA, miRNA ve snoRNA veritabanında depolanan siRNA, miRNA, and snoRNA koleksiyonları

SiMiSnoRNA: Collection of siRNA, miRNA, and snoRNA database for RNA interference

Umesh KALATHİYA, Monikaben PADARİYA, Maciej BAGİNSKİ, Chintankumar PADARİYA

Abstract

objective: The discovery of sequence specific gene silencing which occurs due to the presence of double-stranded RNAs has considerable impact on biology, revealing an unknown level of regulation of gene expression. This process is known as RNA interference (RNAi) or RNA silencing in which RNA molecules inhibit gene expression, typically by causing the destruction of specific mRNA molecule. Two types of small RNA molecules-small interfering RNA (siRNA) and microRNA (miRNA) are central to RNA interference. Therefore, SiMiSnoRNA database has been developed to focus on the efficient storage of RNA interferences or small RNA sequences and qualitative analysis of its structures across variety of organisms.Methods: SiMiSnoRNA database is developed using WAMP server which implements Apache, MySQL, and PHPas principal components.Results: A flexible web-based search engine is developed to obtain fast access to specific small RNA sequence information.Conclusion: BLAST search analysis within SiMiSnoRNA enables users to compare their own query sequence data with SiMiSnoRNA database to retrieve related information. To facilitate data consistency, publicly available information from NCBi has been integratedinto database that can be conveniently used for research on the experimental and molecular biology

Özet

Amaç: Çift sarmallı RNAların varlığı nedeniyle gerçekleşen sekansa özel gen sessizliğinin keşfi biyoloji biliminde büyük etki yarattı, böylelikle gen ekspresyonunun düzenlendiği, daha önce bilinmeyen yeni bir düzey açığa çıktı. Bu proses, RNA moleküllerinin, belli mRNA molekülünün yıkımına yol açarak gen ekspresyonunu engellediği RNA enterferansı (RNAi) veya RNA sessizleştirmesi olarak biliniyor. RNA enterferansının merkezinde iki tip RNA molekülü bulunuyor; küçük enterferans RNA (siRNA) ve mikroRNA (miRNA). Bu nedenle, RNA enterferansları ve küçük RNA sekanslarının etkin biçimde depolanmasına ve çeşitli organizmalardaki yapısının nicelikli analizine odaklanan SiMiSnoRNA veritabanı oluşturuldu.Metod: SiMiSnoRNA veritabanı Apache, MySQL, ve PHP kullanılan bir WAMP server üzerinde oluşturuldu.Bulgular: Belli küçük RNA sekansları ile ilgili bilgiye hızlı erişim sağlayabilmek için esnek ve web tabanlı bir arama motoru geliştirildi.Sonuç: SiMiSnoRNA sisteminin BLAST arama motoru sayesinde kullanıcılar, hakkında bilgi almak istedikleri sekans verisini girerek SiMiSnoRNA veritabanında arama yapabilecek. Veri doğrulamasını kolaylaştırmak için NCBi'daki kamuya açık bilgi veri tabanına entegre edilmiştir ve deneysel ve moleküler biyoloji dallarında araştırmalar için de kolaylıkla kullanılabilir